LXL04_014020 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014020

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 40665304-40669015 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2319 bp · LXL04_014020|LXL04_014020|OH1004|cDNA

ATGGCAGACGACGTGAAAAAATCAACCTCCGTTCCCCCAATAGAACCACCACTCGGCTCCACCGTGATCCCAGTAGTGAACAAGCTTCGTGAAGTACTGGCAAAGGTAGGTGGGGGAGATTCGGAATTAGAGCTGCCGCAGGTGGCTGTCGTTGGAAGCCAAAGCAGCGGTAAGTCTAGTGTTTTAGAATCCCTCGTCGGCCGTGACTTCTTGCCCAGGGGTTCCGATATATGCACCCGCCGTCCCCTCCTTTTGCAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2319 bp · LXL04_014020|LXL04_014020|OH1004|CDS

ATGGCAGACGACGTGAAAAAATCAACCTCCGTTCCCCCAATAGAACCACCACTCGGCTCCACCGTGATCCCAGTAGTGAACAAGCTTCGTGAAGTACTGGCAAAGGTAGGTGGGGGAGATTCGGAATTAGAGCTGCCGCAGGTGGCTGTCGTTGGAAGCCAAAGCAGCGGTAAGTCTAGTGTTTTAGAATCCCTCGTCGGCCGTGACTTCTTGCCCAGGGGTTCCGATATATGCACCCGCCGTCCCCTCCTTTTGCAGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

772 aa · LXL04_014020|LXL04_014020|OH1004|PROTEIN

MADDVKKSTSVPPIEPPLGSTVIPVVNKLREVLAKVGGGDSELELPQVAVVGSQSSGKSSVLESLVGRDFLPRGSDICTRRPLLLQLVRTDDETGEFGEFWHMPGRKFFDFSQIRAEIRAETDREAGGNKRVSNKQICLKIYSHRVLDMTLVDLPGMTKVPVGDQPLDIEVQIREMIMSYIRQPRCIILAITPANSDLANSDALQIAGIADPDGNRTIGVITKLDIMDRGTDACNLLLGKTIPLRLGYVGVVNRCQEVTN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014020`
TK1151 ID	TkA02G455800
OH-1004 ID	LXL04_014020
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014020

位置 Chr03:40665304-40669015 (-)

描述 Similar to DRP3A: Dynamin-related protein 3A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g33650`	参与线粒体和过氧化物酶体分裂和形态的控制。	ADL2a, like ADL2b, is involved in the control of higher plant mitochondrial morphology.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh073 Arabidopsis dynamin-like protein 2a (ADL2a), like ADL2b, is involved in plant mitochondrial division.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch024 Arabidopsis PEROXIN11c-e, FISSION1b, and DYNAMIN-RELATED PROTEIN3A cooperate in cell cycle-associated replication of peroxisomes.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.057679 Two small protein families, DYNAMIN-RELATED PROTEIN3 and FISSION1, are required for peroxisome fission in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03677.x
`At2g14120`	参与线粒体和过氧化物酶体分裂和形态的控制。	ADL2a, like ADL2b, is involved in the control of higher plant mitochondrial morphology.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh073 Arabidopsis dynamin-like protein 2a (ADL2a), like ADL2b, is involved in plant mitochondrial division.2004 · DOI: 10.1093/pcp/pch024 Two small protein families, DYNAMIN-RELATED PROTEIN3 and FISSION1, are required for peroxisome fission in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03677.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014020 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000001 mitochondrion inheritance 生物过程

GO:0000266 mitochondrial fission 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0007031 peroxisome organization 生物过程

GO:0015886 heme transport 生物过程

GO:0016050 vesicle organization 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0016559 peroxisome fission 生物过程

GO:0034643 establishment of mitochondrion localization, microtubule-mediated 生物过程

GO:0042144 vacuole fusion, non-autophagic 生物过程

GO:0044375 regulation of peroxisome size 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G14120

ath:AT4G33650

sce:YLL001W

spo:2540159

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.397

排名 1 · LXL04_014020 · OH-1004

线粒体0.254

排名 2 · LXL04_014020 · OH-1004

过氧化物酶体0.224

排名 3 · LXL04_014020 · OH-1004

细胞核0.171

排名 4 · LXL04_014020 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 5 · LXL04_014020 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00350.30Dynamin_N48-224 aa

PF01031.26Dynamin_M232-257 aa

PF01031.26Dynamin_M283-543 aa

PF02212.24GED675-764 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014020	`PF00350.30`	Dynamin_N	48	224	1.2e-52	179.1
LXL04_014020	`PF01031.26`	Dynamin_M	232	257	1.3e-91	307.5
LXL04_014020	`PF01031.26`	Dynamin_M	283	543	1.3e-91	307.5
LXL04_014020	`PF02212.24`	GED	675	764	2.4e-25	89.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S944`	拟南芥	Dynamin-related protein 3A	59.585%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LFT2`	拟南芥	Dynamin-related protein 3B	57.568%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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