LXL04_015123 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015123

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 64273897-64279291 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3729 bp · LXL04_015123|LXL04_015123|OH1004|cDNA

ATGGGGGAAGTTGAAATTTTGTCAAATCAAGATTATGGTGAAAACCCAACTCCAAAAGTGGAGTTAAAATCGGATACAAGTTCAACATCAAATGCTTCATTTTGGGGGTTATTTTATGCAGCTGATAAATGGGATTTGTTTTTAATGTTGTTTGGGAGCATTGGAGCTTGTGTTCATGGTGGTGCACttccaattttttttgttttgtttggtCGAATGATTGATTCTTTGGGTCATTTATCTTCACATCCTCATAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

3729 bp · LXL04_015123|LXL04_015123|OH1004|CDS

ATGGGGGAAGTTGAAATTTTGTCAAATCAAGATTATGGTGAAAACCCAACTCCAAAAGTGGAGTTAAAATCGGATACAAGTTCAACATCAAATGCTTCATTTTGGGGGTTATTTTATGCAGCTGATAAATGGGATTTGTTTTTAATGTTGTTTGGGAGCATTGGAGCTTGTGTTCATGGTGGTGCACTTCCAATTTTTTTTGTTTTGTTTGGTCGAATGATTGATTCTTTGGGTCATTTATCTTCACATCCTCATAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1242 aa · LXL04_015123|LXL04_015123|OH1004|PROTEIN

MGEVEILSNQDYGENPTPKVELKSDTSSTSNASFWGLFYAADKWDLFLMLFGSIGACVHGGALPIFFVLFGRMIDSLGHLSSHPHRLSSEVCKNSLYLVYLGLVVFVSSWIGVACWMQTGERQTARLRFKYLQSVLRKDIKFFDTIAKDKNILFHISSDAILVQDAIGDKIGHGLRYLAQFFVGFAVGFTSVWQLTLLTLAIVPLIAFAGGAYTMIMSTLSEKSEAAYAEAGKVAEENISQIRTVYSFVGEKKAIDMYSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015123`
TK1151 ID	TkA02G365170
OH-1004 ID	LXL04_015123
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 71.981 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015123

位置 Chr03:64273897-64279291 (+)

描述 Similar to ABCB13: ABC transporter B family member 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g27940`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 13。	暂无已核实直接文献
`At1g28010`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 14。	暂无已核实直接文献
`At3g28860`	可能参与油菜素甾醇的输出及相关信号转导。	TWISTED DWARF1, a unique plasma membrane-anchored immunophilin-like protein, interacts with Arabidopsis multidrug resistance-like transporters AtPGP1 and AtPGP19.2003 · DOI: 10.1091/mbc.e02-10-0698 Connective auxin transport contributes to strigolactone-mediated shoot branching control independent of the transcription factor BRC1.2019 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1008023 An ATP-Binding Cassette Transporter, ABCB19, Regulates Leaf Position and Morphology during Phototropin1-Mediated Blue Light Responses.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.00223 Arabidopsis TWISTED DWARF1 regulates stamen elongation by differential activation of ABCB1,19-mediated auxin transport.2022 · DOI: 10.1093/jxb/erac185 Loss of Multiple ABCB Auxin Transporters Recapitulates the Major twisted dwarf 1 Phenotypes in Arabidopsis thaliana .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.840260 Structure and function of the <i>Arabidopsis</i> ABC transporter ABCB19 in brassinosteroid export.2024 · DOI: 10.1126/science.adj4591 ABCB19 transporter: fostering brassinosteroid transport through membrane flexibility.2024 · DOI: 10.1016/j.tplants.2024.06.005 Structural insights into brassinosteroid export mediated by the Arabidopsis ABC transporter ABCB1.2025 · DOI: 10.1016/j.xplc.2024.101181 Quantitative analysis of the root posture of Arabidopsis thaliana mutants with wavy roots.2024 · DOI: 10.1017/qpb.2024.12
`At4g25960`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 2。	暂无已核实直接文献
`At1g10680`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 10。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015123 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27940

ath:AT1G28010

ath:AT3G28860

ath:AT4G25960

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.439

排名 1 · LXL04_015123 · OH-1004

溶酶体／液泡0.292

排名 2 · LXL04_015123 · OH-1004

内质网0.123

排名 3 · LXL04_015123 · OH-1004

细胞质0.112

排名 4 · LXL04_015123 · OH-1004

高尔基体0.063

排名 5 · LXL04_015123 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664.29ABC_membrane51-321 aa

PF00005.34ABC_tran391-539 aa

PF02463.26SMC_N510-582 aa

PF00664.29ABC_membrane681-950 aa

PF00005.34ABC_tran1017-1166 aa

PF02463.26SMC_N1058-1206 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015123	`PF00664.29`	ABC_membrane	51	321	7.6e-109	364.3
LXL04_015123	`PF00005.34`	ABC_tran	391	539	3.6e-68	229.1
LXL04_015123	`PF02463.26`	SMC_N	510	582	2.1e-11	44.4
LXL04_015123	`PF00664.29`	ABC_membrane	681	950	7.6e-109	364.3
LXL04_015123	`PF00005.34`	ABC_tran	1017	1166	3.6e-68	229.1
LXL04_015123	`PF02463.26`	SMC_N	1058	1206	2.1e-11	44.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7F8`	拟南芥	ABC transporter B family member 13	67.766%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C7F2`	拟南芥	ABC transporter B family member 14	66.804%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LJX0`	拟南芥	ABC transporter B family member 19	50.321%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LPK2`	拟南芥	ABC transporter B family member 2	50.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SGY1`	拟南芥	ABC transporter B family member 10	50.206%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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