LXL04_014656 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014656

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 54419660-54422826 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

549 bp · LXL04_014656|LXL04_014656|OH1004|cDNA

ATGGCCGATCAGCTCACTGATGATCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCCTTCAGCTTGTTCGACAAGGATGGCGATGGTTGCATCACTACCAAGGAGCTCGGAACAGTTATGAGGTCTCTGGGGCAAAACCCCACAGAGGCCGAACTTCAAGACATGATCAATGAGGTTGATGCTGATGGAAACGGGACCATTGATTTCCCTGAGTTTCTTAATCTGATGGCCAGGAAGATGAAGGACACAGACTCCGAAGAGGAACTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

549 bp · LXL04_014656|LXL04_014656|OH1004|CDS

ATGGCCGATCAGCTCACTGATGATCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCCTTCAGCTTGTTCGACAAGGATGGCGATGGTTGCATCACTACCAAGGAGCTCGGAACAGTTATGAGGTCTCTGGGGCAAAACCCCACAGAGGCCGAACTTCAAGACATGATCAATGAGGTTGATGCTGATGGAAACGGGACCATTGATTTCCCTGAGTTTCTTAATCTGATGGCCAGGAAGATGAAGGACACAGACTCCGAAGAGGAACTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

182 aa · LXL04_014656|LXL04_014656|OH1004|PROTEIN

MADQLTDDQISEFKEAFSLFDKDGDGCITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLNLMARKMKDTDSEEELKEAFRVFDKDQNGFISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADVDGDGQINYEEFVKIMMAKIRRKRRKRRKEGAMQSRVKSSRWRKARGGCFIL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014656`
TK1151 ID	TkA02G406300
OH-1004 ID	LXL04_014656
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014656

位置 Chr03:54419660-54422826 (+)

描述 Similar to CAM53: Calmodulin-related protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g43810`	钙调蛋白介导Ca²⁺对多种酶、离子通道及其他蛋白质的调控。	ABC transporter PEN3/PDR8/ABCG36 interacts with calmodulin that, like PEN3, is required for Arabidopsis nonhost resistance.2016 · DOI: 10.1111/nph.13582

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014656 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016460 myosin II complex 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.559

排名 1 · LXL04_014656 · OH-1004

细胞核0.264

排名 2 · LXL04_014656 · OH-1004

细胞膜0.246

排名 3 · LXL04_014656 · OH-1004

内质网0.098

排名 4 · LXL04_014656 · OH-1004

高尔基体0.093

排名 5 · LXL04_014656 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21008.4AIF-17-76 aa

PF00036.39EF-hand_112-40 aa

PF13499.13EF-hand_712-73 aa

PF13405.13EF-hand_612-41 aa

PF13202.13EF-hand_514-37 aa

PF14658.13EF-hand_915-75 aa

PF13833.13EF-hand_825-75 aa

PF30551.1CFAP251_C25-127 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014656	`PF21008.4`	AIF-1	7	76	8.4e-17	62.4
LXL04_014656	`PF00036.39`	EF-hand_1	12	40	2.7e-41	136.8
LXL04_014656	`PF13499.13`	EF-hand_7	12	73	6.8e-41	139.2
LXL04_014656	`PF13405.13`	EF-hand_6	12	41	6.6e-32	106.9
LXL04_014656	`PF13202.13`	EF-hand_5	14	37	2.6e-26	90.6
LXL04_014656	`PF14658.13`	EF-hand_9	15	75	7.1e-20	71.9
LXL04_014656	`PF13833.13`	EF-hand_8	25	75	2.4e-27	95.2
LXL04_014656	`PF30551.1`	CFAP251_C	25	127	2.1e-13	51.1
LXL04_014656	`PF00036.39`	EF-hand_1	48	75	2.7e-41	136.8
LXL04_014656	`PF13202.13`	EF-hand_5	49	73	2.6e-26	90.6
LXL04_014656	`PF23564.2`	EF-hand_FSTL1	77	152	5e-12	47.0
LXL04_014656	`PF13499.13`	EF-hand_7	83	147	6.8e-41	139.2
LXL04_014656	`PF21008.4`	AIF-1	84	149	8.4e-17	62.4
LXL04_014656	`PF00036.39`	EF-hand_1	85	112	2.7e-41	136.8
LXL04_014656	`PF13405.13`	EF-hand_6	85	114	6.6e-32	106.9
LXL04_014656	`PF13202.13`	EF-hand_5	86	110	2.6e-26	90.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P59220`	拟南芥	Calmodulin-7	99.329%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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