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基因概览

LXL04_015217

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 66140753-66143932 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2460 bp · LXL04_015217|LXL04_015217|OH1004|cDNA

ATGGACGATAGCGTATTTCCTCCCAATAACATGTTCGAGAATCCCTCCGAATCCTTAATGGACTACGATTACATGGACGAACTTTTACTAGACGGGTGTTGGCTACAAGCAACAGACGGATCCGAATTCATaaacaacaacagcaacaatAATCCCCTTTTCGATACTCCATTTCTATGGCCCACTTTTGACGACATTCAAGAAAATCAAGAAGGTGGGAATTCATCAAAAACCCTCGTGTGTAATTCCGTCGGATTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2460 bp · LXL04_015217|LXL04_015217|OH1004|CDS

ATGGACGATAGCGTATTTCCTCCCAATAACATGTTCGAGAATCCCTCCGAATCCTTAATGGACTACGATTACATGGACGAACTTTTACTAGACGGGTGTTGGCTACAAGCAACAGACGGATCCGAATTCATAAACAACAACAGCAACAATAATCCCCTTTTCGATACTCCATTTCTATGGCCCACTTTTGACGACATTCAAGAAAATCAAGAAGGTGGGAATTCATCAAAAACCCTCGTGTGTAATTCCGTCGGATTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

819 aa · LXL04_015217|LXL04_015217|OH1004|PROTEIN

MDDSVFPPNNMFENPSESLMDYDYMDELLLDGCWLQATDGSEFINNNSNNNPLFDTPFLWPTFDDIQENQEGGNSSKTLVCNSVGFHNQSENFQFENPDMSRRWWIPPGIGPSLSVKERLFYAIESIKQSTFQRNMLIQIWLPENQEGKKVLRTSSQLSSLDTNCPQLSYYRNISEGYEFPAEGNSKEIVGLPGRVFMGKVPEWTPDVRFFKTEEYPRVGHAQEFDVKGTVAIPVFDRDSQSCLGVIEVVMTTQKSSYNP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015217`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015217

位置 Chr03:66140753-66143932 (+)

描述 Similar to NLP4: Protein NLP4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g20640`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g76350`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g64530`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g38340`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0236700`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015217 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0010167 response to nitrate 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000987 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0001216 DNA-binding transcription activator activity 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20640

ath:AT1G64530

ath:AT1G76350

ath:AT4G38340

dosa:Os01g0236700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.940

排名 1 · LXL04_015217 · OH-1004

细胞质0.118

排名 2 · LXL04_015217 · OH-1004

细胞膜0.044

排名 3 · LXL04_015217 · OH-1004

内质网0.028

排名 4 · LXL04_015217 · OH-1004

质体0.018

排名 5 · LXL04_015217 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22922.3GAF_NLP137-254 aa

PF22922.3GAF_NLP290-460 aa

PF02042.22RWP-RK525-597 aa

PF00564.31PB1725-805 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015217	`PF22922.3`	GAF_NLP	137	254	7.7e-90	299.8
LXL04_015217	`PF22922.3`	GAF_NLP	290	460	7.7e-90	299.8
LXL04_015217	`PF02042.22`	RWP-RK	525	597	3.9e-26	91.7
LXL04_015217	`PF00564.31`	PB1	725	805	6.4e-19	68.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LE38`	拟南芥	Protein NLP4	47.674%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SFW8`	拟南芥	Protein NLP5	48.171%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RWY4`	拟南芥	Protein NLP6	36.990%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SVF1`	拟南芥	Protein NLP3	39.390%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q5NB82`	水稻	Protein NLP3	35.802%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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