LXL04_015134 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015134

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 64618067-64633119 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3552 bp · LXL04_015134|LXL04_015134|OH1004|cDNA

ATGAAGTTGATTCTCCTTTGTTTATACGCTTCTTTATACTTTCACTGCATCATTGGAACGGTATATCTACCAAAAAATGTCTCCGTATCAGCAATCATAGCATTTGGAGACTCCTTATTGGATGTGGGGAATAACAATTATATTAACACTATGACCAAGTCCAATTTCCTGCCTTATGGAAAGGATTTCGTGGGTGGAAAACCAACCGGGAGGTTCTCGAATGGGAAAACATTAGCGGATTTTTTTGCCAAGGAATTAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3552 bp · LXL04_015134|LXL04_015134|OH1004|CDS

ATGAAGTTGATTCTCCTTTGTTTATACGCTTCTTTATACTTTCACTGCATCATTGGAACGGTATATCTACCAAAAAATGTCTCCGTATCAGCAATCATAGCATTTGGAGACTCCTTATTGGATGTGGGGAATAACAATTATATTAACACTATGACCAAGTCCAATTTCCTGCCTTATGGAAAGGATTTCGTGGGTGGAAAACCAACCGGGAGGTTCTCGAATGGGAAAACATTAGCGGATTTTTTTGCCAAGGAATTAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1183 aa · LXL04_015134|LXL04_015134|OH1004|PROTEIN

MKLILLCLYASLYFHCIIGTVYLPKNVSVSAIIAFGDSLLDVGNNNYINTMTKSNFLPYGKDFVGGKPTGRFSNGKTLADFFAKELGVKEYVPAYLDPFTKENDLLTGVSFASGGTGYDPLTATLSAVIPVSIQLDLFKQYIWRLKKKIGEKAVKNIITNSVFFVSSSSNDFLVNYYSVPIRRLQYDVAEYSNMLVRLAGNFVQDLHKLGARRIVVFSAPPLGCIPIERTLVGGSKRKCVDEYNKAARLFNGKLKEHLQF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015134`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015134

位置 Chr03:64618067-64633119 (+)

描述 Similar to EXL3: GDSL esterase/lipase EXL3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75900`	GDSL酯酶/脂肪酶EXL3。	暂无已核实直接文献
`At1g75880`	GDSL 酯酶/脂肪酶 EXL1。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q9FHW9`	GDSL酯酶/脂肪酶 At5g42170。	暂无已核实直接文献
`At1g75890`	GDSL酯酶/脂肪酶EXL2。	暂无已核实直接文献
`At3g14820`	GDSL 酯酶/脂肪酶 At3g14820。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015134 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0016298 lipase activity 分子功能

GO:0016746 acyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75880

ath:AT1G75900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.249

排名 1 · LXL04_015134 · OH-1004

溶酶体／液泡0.217

排名 2 · LXL04_015134 · OH-1004

细胞质0.182

排名 3 · LXL04_015134 · OH-1004

内质网0.181

排名 4 · LXL04_015134 · OH-1004

细胞膜0.111

排名 5 · LXL04_015134 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00657.29Lipase_GDSL32-336 aa

PF04844.19Ovate828-875 aa

PF00657.29Lipase_GDSL919-1171 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015134	`PF00657.29`	Lipase_GDSL	32	336	5.3e-55	187.5
LXL04_015134	`PF04844.19`	Ovate	828	875	9.7e-20	71.1
LXL04_015134	`PF00657.29`	Lipase_GDSL	919	1171	5.3e-55	187.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94CH6`	拟南芥	GDSL esterase/lipase EXL3	47.941%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94CH8`	拟南芥	GDSL esterase/lipase EXL1	49.527%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FHW9`	拟南芥	GDSL esterase/lipase At5g42170	48.012%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94CH7`	拟南芥	GDSL esterase/lipase EXL2	48.160%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LH73`	拟南芥	GDSL esterase/lipase At3g14820	48.742%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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