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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_014917
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 59604927-59606217 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

960 bp · LXL04_014917|LXL04_014917|OH1004|cDNA

ATGTATATGAGTCAAACTTTGATATGGAACGCGCAATTCGGCCAATCATCAGACTACCTCAATACAACAAAGACAAGACCGACTTTGGAATTCCAAATACGTGCAGACCTTGAAAACCTGGTAGCTGCTATGAAGAAGAATTCAGCTCAAATATCTCAAAAACCATCCCTCACCGATCTCGGCTTTACAGGAAACTTCGTTCAACTAACCGCCTTAGAGCCAAAAGTGGTACTAAAAGCCATACATGACCTGGATTTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

960 bp · LXL04_014917|LXL04_014917|OH1004|CDS

ATGTATATGAGTCAAACTTTGATATGGAACGCGCAATTCGGCCAATCATCAGACTACCTCAATACAACAAAGACAAGACCGACTTTGGAATTCCAAATACGTGCAGACCTTGAAAACCTGGTAGCTGCTATGAAGAAGAATTCAGCTCAAATATCTCAAAAACCATCCCTCACCGATCTCGGCTTTACAGGAAACTTCGTTCAACTAACCGCCTTAGAGCCAAAAGTGGTACTAAAAGCCATACATGACCTGGATTTTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

319 aa · LXL04_014917|LXL04_014917|OH1004|PROTEIN

MYMSQTLIWNAQFGQSSDYLNTTKTRPTLEFQIRADLENLVAAMKKNSAQISQKPSLTDLGFTGNFVQLTALEPKVVLKAIHDLDFVGKVRGQGYYFKIPSRAKCNCSYIEEYDQVLLREKFITRSLDSESTNSKALMTSCILSIVATALKDNVVLTKCEVFYMNTTLFEKQYNSDSVIEDVACLLKCTRGSLSIMASERGTVIGNLVFSKDEQIFDCTKQGSNPKRSEKCDISVNQSILCIASAIFSRLAMDSFYDRST...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_014917
TK1151 IDTkA02G384070
OH-1004 IDLXL04_014917
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)91.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.936 / OH-1004 58.307
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_014917
位置Chr03:59604927-59606217 (-)
描述Similar to TOP6A: DNA topoisomerase 6 subunit A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g02820 DNA 拓扑异构酶 VI 的组成部分，参与染色质组织和内复制循环的推进。
A crucial role for the putative Arabidopsis topoisomerase VI in plant growth and development.2002 · DOI: 10.1073/pnas.152337599
DNA topoisomerase VI is essential for endoreduplication in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1016/s0960-9822(02)01198-3

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0284800 DNA 拓扑异构酶 VI 的组成部分，参与染色质组织和内复制循环的推进。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2XFC1 DNA 拓扑异构酶 VI 的组成部分，参与染色质组织和内复制循环的推进。 暂无已核实直接文献
Os12g0622500 需要进行减数分裂重组。
OsSpo11-4, a rice homologue of the archaeal TopVIA protein, mediates double-strand DNA cleavage and interacts with OsTopVIB.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0020327
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014917 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000706 meiotic DNA double-strand break processing 生物过程
GO:0006260 DNA replication 生物过程
GO:0006265 DNA topological change 生物过程
GO:0006302 double-strand break repair 生物过程
GO:0007131 reciprocal meiotic recombination 生物过程
GO:0042138 meiotic DNA double-strand break formation 生物过程
GO:0090628 plant epidermal cell fate specification 生物过程
GO:0000228 nuclear chromosome 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005694 chromosome 细胞组分
GO:0009330 DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex 细胞组分
GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G02820
dosa:Os03g0284800
dosa:Os12g0622500
osa:4332468
pfu:PF1578
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.438
排名 1 · LXL04_014917 · OH-1004
细胞核0.424
排名 2 · LXL04_014917 · OH-1004
线粒体0.117
排名 3 · LXL04_014917 · OH-1004
细胞膜0.053
排名 4 · LXL04_014917 · OH-1004
内质网0.044
排名 5 · LXL04_014917 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04406.20TP6A_N136-195 aa
PF21180.4TOP6A-Spo11_Toprim259-313 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_014917PF04406.20TP6A_N1361952.3e-1453.7
LXL04_014917PF21180.4TOP6A-Spo11_Toprim2593131.1e-0732.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LZ03拟南芥DNA topoisomerase 6 subunit A33.096%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q0DSV9水稻Topoisomerase 6 subunit A333.452%Swiss-Prot中等数据库同源证据
A2XFC1水稻DNA topoisomerase 6 subunit A333.452%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q2QM00水稻Meiotic recombination protein SPO11-434.746%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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