LXL04_014080 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014080

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 41806585-41811116 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3321 bp · LXL04_014080|LXL04_014080|OH1004|cDNA

ATGATGAAAACTCATGTGGGATTGAAGCTTTTACCCACCATCTTTATCATACTCTCGTCAATCTTCCTCCACGGATACTCTCAGTCCGACGCAAACGACGTTGAAGTTATGCTATCACTCAAAAAGGCTCTCAATCCGCCACCAGGTCTCGAATGGTCTGATCCGAATCCGTGCAAATGGACCCGTGTAGTTTGCTCAGATGAGAAACGGGTAACCCGTATCCAAATCGGCCATCAAAATCTTCAAGGTACACTTCCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3321 bp · LXL04_014080|LXL04_014080|OH1004|CDS

ATGATGAAAACTCATGTGGGATTGAAGCTTTTACCCACCATCTTTATCATACTCTCGTCAATCTTCCTCCACGGATACTCTCAGTCCGACGCAAACGACGTTGAAGTTATGCTATCACTCAAAAAGGCTCTCAATCCGCCACCAGGTCTCGAATGGTCTGATCCGAATCCGTGCAAATGGACCCGTGTAGTTTGCTCAGATGAGAAACGGGTAACCCGTATCCAAATCGGCCATCAAAATCTTCAAGGTACACTTCCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1106 aa · LXL04_014080|LXL04_014080|OH1004|PROTEIN

MMKTHVGLKLLPTIFIILSSIFLHGYSQSDANDVEVMLSLKKALNPPPGLEWSDPNPCKWTRVVCSDEKRVTRIQIGHQNLQGTLPASLLNLTQLERLELQWNNISGPLPTLNGLSSLQVLMLSNNLFSSIPADFFTGMSSLQAVEIDNNPFSSWVIPESLKSASTLQNFSAVSANITGKIPDFFGPDDFPGLVNLHLALNNLEGELPMSLSGSQLESLWVNGQKLSGKIDVIQNMTFLKEIWLHSNSFSGPLPDFSGLK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014080`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014080

位置 Chr03:41806585-41811116 (-)

描述 Similar to TMK1: Receptor protein kinase TMK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g66150`	跨膜激酶受体。	The TMK1 gene from Arabidopsis codes for a protein with structural and biochemical characteristics of a receptor protein kinase.1992 · DOI: 10.1105/tpc.4.10.1263 Receptor-like kinase activity in membranes of Arabidopsis thaliana.1993 · DOI: 10.1016/0014-5793(93)80676-l
`At2g01820`	参与生长素信号转导及细胞膨胀与增殖调控。	暂无已核实直接文献
`At1g24650`	参与生长素信号转导及细胞膨胀与增殖调控。	暂无已核实直接文献
`At3g23750`	参与生长素信号转导和细胞扩增增殖调节。	Identification of Arabidopsis BAK1-associating receptor-like kinase 1 (BARK1) and characterization of its gene expression and brassinosteroid-regulated root phenotypes.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct106

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0448000`	参与调控活性氧（ROS）稳态、叶绿体发育及叶片衰老的跨膜激酶受体。	WATER-SOAKED SPOT1 Controls Chloroplast Development and Leaf Senescence via Regulating Reactive Oxygen Species Homeostasis in Rice.2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.918673

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014080 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010600 regulation of auxin biosynthetic process 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:1900055 regulation of leaf senescence 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24650

ath:AT1G66150

ath:AT2G01820

ath:AT3G23750

dosa:Os11g0448000

osa:4350438

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.847

排名 1 · LXL04_014080 · OH-1004

内质网0.083

排名 2 · LXL04_014080 · OH-1004

细胞质0.082

排名 3 · LXL04_014080 · OH-1004

细胞核0.056

排名 4 · LXL04_014080 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · LXL04_014080 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_231-66 aa

PF13855.13LRR_8112-151 aa

PF13855.13LRR_8256-296 aa

PF08263.18LRRNT_2330-365 aa

PF13855.13LRR_8387-427 aa

PF12799.14LRR_4391-435 aa

PF00069.32Pkinase590-864 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr592-817 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014080	`PF08263.18`	LRRNT_2	31	66	1e-14	55.2
LXL04_014080	`PF13855.13`	LRR_8	112	151	5.3e-21	74.9
LXL04_014080	`PF13855.13`	LRR_8	256	296	5.3e-21	74.9
LXL04_014080	`PF08263.18`	LRRNT_2	330	365	1e-14	55.2
LXL04_014080	`PF13855.13`	LRR_8	387	427	5.3e-21	74.9
LXL04_014080	`PF12799.14`	LRR_4	391	435	1.5e-20	73.5
LXL04_014080	`PF00069.32`	Pkinase	590	864	1.7e-43	149.7
LXL04_014080	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	592	817	2.2e-44	152.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P43298`	拟南芥	Receptor protein kinase TMK1	71.663%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SIT1`	拟南芥	Receptor-like kinase TMK3	57.884%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FYK0`	拟南芥	Receptor-like kinase TMK2	53.254%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LK43`	拟南芥	Receptor-like kinase TMK4	46.688%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2R560`	水稻	Receptor protein kinase WSS1	45.866%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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