LXL04_014839 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014839

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 57856931-57858157 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

513 bp · LXL04_014839|LXL04_014839|OH1004|cDNA

ATGAGAGTGGGAAGATTGAAGAGTAGCATAGGACCCATAGTATACAAGCATGGGGGTAAATTGGCACATCAGGGATGTGTAAATACTATTGCTTGGAACTCAAAACGCTCACTATTGATATCTGGATCTGATGACACCCGTGTAAATGTTTGGAGTTATGAAAGCCGCAAGCTTCTGCAATCCATTGAGAGTGGCCATACTTTAAACATATTATGTACCAAGTTTGTTCCTGAAACATGTGATGATTTCGTAGCATCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

513 bp · LXL04_014839|LXL04_014839|OH1004|CDS

ATGAGAGTGGGAAGATTGAAGAGTAGCATAGGACCCATAGTATACAAGCATGGGGGTAAATTGGCACATCAGGGATGTGTAAATACTATTGCTTGGAACTCAAAACGCTCACTATTGATATCTGGATCTGATGACACCCGTGTAAATGTTTGGAGTTATGAAAGCCGCAAGCTTCTGCAATCCATTGAGAGTGGCCATACTTTAAACATATTATGTACCAAGTTTGTTCCTGAAACATGTGATGATTTCGTAGCATCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

170 aa · LXL04_014839|LXL04_014839|OH1004|PROTEIN

MRVGRLKSSIGPIVYKHGGKLAHQGCVNTIAWNSKRSLLISGSDDTRVNVWSYESRKLLQSIESGHTLNILCTKFVPETCDDFVASGAADTEVRLFNLSRTQEDCNITPSALFQCHTRRVKKLAVEPGNPNVVWSASEDGTLRQHDLREVTSCPPAGECRNILGTRLGPD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014839`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014839

位置 Chr03:57856931-57858157 (+)

描述 Similar to ASG2: Protein ALTERED SEED GERMINATION 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10940`	可能作为 CUL4-DDB1 E3 泛素蛋白连接酶复合体的底物适配器（可能）。	ASG2 is a farnesylated DWD protein that acts as ABA negative regulator in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1111/pce.12605 Remarkable Evolutionary Conservation of Antiobesity ADIPOSE/WDTC1 Homologs in Animals and Plants.2017 · DOI: 10.1534/genetics.116.198382

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014839 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006006 glucose metabolic process 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0032869 cellular response to insulin stimulus 生物过程

GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程

GO:0045717 negative regulation of fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

GO:0055082 intracellular chemical homeostasis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G10940

hsa:23038

hsa:55827

mmu:230796

mmu:74106

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.431

排名 1 · LXL04_014839 · OH-1004

细胞质0.427

排名 2 · LXL04_014839 · OH-1004

线粒体0.111

排名 3 · LXL04_014839 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 4 · LXL04_014839 · OH-1004

过氧化物酶体0.053

排名 5 · LXL04_014839 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd17-148 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR522-149 aa

PF00400.39WD4022-52 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st22-146 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz22-101 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd22-102 aa

PF24805.2EIF3I22-150 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC323-101 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014839	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	17	148	4.3e-07	30.2
LXL04_014839	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	22	149	3.2e-18	66.7
LXL04_014839	`PF00400.39`	WD40	22	52	1.1e-14	54.8
LXL04_014839	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	22	146	5.4e-14	53.0
LXL04_014839	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	22	101	1.4e-11	45.0
LXL04_014839	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	22	102	7.9e-07	29.3
LXL04_014839	`PF24805.2`	EIF3I	22	150	7.7e-06	26.0
LXL04_014839	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	23	101	1.7e-21	77.2
LXL04_014839	`PF24796.2`	WDR55	23	149	1.1e-06	28.6
LXL04_014839	`PF24814.2`	WD40_Prp19	25	150	4.9e-16	59.3
LXL04_014839	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	26	141	4.6e-12	46.6
LXL04_014839	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	27	103	2.6e-11	43.9
LXL04_014839	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	72	152	1.4e-11	45.0
LXL04_014839	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	81	149	2.6e-11	43.9
LXL04_014839	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	83	150	1.7e-21	77.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94BQ3`	拟南芥	Protein ALTERED SEED GERMINATION 2	73.154%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情