LXL04_015381 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015381

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 70185798-70186241 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

444 bp · LXL04_015381|LXL04_015381|OH1004|cDNA

ATGTGTCCGACCGGAACTTCCCTATGGCCTGCAAGAGACATTTCCGACCTACGCTCTGCATTTGAGGTGCTCGACGCCGATCATGACGGAAAGATCAGCCGTGAAGATCTAAAGACGTCTTATGCAGACGCTGACGATGCGGTCATCGGCACCATGATGACGGTGGCCGATTCTAACAACGATGGTTACGTTGAGTACGATGAGTTCGAGAAAGTATTGAATAGTGATAACAGAGGCAGTAACGGCGTGATGAAGGATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

444 bp · LXL04_015381|LXL04_015381|OH1004|CDS

ATGTGTCCGACCGGAACTTCCCTATGGCCTGCAAGAGACATTTCCGACCTACGCTCTGCATTTGAGGTGCTCGACGCCGATCATGACGGAAAGATCAGCCGTGAAGATCTAAAGACGTCTTATGCAGACGCTGACGATGCGGTCATCGGCACCATGATGACGGTGGCCGATTCTAACAACGATGGTTACGTTGAGTACGATGAGTTCGAGAAAGTATTGAATAGTGATAACAGAGGCAGTAACGGCGTGATGAAGGATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

147 aa · LXL04_015381|LXL04_015381|OH1004|PROTEIN

MCPTGTSLWPARDISDLRSAFEVLDADHDGKISREDLKTSYADADDAVIGTMMTVADSNNDGYVEYDEFEKVLNSDNRGSNGVMKDMFKSMDRDGDGKVGFGDLTSYLSSAGFEVNDDEIKAMLGLGGVDGEADGVTFDEFLKILAV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015381`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015381

位置 Chr03:70185798-70186241 (-)

描述 Similar to CP1: Calcium-binding protein CP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49480`	体外结合钙。	暂无已核实直接文献
`At2g43290`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At4g14640`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0586200`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015381 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005513 detection of calcium ion 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0010008 endosome membrane 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G43290

ath:AT4G14640

ath:AT5G49480

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.531

排名 1 · LXL04_015381 · OH-1004

细胞核0.264

排名 2 · LXL04_015381 · OH-1004

质体0.106

排名 3 · LXL04_015381 · OH-1004

过氧化物酶体0.105

排名 4 · LXL04_015381 · OH-1004

细胞膜0.085

排名 5 · LXL04_015381 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499.13EF-hand_715-72 aa

PF00036.39EF-hand_116-39 aa

PF13405.13EF-hand_616-38 aa

PF13202.13EF-hand_517-39 aa

PF13833.13EF-hand_828-69 aa

PF00036.39EF-hand_151-74 aa

PF13499.13EF-hand_784-144 aa

PF00036.39EF-hand_184-109 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015381	`PF13499.13`	EF-hand_7	15	72	1.1e-20	74.5
LXL04_015381	`PF00036.39`	EF-hand_1	16	39	1.6e-20	71.8
LXL04_015381	`PF13405.13`	EF-hand_6	16	38	1.2e-17	62.6
LXL04_015381	`PF13202.13`	EF-hand_5	17	39	1.8e-15	56.3
LXL04_015381	`PF13833.13`	EF-hand_8	28	69	1.1e-10	41.8
LXL04_015381	`PF00036.39`	EF-hand_1	51	74	1.6e-20	71.8
LXL04_015381	`PF13499.13`	EF-hand_7	84	144	1.1e-20	74.5
LXL04_015381	`PF00036.39`	EF-hand_1	84	109	1.6e-20	71.8
LXL04_015381	`PF13405.13`	EF-hand_6	84	112	1.2e-17	62.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FDX6`	拟南芥	Calcium-binding protein CP1	50.932%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22845`	拟南芥	Calmodulin-like protein 5	33.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O23320`	拟南芥	Calmodulin-like protein 8	27.536%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2R1Z5`	水稻	Putative calmodulin-like protein 6	29.861%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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