LXL04_013953 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013953

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 39055890-39060462 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1947 bp · LXL04_013953|LXL04_013953|OH1004|cDNA

atggCGCCAGTTTCATTGCCTCCAGGCTTCCGATTTCATCCAACTGATGAAGAGCTTGTCGCTTACTATCTCAAGAGGAAAATTAATGGTCGTAAAATCGAGCTTGAAGTTATCCCTGAAGTTGACCTCTACAAGTGCGAACCCTGGGATTTGCCAGGAAAATCACTATTACCAAGCAAAGATTTAGAGTGGTACTTCTTCAGTCCAAGAGACCGTAAATACCCAAATGGATCAAGAACAAATCGAGCAACCAAAGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1947 bp · LXL04_013953|LXL04_013953|OH1004|CDS

ATGGCGCCAGTTTCATTGCCTCCAGGCTTCCGATTTCATCCAACTGATGAAGAGCTTGTCGCTTACTATCTCAAGAGGAAAATTAATGGTCGTAAAATCGAGCTTGAAGTTATCCCTGAAGTTGACCTCTACAAGTGCGAACCCTGGGATTTGCCAGGAAAATCACTATTACCAAGCAAAGATTTAGAGTGGTACTTCTTCAGTCCAAGAGACCGTAAATACCCAAATGGATCAAGAACAAATCGAGCAACCAAAGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

648 aa · LXL04_013953|LXL04_013953|OH1004|PROTEIN

MAPVSLPPGFRFHPTDEELVAYYLKRKINGRKIELEVIPEVDLYKCEPWDLPGKSLLPSKDLEWYFFSPRDRKYPNGSRTNRATKGGYWKATGKDRNVNSQSRAVGMKKTLVYYRGRAPHGARSDWVMHEYRLDERECENESGLMDAYSLCRVFKKSLNGPKTTVGVHYAATASDHSSSMDLYSEGGRGGEDHMDTSNYPTPMASSSSNINHGSPHNNLSETSDGRWMQYLSEEAFTFQNPSFTNYGNVSNYPPSKVDIA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013953`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013953

位置 Chr03:39055890-39060462 (-)

描述 Similar to NAC086: NAC domain-containing protein 86

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g17260`	指导韧皮部筛管胞核去除和细胞质降解的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g03200`	指导韧皮部筛管胞核去除和细胞质降解的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At4g17980`	参与受伤花序茎组织再生的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g46590`	转录激活因子，参与脱落酸（ABA）响应基因的正调控。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0119966`	转录因子，作为茉莉酸（JA）信号通路的调控因子。	Disruption of a novel gene for a NAC-domain protein in rice confers resistance to Rice dwarf virus.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03712.x The NAC transcription factor RIM1 of rice is a new regulator of jasmonate signaling.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.04107.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013953 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:0090602 sieve element enucleation 生物过程

GO:0090603 sieve element differentiation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G03200

ath:AT4G17980

ath:AT5G17260

ath:AT5G46590

dosa:Os03g0119966

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.890

排名 1 · LXL04_013953 · OH-1004

细胞质0.138

排名 2 · LXL04_013953 · OH-1004

细胞膜0.085

排名 3 · LXL04_013953 · OH-1004

内质网0.076

排名 4 · LXL04_013953 · OH-1004

质体0.019

排名 5 · LXL04_013953 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02365.21NAM7-133 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013953	`PF02365.21`	NAM	7	133	1.5e-51	174.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFI5`	拟南芥	NAC domain-containing protein 86	42.617%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A4VCM0`	拟南芥	NAC domain-containing protein 45	41.366%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49697`	拟南芥	NAC domain-containing protein 71	63.125%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LS24`	拟南芥	NAC domain-containing protein 96	62.658%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H045`	水稻	NAC domain-containing protein 54	45.108%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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