基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_014884
当前版本: OH-1004
染色体: Chr03
坐标: 58915246-58930624
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA5580 bp · LXL04_014884|LXL04_014884|OH1004|cDNA
ATGGGGAGGATTTCGGCTGTCGAAATTACTTTACAATCGTTTACCAGTGGAGATGACATCATTCGGAAAATTATCGAGATCTGGGGCCAATTTAGAGTGCCAATTTTAGCGCCATTGTTAAGAATCTTGATGTATGTTTCTCTTGCGATGTCCATAATGTTGTTCTTAGAGAAGGTTTATATGTCATTGGTGGTTGGATTCAATTGGTTATTTCTAAGAAAGACAGAAAAACGCTACAAATGGGAAGAATTCAAAAAAGA...
CDS
下载 CDS FASTA5580 bp · LXL04_014884|LXL04_014884|OH1004|CDS
ATGGGGAGGATTTCGGCTGTCGAAATTACTTTACAATCGTTTACCAGTGGAGATGACATCATTCGGAAAATTATCGAGATCTGGGGCCAATTTAGAGTGCCAATTTTAGCGCCATTGTTAAGAATCTTGATGTATGTTTCTCTTGCGATGTCCATAATGTTGTTCTTAGAGAAGGTTTATATGTCATTGGTGGTTGGATTCAATTGGTTATTTCTAAGAAAGACAGAAAAACGCTACAAATGGGAAGAATTCAAAAAAGA...
1859 aa · LXL04_014884|LXL04_014884|OH1004|PROTEIN
MGRISAVEITLQSFTSGDDIIRKIIEIWGQFRVPILAPLLRILMYVSLAMSIMLFLEKVYMSLVVGFNWLFLRKTEKRYKWEEFKKDVESGNSVYPLVLIQIPMFNEREVYQLSIGAACALSWPSDRIVIQVLDDSTDPIIKDMVEVECQKWASKGTNIHYQVRDNRKGYKAGALKEGLKHPYANECEYVAIFDADFQPEPDFLWKTIPFLYHNSTLGLVQTRWKFEQGSPQITPSSSPPPSPKTSTMSGESHNLATNLK...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_014884 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_014884 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr03:58915246-58930624 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to RE1: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0008270 zinc ion binding 分子功能 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | 暂无功能描述 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.492
细胞核0.267
线粒体0.119
内质网0.106
过氧化物酶体0.080
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00535.33Glycos_transf_2102-239 aaPF14223.15Retrotran_gag_2286-460 aaPF13976.12gag_pre-integrs571-614 aaPF00665.33rve627-725 aaPF25597.2SH3_retrovirus799-860 aaPF07727.20RVT_21009-1252 aaPF13632.13Glyco_trans_2_31507-1690 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_014884 | PF00535.33 | Glycos_transf_2 | 102 | 239 | 2.2e-10 | 41.4 |
| LXL04_014884 | PF14223.15 | Retrotran_gag_2 | 286 | 460 | 2.9e-24 | 86.4 |
| LXL04_014884 | PF13976.12 | gag_pre-integrs | 571 | 614 | 7e-09 | 36.1 |
| LXL04_014884 | PF00665.33 | rve | 627 | 725 | 5.2e-08 | 33.8 |
| LXL04_014884 | PF25597.2 | SH3_retrovirus | 799 | 860 | 8.2e-23 | 80.7 |
| LXL04_014884 | PF07727.20 | RVT_2 | 1009 | 1252 | 2.1e-69 | 234.5 |
| LXL04_014884 | PF13632.13 | Glyco_trans_2_3 | 1507 | 1690 | 3.9e-11 | 43.9 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q94HW2 | 拟南芥 | Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1 | 55.114% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9ZT94 | 拟南芥 | Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2 | 52.773% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9LZR3 | 拟南芥 | Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9 | 62.060% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q67VS7 | 水稻 | Probable glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9 | 53.717% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |