RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_014767
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 56604405-56606978 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2574 bp · LXL04_014767|LXL04_014767|OH1004|cDNA

ATGCGCCACCCTTTCCCACCACTTCATTTTAAACGCCTCCACCGCCAGCTGTTAGCCTTCTTCTCCACCGCTGCTCACGTATTCGAAAAATGCAGCTCCCTAAACAAAGTCAAGCTTCTTCACCAACAACTCACGGTGAAAGGCCTTGCAGCCTCAGACTCCAGGGAATTACAAAAACTCGTGGGCATGTACATCTCCTGCGACGCCCCATCACACGCCCTTGTTGTCCTCTCTCGCGTCCAGCCTTCGCCGTCGTCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2574 bp · LXL04_014767|LXL04_014767|OH1004|CDS

ATGCGCCACCCTTTCCCACCACTTCATTTTAAACGCCTCCACCGCCAGCTGTTAGCCTTCTTCTCCACCGCTGCTCACGTATTCGAAAAATGCAGCTCCCTAAACAAAGTCAAGCTTCTTCACCAACAACTCACGGTGAAAGGCCTTGCAGCCTCAGACTCCAGGGAATTACAAAAACTCGTGGGCATGTACATCTCCTGCGACGCCCCATCACACGCCCTTGTTGTCCTCTCTCGCGTCCAGCCTTCGCCGTCGTCTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

857 aa · LXL04_014767|LXL04_014767|OH1004|PROTEIN

MRHPFPPLHFKRLHRQLLAFFSTAAHVFEKCSSLNKVKLLHQQLTVKGLAASDSRELQKLVGMYISCDAPSHALVVLSRVQPSPSSLFWWNSLIRRAVRLHLLDHALELYHGMQSLGWRPDGYTFPFILKACGELPSFRRGSSFHGVVCILGYESNVFVGNALVAMYDRCGDLDSARQVFDEMIDTEIADVISWNSIISAYMHSGDSKKAVHMFYRMTSNKKGKTQLRADAVSLVNILPALASVHASSQGKEAHAYALRT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_014767
TK1151 IDTkA02G398900
OH-1004 IDLXL04_014767
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)76.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 38.856
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_014767
位置Chr03:56604405-56606978 (-)
描述Similar to PCMP-H92: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16860
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g16860 含五基重复蛋白 At5g16860。 暂无已核实直接文献
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At2g22070 含五肽重复序列的蛋白 At2g22070。 暂无已核实直接文献
At3g22690 含五节重复序列蛋白At3g22690。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014767 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT2G22070
ath:AT4G18750
ath:AT5G16860
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.613
排名 1 · LXL04_014767 · OH-1004
质体0.246
排名 2 · LXL04_014767 · OH-1004
细胞核0.054
排名 3 · LXL04_014767 · OH-1004
细胞质0.031
排名 4 · LXL04_014767 · OH-1004
细胞膜0.006
排名 5 · LXL04_014767 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_289-132 aa
PF13041.13PPR_2190-220 aa
PF01535.27PPR192-220 aa
PF01535.27PPR270-296 aa
PF13041.13PPR_2295-343 aa
PF12854.14PPR_1296-323 aa
PF01535.27PPR298-325 aa
PF13812.13PPR_3321-377 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_014767PF13041.13PPR_2891321.5e-71237.0
LXL04_014767PF13041.13PPR_21902201.5e-71237.0
LXL04_014767PF01535.27PPR1922201.5e-71232.5
LXL04_014767PF01535.27PPR2702961.5e-71232.5
LXL04_014767PF13041.13PPR_22953431.5e-71237.0
LXL04_014767PF12854.14PPR_12963231.7e-46156.3
LXL04_014767PF01535.27PPR2983251.5e-71232.5
LXL04_014767PF13812.13PPR_33213771.1e-32112.6
LXL04_014767PF12854.14PPR_13283581.7e-46156.3
LXL04_014767PF13041.13PPR_23313781.5e-71237.0
LXL04_014767PF01535.27PPR3333621.5e-71232.5
LXL04_014767PF12854.14PPR_14394681.7e-46156.3
LXL04_014767PF13041.13PPR_24404921.5e-71237.0
LXL04_014767PF01535.27PPR4434701.5e-71232.5
LXL04_014767PF01535.27PPR5195461.5e-71232.5
LXL04_014767PF13041.13PPR_25455971.5e-71237.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LFL5拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g1686056.568%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SN39拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic37.143%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q3E6Q1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic35.226%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SHZ8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2207038.420%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LUJ2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2269035.607%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看