LXL04_014510 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014510

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 51269995-51276949 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2673 bp · LXL04_014510|LXL04_014510|OH1004|cDNA

aTGTCGACGGAAATGGCTAACACGGATCCAGAGGGAATCGATGGTGTTCGTATGACATGGAACGCCTGGCCTCGCACAAAAGTTGAAGCAAGCAAGTGCGTGATTCCAATTGCAGCTTCGATTTCTCCGATCCGCCCTCACCCACACATCCCCAACAATCCATACGCACCTCTTCGATGCAAGACCTGCTCCGCCGTTCTCAACCCATTCTGCCGTGTCGACTTCTCGGCCCTGATTTGGATCTGCCCATTCTGCTTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2673 bp · LXL04_014510|LXL04_014510|OH1004|CDS

ATGTCGACGGAAATGGCTAACACGGATCCAGAGGGAATCGATGGTGTTCGTATGACATGGAACGCCTGGCCTCGCACAAAAGTTGAAGCAAGCAAGTGCGTGATTCCAATTGCAGCTTCGATTTCTCCGATCCGCCCTCACCCACACATCCCCAACAATCCATACGCACCTCTTCGATGCAAGACCTGCTCCGCCGTTCTCAACCCATTCTGCCGTGTCGACTTCTCGGCCCTGATTTGGATCTGCCCATTCTGCTTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

890 aa · LXL04_014510|LXL04_014510|OH1004|PROTEIN

MSTEMANTDPEGIDGVRMTWNAWPRTKVEASKCVIPIAASISPIRPHPHIPNNPYAPLRCKTCSAVLNPFCRVDFSALIWICPFCFQRNHFPHHYSGISETNVPAELYPQYTTVEYAVPNPDTRNNPPQPVYVFVLDTCMIEEELKYAKLALQQALEFIPENALVGFVSYGTQVQVHELGYADISKVYVFQGSKEMSREHVLDQLGLLGGAGNNGRRMGQGFQKGAVQGQGFPNPGVSRFLLPASEGAYIIQSRLEELGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014510`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014510

位置 Chr03:51269995-51276949 (+)

描述 Similar to SEC23: Protein transport protein SEC23 (Ustilago maydis (strain 521 / FGSC 9021)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05520`	Coat蛋白复合物II (COPII) 的组成部分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献
`At3g23660`	被囊膜蛋白复合物II（COPII）所使用的组分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡。	暂无已核实直接文献
`At4g14160`	被囊膜蛋白复合物II（COPII）所使用的组分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡。	暂无已核实直接文献
`At2g21630`	Coat蛋白复合物II (COPII) 的组成部分，促进从内质网（ER）形成运输囊泡（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014510 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0090110 COPII-coated vesicle cargo loading 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0030127 COPII vesicle coat 细胞组分

GO:0070971 endoplasmic reticulum exit site 细胞组分

GO:0005096 GTPase activator activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05520

ath:AT2G21630

ath:AT3G23660

ath:AT4G14160

uma:UMAG_01624

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.524

排名 1 · LXL04_014510 · OH-1004

细胞核0.241

排名 2 · LXL04_014510 · OH-1004

高尔基体0.187

排名 3 · LXL04_014510 · OH-1004

内质网0.149

排名 4 · LXL04_014510 · OH-1004

溶酶体／液泡0.098

排名 5 · LXL04_014510 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04810.21zf-Sec23_Sec2457-95 aa

PF04811.22Sec23_trunk127-403 aa

PF08033.18Sec23_BS414-510 aa

PF04815.21Sec23_helical525-622 aa

PF00626.28Gelsolin637-725 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014510	`PF04810.21`	zf-Sec23_Sec24	57	95	5.5e-16	59.0
LXL04_014510	`PF04811.22`	Sec23_trunk	127	403	3e-59	201.2
LXL04_014510	`PF08033.18`	Sec23_BS	414	510	4.4e-17	63.2
LXL04_014510	`PF04815.21`	Sec23_helical	525	622	3e-26	91.9
LXL04_014510	`PF00626.28`	Gelsolin	637	725	3.7e-13	49.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8H0S3`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 B	70.218%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LUG1`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 E	70.719%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VXX0`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 F	71.410%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SIJ7`	拟南芥	Protein transport protein SEC23 C	56.325%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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