基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_014003
当前版本: OH-1004
染色体: Chr03
坐标: 40403403-40405402
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA714 bp · LXL04_014003|LXL04_014003|OH1004|cDNA
ATGGCGGGATCTTTGTCGCTTCTCCGGCGATTCTATCTCGTTGCTTACAATTGGATTGTCTTCGCCGGATGGCAATTCATATATCTTATCGTCATTTCTCTGTCTTCTCAATGTTTTAGGTTTCAAGTATTGTTCTTGGCTCTGAAAACTCTAAAGGAATCAGGCCACGAACACGTTTACAGTAACATCGAAAAACCACTCTTGTTAGCTCAATCGGCTGCCTTTTTAGAGATACTACATGGTATTGTAGGCTTGGTAAG...
CDS
下载 CDS FASTA714 bp · LXL04_014003|LXL04_014003|OH1004|CDS
ATGGCGGGATCTTTGTCGCTTCTCCGGCGATTCTATCTCGTTGCTTACAATTGGATTGTCTTCGCCGGATGGCAATTCATATATCTTATCGTCATTTCTCTGTCTTCTCAATGTTTTAGGTTTCAAGTATTGTTCTTGGCTCTGAAAACTCTAAAGGAATCAGGCCACGAACACGTTTACAGTAACATCGAAAAACCACTCTTGTTAGCTCAATCGGCTGCCTTTTTAGAGATACTACATGGTATTGTAGGCTTGGTAAG...
237 aa · LXL04_014003|LXL04_014003|OH1004|PROTEIN
MAGSLSLLRRFYLVAYNWIVFAGWQFIYLIVISLSSQCFRFQVLFLALKTLKESGHEHVYSNIEKPLLLAQSAAFLEILHGIVGLVRSPISATLPQISSRLYVVWGILYSFPEVQTHPIVSSLVISWCITEIIRYSFFGTKEAFGSTPYWMLWLRYSTFLVLYPTGIASEIGMIYNALPYMKESELYSIRMPNKWNFSFDYFYFAFVVLAIYVPGIPHLYGYMLAQRKKTLAKSKKA
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_014003 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_014003 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr03:40403403-40405402 (-) | |||||||||
| 描述 | Similar to PAS2: Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase PASTICCINO 2 | |||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥水稻
| |||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0030148 sphingolipid biosynthetic process 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0030497 fatty acid elongation 生物过程 GO:0035338 long-chain fatty-acyl-CoA biosynthetic process 生物过程 GO:0042761 very long-chain fatty acid biosynthetic process 生物过程 GO:0048640 negative regulation of developmental growth 生物过程 GO:0050732 negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation 生物过程 GO:0051302 regulation of cell division 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 | |||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT5G10480 bta:613886 dosa:Os01g0150200 dosa:Os04g0271200 hsa:201562 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
内质网0.817
细胞核0.088
细胞质0.070
线粒体0.055
高尔基体0.054
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF04387.20PTPLA71-232 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_014003 | PF04387.20 | PTPLA | 71 | 232 | 8.9e-62 | 208.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q8VZB2 | 拟南芥 | Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase PASTICCINO 2 | 66.949% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q7XSZ4 | 水稻 | Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase PASTICCINO 2A | 66.079% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q5ZEJ0 | 水稻 | Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase PASTICCINO 2B | 63.877% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |