LXL04_014725 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014725

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 55612793-55619656 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2496 bp · LXL04_014725|LXL04_014725|OH1004|cDNA

ATGTCTGCTTCATTGGCGACATTCACGCGTCCCCGAATTGGAGCGACAACTACGGTTTTCAAGAGTGGGCCGCTGTTCATATCATCAAAAGGGTTAGGTTGGAAGTCATGGAAGAAGCGTTGGTTTATTCTCACACGAACTTCTCTGGTGTTTTTTAAAAATGATCCAGTCAGTTCTCTTTCTCAATTGaGTGCACTTCCTCAGAGAGGAAGTGAAGTGAATCTGACATTGGGGGGAATTGACTTGAACAATTCAGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2496 bp · LXL04_014725|LXL04_014725|OH1004|CDS

ATGTCTGCTTCATTGGCGACATTCACGCGTCCCCGAATTGGAGCGACAACTACGGTTTTCAAGAGTGGGCCGCTGTTCATATCATCAAAAGGGTTAGGTTGGAAGTCATGGAAGAAGCGTTGGTTTATTCTCACACGAACTTCTCTGGTGTTTTTTAAAAATGATCCAGTCAGTTCTCTTTCTCAATTGAGTGCACTTCCTCAGAGAGGAAGTGAAGTGAATCTGACATTGGGGGGAATTGACTTGAACAATTCAGGAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

831 aa · LXL04_014725|LXL04_014725|OH1004|PROTEIN

MSASLATFTRPRIGATTTVFKSGPLFISSKGLGWKSWKKRWFILTRTSLVFFKNDPVSSLSQLSALPQRGSEVNLTLGGIDLNNSGSVVVREDKKLLTVLFPDGRDGRAFTLKAETSEDLFEWKTALEHALSQAPNAALVMGQNGIFRNDTTDSTDGSFYQWSNKRPIKSLVVGRPILLALEDIDGGPSFLEKALRFLEKHGSKVEGILRQAADVEEVDRRVQEYETGKTEFNSDEDAHVIGDCVKHVLRELPSSPVPAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014725`
TK1151 ID	TkA02G402270
OH-1004 ID	LXL04_014725
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014725

位置 Chr03:55612793-55619656 (+)

描述 Similar to ROPGAP7: Rho GTPase-activating protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19390`	通过将Rac型GTP酶转换为不活跃的GDP结合状态，作为其GTP酶激活剂。	暂无已核实直接文献
`At5g12150`	通过将Rac型GTP酶转换为不活跃的GDP结合状态，作为其GTP酶激活剂。	暂无已核实直接文献
`At4g24580`	通过将Rac型GTP酶转换为不活跃的GDP结合状态，作为其GTP酶激活剂。	A tip-localized RhoGAP controls cell polarity by globally inhibiting Rho GTPase at the cell apex.2008 · DOI: 10.1016/j.cub.2008.11.057

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014725 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0009865 pollen tube adhesion 生物过程

GO:0009920 cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0035021 negative regulation of Rac protein signal transduction 生物过程

GO:0035024 negative regulation of Rho protein signal transduction 生物过程

GO:0043547 positive regulation of GTPase activity 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0090630 activation of GTPase activity 生物过程

GO:1900028 negative regulation of ruffle assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24580

ath:AT5G12150

ath:AT5G19390

hsa:83478

mmu:231532

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.460

排名 1 · LXL04_014725 · OH-1004

细胞膜0.383

排名 2 · LXL04_014725 · OH-1004

细胞核0.288

排名 3 · LXL04_014725 · OH-1004

高尔基体0.068

排名 4 · LXL04_014725 · OH-1004

溶酶体／液泡0.058

排名 5 · LXL04_014725 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00169.36PH20-131 aa

PF00620.33RhoGAP188-332 aa

PF14389.12Lzipper-MIP1581-661 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014725	`PF00169.36`	PH	20	131	1.6e-11	45.4
LXL04_014725	`PF00620.33`	RhoGAP	188	332	5.5e-33	114.6
LXL04_014725	`PF14389.12`	Lzipper-MIP1	581	661	3.2e-21	76.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWQ4`	拟南芥	Rho GTPase-activating protein 7	63.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FMP8`	拟南芥	Rho GTPase-activating protein 6	61.439%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JQZ3`	拟南芥	Rho GTPase-activating protein REN1	48.109%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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