LXL04_015092 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015092

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 63303396-63307240 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2925 bp · LXL04_015092|LXL04_015092|OH1004|cDNA

ATGAAGATGaagctccttcttcttcttcttcacatTCTCCTTTTCACTCTTCTGGATTTATCAAATGGATCTTCAGATCTTGATGCACTCCTGAAGCTCAAAGCATCAATGGCTGTGGCACCAGACAGGTCTGTCTTAGATGATTGGGTACCTAATTCAATCGTCTACAATTCACATTGTTCGTTTTCTGGAGTTACGTGTGATGAGAACTCACGTGTAACGTCGTTGATAATCTCGAATGTTGCTCTGAACGGTAGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2925 bp · LXL04_015092|LXL04_015092|OH1004|CDS

ATGAAGATGAAGCTCCTTCTTCTTCTTCTTCACATTCTCCTTTTCACTCTTCTGGATTTATCAAATGGATCTTCAGATCTTGATGCACTCCTGAAGCTCAAAGCATCAATGGCTGTGGCACCAGACAGGTCTGTCTTAGATGATTGGGTACCTAATTCAATCGTCTACAATTCACATTGTTCGTTTTCTGGAGTTACGTGTGATGAGAACTCACGTGTAACGTCGTTGATAATCTCGAATGTTGCTCTGAACGGTAGTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

974 aa · LXL04_015092|LXL04_015092|OH1004|PROTEIN

MKMKLLLLLLHILLFTLLDLSNGSSDLDALLKLKASMAVAPDRSVLDDWVPNSIVYNSHCSFSGVTCDENSRVTSLIISNVALNGSIPPEIGILNKLVNITLTSDGLTGELPLEMCNLTSIRFINFSTNAFTGEFPGEIVAAMTELEVFDVYNNNFSGKLPLEFVKLKNLKTLFLGGNFFNGEIPEEYSEFQSLRSLGLQGNELSGRIPWRLSRLSTLEELWLGYYNSYDGGIPPEFGSFKALKLLDAGGCNLTGEIPES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015092`
TK1151 ID	TkA02G369660
OH-1004 ID	LXL04_015092
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015092

位置 Chr03:63303396-63307240 (-)

描述 Similar to CLV1: Receptor protein kinase CLAVATA1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75820`	富含LRR的类受体激酶（LRR-RLK），类似于BAM1和BAM3，参与CLAVATA家族肽（例如CLV3、CLE25、CLE26和CLE45）的检测，并通过CIK蛋白（CIKs）以及PBL34、PBL35和PBL36的磷酸化调节原韧皮部分化和分生组织维持所需的触发信号。	Stem cell signaling in Arabidopsis requires CRN to localize CLV2 to the plasma membrane.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.149930 Receptor-like cytoplasmic kinase MAZZA mediates developmental processes with CLAVATA1 family receptors in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1093/jxb/erab183 A CLE-BAM-CIK signalling module controls root protophloem differentiation in Arabidopsis.2022 · DOI: 10.1111/nph.17791 Receptor-like cytoplasmic kinases PBL34/35/36 are required for CLE peptide-mediated signaling to maintain shoot apical meristem and root apical meristem homeostasis in Arabidopsis.2022 · DOI: 10.1093/plcell/koab315

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015092 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007172 signal complex assembly 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0036289 peptidyl-serine autophosphorylation 生物过程

GO:2000037 regulation of stomatal complex patterning 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75820

gmx:732625

gmx:732661

mtr:11439632

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.869

排名 1 · LXL04_015092 · OH-1004

内质网0.087

排名 2 · LXL04_015092 · OH-1004

细胞质0.062

排名 3 · LXL04_015092 · OH-1004

细胞核0.037

排名 4 · LXL04_015092 · OH-1004

溶酶体／液泡0.029

排名 5 · LXL04_015092 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_225-68 aa

PF13855.13LRR_8145-204 aa

PF23598.2LRR_14235-372 aa

PF12799.14LRR_4267-301 aa

PF13855.13LRR_8267-325 aa

PF24141.2LRR_ComC284-383 aa

PF23598.2LRR_14429-511 aa

PF12799.14LRR_4456-496 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015092	`PF08263.18`	LRRNT_2	25	68	1.8e-07	32.0
LXL04_015092	`PF13855.13`	LRR_8	145	204	1.4e-31	108.7
LXL04_015092	`PF23598.2`	LRR_14	235	372	1.6e-34	119.9
LXL04_015092	`PF12799.14`	LRR_4	267	301	2.8e-33	113.9
LXL04_015092	`PF13855.13`	LRR_8	267	325	1.4e-31	108.7
LXL04_015092	`PF24141.2`	LRR_ComC	284	383	1.5e-10	41.9
LXL04_015092	`PF23598.2`	LRR_14	429	511	1.6e-34	119.9
LXL04_015092	`PF12799.14`	LRR_4	456	496	2.8e-33	113.9
LXL04_015092	`PF13855.13`	LRR_8	456	492	1.4e-31	108.7
LXL04_015092	`PF13855.13`	LRR_8	482	540	1.4e-31	108.7
LXL04_015092	`PF23598.2`	LRR_14	518	583	1.6e-34	119.9
LXL04_015092	`PF13855.13`	LRR_8	529	587	1.4e-31	108.7
LXL04_015092	`PF12799.14`	LRR_4	553	586	2.8e-33	113.9
LXL04_015092	`PF00069.32`	Pkinase	692	958	1.1e-39	137.1
LXL04_015092	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	693	960	2.7e-41	142.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYQ8`	拟南芥	Receptor protein kinase CLAVATA1	62.474%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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