LXL04_013972 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013972

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 39440670-39443966 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1986 bp · LXL04_013972|LXL04_013972|OH1004|cDNA

ATGGGGAAAAGAACTCCACACCGGCTGCCATGGTGGATGTCAAGTATGGTGGTTTTGATGTTTATAAAGATGATCAGTAAGCAGGTGGTTTCACAGTCAAGTGATCATAGGAACTACACTCTGATTAGAAACTTTTGTAGACCATATAACGTTTGGAATGGGGATGACTACCTATCTAATCTCAATAGCAGCCTTTCTAGCCTCCGAATTCAGTTATCTGATCCACAAGTATACACGGCTTTTGCACATGCCGCCAGTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1986 bp · LXL04_013972|LXL04_013972|OH1004|CDS

ATGGGGAAAAGAACTCCACACCGGCTGCCATGGTGGATGTCAAGTATGGTGGTTTTGATGTTTATAAAGATGATCAGTAAGCAGGTGGTTTCACAGTCAAGTGATCATAGGAACTACACTCTGATTAGAAACTTTTGTAGACCATATAACGTTTGGAATGGGGATGACTACCTATCTAATCTCAATAGCAGCCTTTCTAGCCTCCGAATTCAGTTATCTGATCCACAAGTATACACGGCTTTTGCACATGCCGCCAGTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

661 aa · LXL04_013972|LXL04_013972|OH1004|PROTEIN

MGKRTPHRLPWWMSSMVVLMFIKMISKQVVSQSSDHRNYTLIRNFCRPYNVWNGDDYLSNLNSSLSSLRIQLSDPQVYTAFAHAASNSEYVYSFALCMEYLSTSECLACFDTAVIQTKSCGMADGGHVVYDNCSIRIDAFVAKRYEKSDELLLNDDASPFGVCGNEAATEPTQSFVQNIEELLSDILVATPKTSTFYVASTRQVSTDNTTVYAIAQCVTQISHNICQTCLNRAYKSLHDCLPNTEGTVTDALCFVRYSET...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013972`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013972

位置 Chr03:39440670-39443966 (-)

描述 Similar to CRK42: Cysteine-rich receptor-like protein kinase 42

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40380`	富含半胱氨酸的受体样蛋白激酶 42。	暂无已核实直接文献
`At1g70530`	富半胱氨酸受体样蛋白激酶3。	暂无已核实直接文献
`At1g70520`	富半胱氨酸受体样蛋白激酶2。	暂无已核实直接文献
`At4g28670`	富含半胱氨酸的受体样蛋白激酶 46。	暂无已核实直接文献
`At4g23320`	富半胱氨酸受体样蛋白激酶24。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013972 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0052545 callose localization 生物过程

GO:0072593 reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G70520

ath:AT1G70530

ath:AT4G28670

ath:AT5G40380

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.885

排名 1 · LXL04_013972 · OH-1004

内质网0.076

排名 2 · LXL04_013972 · OH-1004

细胞质0.072

排名 3 · LXL04_013972 · OH-1004

细胞核0.040

排名 4 · LXL04_013972 · OH-1004

溶酶体／液泡0.024

排名 5 · LXL04_013972 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01657.23Stress-antifung52-138 aa

PF01657.23Stress-antifung163-259 aa

PF00069.32Pkinase362-629 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr365-629 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013972	`PF01657.23`	Stress-antifung	52	138	1.5e-25	90.5
LXL04_013972	`PF01657.23`	Stress-antifung	163	259	1.5e-25	90.5
LXL04_013972	`PF00069.32`	Pkinase	362	629	9.9e-47	160.3
LXL04_013972	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	365	629	8.3e-46	157.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNE1`	拟南芥	Cysteine-rich receptor-like protein kinase 42	33.909%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CAL2`	拟南芥	Cysteine-rich receptor-like protein kinase 3	36.174%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CAL3`	拟南芥	Cysteine-rich receptor-like protein kinase 2	32.829%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0G5`	拟南芥	Cysteine-rich receptor-like protein kinase 46	34.206%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O65483`	拟南芥	Cysteine-rich receptor-like protein kinase 24	38.095%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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