LXL04_013977 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013977

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 39526422-39527551 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

699 bp · LXL04_013977|LXL04_013977|OH1004|cDNA

ATGTCTTCAGCTCAAGATCCATTTTACATTGTAAAAGACGAGATTCAAGATTCCATTGATAACCTCCAAGCCACCTTTCATCAATGGGAACGCGCCCCTGGTGAACAAAAGCAACTCCTTTCCAACTGCGAGAGCATCGAATGGCAGGTGGACGAGCTTGAAAAGGCTATTTCTGTAGCAGCCAGAGACCCTTCTTTGTACGGTATAAACAACACAGAGCTTGACAAACGAAGGAAATGGACCAATACTGCTCGAATcca...

CDS

下载 CDS FASTA

699 bp · LXL04_013977|LXL04_013977|OH1004|CDS

ATGTCTTCAGCTCAAGATCCATTTTACATTGTAAAAGACGAGATTCAAGATTCCATTGATAACCTCCAAGCCACCTTTCATCAATGGGAACGCGCCCCTGGTGAACAAAAGCAACTCCTTTCCAACTGCGAGAGCATCGAATGGCAGGTGGACGAGCTTGAAAAGGCTATTTCTGTAGCAGCCAGAGACCCTTCTTTGTACGGTATAAACAACACAGAGCTTGACAAACGAAGGAAATGGACCAATACTGCTCGAATCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

232 aa · LXL04_013977|LXL04_013977|OH1004|PROTEIN

MSSAQDPFYIVKDEIQDSIDNLQATFHQWERAPGEQKQLLSNCESIEWQVDELEKAISVAARDPSLYGINNTELDKRRKWTNTARIQVGNIKKAVTGKESNFGGMRQELMRMPKSSQQQDRYVSIDNNDDFISSESDTQMLLIRKQDEELDELSASVERIGSVGLTIHDELLSQDKIIEDLGSEMESTSNRLDFVQKKVGMVMKKASAKGQMMMILFLIVLFIILFVLVFFT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013977`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013977

位置 Chr03:39526422-39527551 (-)

描述 Similar to SYP61: Syntaxin-61

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28490`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	OSM1/SYP61: a syntaxin protein in Arabidopsis controls abscisic acid-mediated and non-abscisic acid-mediated responses to abiotic stress.2002 · DOI: 10.1105/tpc.006981 YKT6 is a core constituent of membrane fusion machineries at the Arabidopsis trans-Golgi network.2005 · DOI: 10.1016/j.jmb.2005.04.061 Isolation and proteomic analysis of the SYP61 compartment reveal its role in exocytic trafficking in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1038/cr.2011.129 Arabidopsis SNAREs SYP61 and SYP121 coordinate the trafficking of plasma membrane aquaporin PIP2;7 to modulate the cell membrane water permeability.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127159 CESA TRAFFICKING INHIBITOR inhibits cellulose deposition and interferes with the trafficking of cellulose synthase complexes and their associated proteins KORRIGAN1 and POM2/CELLULOSE SYNTHASE INTERACTIVE PROTEIN1.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.249003

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013977 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0007032 endosome organization 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016189 synaptic vesicle to endosome fusion 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0032880 regulation of protein localization 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0048193 Golgi vesicle transport 生物过程

GO:0048278 vesicle docking 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28490

hsa:10228

mmu:58244

pon:100173487

rno:60562

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.485

排名 1 · LXL04_013977 · OH-1004

溶酶体／液泡0.277

排名 2 · LXL04_013977 · OH-1004

细胞质0.203

排名 3 · LXL04_013977 · OH-1004

内质网0.144

排名 4 · LXL04_013977 · OH-1004

细胞膜0.085

排名 5 · LXL04_013977 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09177.16STX6_10_61_N6-92 aa

PF05739.27SNARE143-219 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013977	`PF09177.16`	STX6_10_61_N	6	92	9.4e-22	78.1
LXL04_013977	`PF05739.27`	SNARE	143	219	8.2e-13	48.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q946Y7`	拟南芥	Syntaxin-61	66.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情