LXL04_014051 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014051

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 41230090-41232140 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1806 bp · LXL04_014051|LXL04_014051|OH1004|cDNA

ATGGatgcatatatatatagcaaGAGACATaAGTTGGACTTCACCAACCAATTCCTAGCATCTTTTGTTCAAGGAAACACGTTAAACAAGAAACCCACAAAGTTCGAAATTTGTACCACTCTTAATTGCTGTGCCAAAACACAGAAGTCGCTCTTGGGTTCACAAATCCATGCCAAAATACTCAACACAGGTCTCGACCAAAATCTTTATATAAACAGTTCATTAGTAAACATGTACGCAAAATCTGGTGCAATTTTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1806 bp · LXL04_014051|LXL04_014051|OH1004|CDS

ATGGATGCATATATATATAGCAAGAGACATAAGTTGGACTTCACCAACCAATTCCTAGCATCTTTTGTTCAAGGAAACACGTTAAACAAGAAACCCACAAAGTTCGAAATTTGTACCACTCTTAATTGCTGTGCCAAAACACAGAAGTCGCTCTTGGGTTCACAAATCCATGCCAAAATACTCAACACAGGTCTCGACCAAAATCTTTATATAAACAGTTCATTAGTAAACATGTACGCAAAATCTGGTGCAATTTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

601 aa · LXL04_014051|LXL04_014051|OH1004|PROTEIN

MDAYIYSKRHKLDFTNQFLASFVQGNTLNKKPTKFEICTTLNCCAKTQKSLLGSQIHAKILNTGLDQNLYINSSLVNMYAKSGAIFDAMRVFNGMEFHDQVSWTSIICGLSQNGQGKEAICLFKQMLKTQIIPNSFTYVSVISGCTEQESVSKCSELLHGHVIKLGHENNKYITSSLIDNYSKCGKIDKAVTLFEGSITKDDILLNSMISAYSHNLLGEVSLKLFIKMHKANVSLSEHALTSVLDACGALTVLQQGKQIH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014051`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014051

位置 Chr03:41230090-41232140 (-)

描述 Similar to PCMP-H5: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g37170

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g24000`	含五螺旋重复的线粒体蛋白 At3g24000。	暂无已核实直接文献
`At4g37170`	含五肽重复的蛋白At4g37170。	暂无已核实直接文献
`At1g08070`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	暂无已核实直接文献
`At3g47840`	推测的五重复肽（pentatricopeptide）重复蛋白 At3g47840。	暂无已核实直接文献
`At2g13600`	含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014051 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G24000

ath:AT4G37170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.656

排名 1 · LXL04_014051 · OH-1004

质体0.173

排名 2 · LXL04_014051 · OH-1004

细胞核0.068

排名 3 · LXL04_014051 · OH-1004

细胞质0.051

排名 4 · LXL04_014051 · OH-1004

细胞膜0.009

排名 5 · LXL04_014051 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_299-145 aa

PF01535.27PPR101-128 aa

PF17177.11PPR_long221-374 aa

PF12854.14PPR_1347-376 aa

PF01535.27PPR353-377 aa

PF20431.5E_motif395-458 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014051	`PF13041.13`	PPR_2	99	145	1.3e-33	115.6
LXL04_014051	`PF01535.27`	PPR	101	128	6.9e-40	133.2
LXL04_014051	`PF17177.11`	PPR_long	221	374	7.1e-10	39.3
LXL04_014051	`PF12854.14`	PPR_1	347	376	1e-22	80.3
LXL04_014051	`PF01535.27`	PPR	353	377	6.9e-40	133.2
LXL04_014051	`PF20431.5`	E_motif	395	458	2.6e-14	53.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LIQ7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g24000, mitochondrial	34.624%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O23169`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g37170	31.758%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LN01`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic	32.563%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9STS9`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g47840	34.221%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SIT7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600	31.481%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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