LXL04_014603 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014603

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 53600881-53603428 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2049 bp · LXL04_014603|LXL04_014603|OH1004|cDNA

ATGAGCGTACCACATCAAAAGTTGTTGCGTTTCATTTCTAGTAATTGTTTCTCTCCTGTTGCCGGCGGAATCGCCGTTTCAGCACCGTCAAGGGACAGAGCTGATGTCGCCGGTGGTAACATCCAGCAAGCCACCCCTTTCTTAACCCTAAATATCCCTAAACTCGAACCTAAAGACGAACCTTTCGACGACCCACCCCATCCCCACCATTCTCATACCAATTATGCAAACCCTAACCTTAATTTCACTCTCAACACACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2049 bp · LXL04_014603|LXL04_014603|OH1004|CDS

ATGAGCGTACCACATCAAAAGTTGTTGCGTTTCATTTCTAGTAATTGTTTCTCTCCTGTTGCCGGCGGAATCGCCGTTTCAGCACCGTCAAGGGACAGAGCTGATGTCGCCGGTGGTAACATCCAGCAAGCCACCCCTTTCTTAACCCTAAATATCCCTAAACTCGAACCTAAAGACGAACCTTTCGACGACCCACCCCATCCCCACCATTCTCATACCAATTATGCAAACCCTAACCTTAATTTCACTCTCAACACACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

682 aa · LXL04_014603|LXL04_014603|OH1004|PROTEIN

MSVPHQKLLRFISSNCFSPVAGGIAVSAPSRDRADVAGGNIQQATPFLTLNIPKLEPKDEPFDDPPHPHHSHTNYANPNLNFTLNTQPDTSQPVAQPAVGENDVYSEFSRIQEMFRTAFSNNTDKYDAPGFIDPDAQAIVPVPEENHLSAVADSSRRKYQQRSGELVRVTNLGVEDERYFRDVVRKTRMMYDSLRVFVTMEDEKRRNNVFGRIPRARGDLKASSVMKDRGLWLNRDKRIVGAIPGVYVGDIFFFRMEICV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014603`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014603

位置 Chr03:53600881-53603428 (+)

描述 Similar to SUVH9: Histone-lysine N-methyltransferase family member SUVH9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g13460`	起基因沉默作用的组蛋白甲基转移酶家族成员。	SRA-domain proteins required for DRM2-mediated de novo DNA methylation.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000280 SRA- and SET-domain-containing proteins link RNA polymerase V occupancy to DNA methylation.2014 · DOI: 10.1038/nature12931 Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026
`At2g33290`	组蛋白甲基转移酶家族成员，在基因沉默中发挥核心作用。	Pivotal role of AtSUVH2 in heterochromatic histone methylation and gene silencing in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7600604 SRA-domain proteins required for DRM2-mediated de novo DNA methylation.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000280 SRA- and SET-domain-containing proteins link RNA polymerase V occupancy to DNA methylation.2014 · DOI: 10.1038/nature12931 Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026
`At5g04940`	组蛋白甲基转移酶。	Pivotal role of AtSUVH2 in heterochromatic histone methylation and gene silencing in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7600604
`At1g73100`	组蛋白甲基转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014603 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0000792 heterochromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0001228 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73100

ath:AT2G33290

ath:AT4G13460

ath:AT5G04940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.918

排名 1 · LXL04_014603 · OH-1004

细胞质0.105

排名 2 · LXL04_014603 · OH-1004

细胞膜0.034

排名 3 · LXL04_014603 · OH-1004

质体0.026

排名 4 · LXL04_014603 · OH-1004

内质网0.019

排名 5 · LXL04_014603 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02182.24SAD_SRA240-392 aa

PF05033.23Pre-SET423-518 aa

PF00856.34SET537-668 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014603	`PF02182.24`	SAD_SRA	240	392	1.5e-51	174.7
LXL04_014603	`PF05033.23`	Pre-SET	423	518	1.7e-22	80.6
LXL04_014603	`PF00856.34`	SET	537	668	9.9e-13	49.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T0G7`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase family member SUVH9	57.680%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22781`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase family member SUVH2	52.895%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FF80`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH1	41.468%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C5P4`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH3	39.278%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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