LXL04_014142 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014142

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 42627096-42633858 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

510 bp · LXL04_014142|LXL04_014142|OH1004|cDNA

ATGGCGGATGTGTCACCCCTGGCCAAATACAAGTTGGTATTTTTGGGCGATCAATCCGTCGGCAAAACCAGCATCATTACCAGATTCATGTATGATAAATTCGACGCCACCTATCAGGCTACAGTTGGCATTGATTTTATGTCTAAAGCAGTGTACCTTAAAGATAGAACATTTCGGTTACATATTTGGGATACTGCTGGGCACGAGAGATTTAGGAGTCTGATTCCAAGTTATATCAAAGATTCATTGGTTGCTGTTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

510 bp · LXL04_014142|LXL04_014142|OH1004|CDS

ATGGCGGATGTGTCACCCCTGGCCAAATACAAGTTGGTATTTTTGGGCGATCAATCCGTCGGCAAAACCAGCATCATTACCAGATTCATGTATGATAAATTCGACGCCACCTATCAGGCTACAGTTGGCATTGATTTTATGTCTAAAGCAGTGTACCTTAAAGATAGAACATTTCGGTTACATATTTGGGATACTGCTGGGCACGAGAGATTTAGGAGTCTGATTCCAAGTTATATCAAAGATTCATTGGTTGCTGTTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

169 aa · LXL04_014142|LXL04_014142|OH1004|PROTEIN

MADVSPLAKYKLVFLGDQSVGKTSIITRFMYDKFDATYQATVGIDFMSKAVYLKDRTFRLHIWDTAGHERFRSLIPSYIKDSLVAVIVYDVANRQSFLNTSKWIEEVRTQLGTKVIIFLVGNKTDLVDKRLLQTVIVTLQVSTEEGENKARELGFMFVETSAKSGNNIR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014142`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014142

位置 Chr03:42627096-42633858 (-)

描述 Similar to RABH1E: Ras-related protein RABH1e

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10260`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At2g44610`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At2g22290`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At4g39890`	蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014142 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0001881 receptor recycling 生物过程

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0007602 phototransduction 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0032482 Rab protein signal transduction 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0052324 plant-type cell wall cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0060078 regulation of postsynaptic membrane potential 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22290

ath:AT2G44610

ath:AT4G39890

ath:AT5G10260

dme:Dmel_CG6601

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.705

排名 1 · LXL04_014142 · OH-1004

细胞核0.270

排名 2 · LXL04_014142 · OH-1004

高尔基体0.120

排名 3 · LXL04_014142 · OH-1004

溶酶体／液泡0.105

排名 4 · LXL04_014142 · OH-1004

细胞膜0.074

排名 5 · LXL04_014142 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf9-143 aa

PF00071.29Ras11-168 aa

PF08477.20Roc11-125 aa

PF00009.34GTP_EFTU43-168 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014142	`PF00025.28`	Arf	9	143	5.3e-13	49.5
LXL04_014142	`PF00071.29`	Ras	11	168	2.9e-50	170.7
LXL04_014142	`PF08477.20`	Roc	11	125	2e-35	122.3
LXL04_014142	`PF00009.34`	GTP_EFTU	43	168	4.7e-08	33.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFT9`	拟南芥	Ras-related protein RABH1e	77.515%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80501`	拟南芥	Ras-related protein RABH1b	75.740%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SID8`	拟南芥	Ras-related protein RABH1d	75.148%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SMR4`	拟南芥	Ras-related protein RABH1c	70.588%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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