LXL04_013941 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013941

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 38660709-38662973 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2022 bp · LXL04_013941|LXL04_013941|OH1004|cDNA

ATGTCAACTGCAATTTCCCTCTTTGCCACTCCCAGTCCACTATGCAAATCACAACACTTTTCAAGAACCAGCACCTCAGAAAACCCACATCCAAAATCAAAATTAGACACCAAATTCGACAGAAGAAACCTCTTAAAAACCCTTGGTATAACCCTCATAGGAGAAACATCAGGCACTGGTATACTTGTACATCCTGCAGCAAATGCAGTACCGGAGAGTCCAATTGCAGCAGCTTCAAGTAGAATGTCGTATTCTAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2022 bp · LXL04_013941|LXL04_013941|OH1004|CDS

ATGTCAACTGCAATTTCCCTCTTTGCCACTCCCAGTCCACTATGCAAATCACAACACTTTTCAAGAACCAGCACCTCAGAAAACCCACATCCAAAATCAAAATTAGACACCAAATTCGACAGAAGAAACCTCTTAAAAACCCTTGGTATAACCCTCATAGGAGAAACATCAGGCACTGGTATACTTGTACATCCTGCAGCAAATGCAGTACCGGAGAGTCCAATTGCAGCAGCTTCAAGTAGAATGTCGTATTCTAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

673 aa · LXL04_013941|LXL04_013941|OH1004|PROTEIN

MSTAISLFATPSPLCKSQHFSRTSTSENPHPKSKLDTKFDRRNLLKTLGITLIGETSGTGILVHPAANAVPESPIAAASSRMSYSRFLEYLNEGAVKKVDFFQNGTEAIVEISNHVLDKIQRVKVQLPGLPKELLRKLREKEVDFAAHPPETNMADAVLDLLTNVAFPMLFLGALLLRSSSPNTPGGPNLPFGLGRSKAKFQMEPNTGITFDDVAGVDEAKQDFQEIVEFLKTPQKFSAVGARIPKGVLLVGPPGTGKTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013941`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013941

位置 Chr03:38660709-38662973 (-)

描述 Similar to FTSH6: ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 6, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15250`	可能的 ATP 依赖性锌金属肽酶。	AtFtsH6 is involved in the degradation of the light-harvesting complex II during high-light acclimation and senescence.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0503472102
`At1g06430`	复合物的一部分，具有 ATP 依赖性锌金属肽酶的功能。	暂无已核实直接文献
`At2g30950`	复合物的一部分，具有 ATP 依赖性锌金属肽酶的功能。	Mutations in the Arabidopsis VAR2 locus cause leaf variegation due to the loss of a chloroplast FtsH protease.2000 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2000.00738.x A critical role for the Var2 FtsH homologue of Arabidopsis thaliana in the photosystem II repair cycle in vivo.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m105878200 Coordinated regulation and complex formation of yellow variegated1 and yellow variegated2, chloroplastic FtsH metalloproteases involved in the repair cycle of photosystem II in Arabidopsis thylakoid membranes.2003 · DOI: 10.1105/tpc.017319

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0229066`	可能的 ATP 依赖性锌金属肽酶。	暂无已核实直接文献
`Os06g0669400`	可能的 ATP 依赖性锌金属肽酶。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013941 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010205 photoinhibition 生物过程

GO:0010206 photosystem II repair 生物过程

GO:0010304 PSII associated light-harvesting complex II catabolic process 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0048564 photosystem I assembly 生物过程

GO:0072593 reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06430

ath:AT2G30950

ath:AT5G15250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.941

排名 1 · LXL04_013941 · OH-1004

线粒体0.074

排名 2 · LXL04_013941 · OH-1004

细胞核0.022

排名 3 · LXL04_013941 · OH-1004

细胞质0.019

排名 4 · LXL04_013941 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_013941 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06480.21FtsH_ext78-150 aa

PF00004.36AAA248-380 aa

PF17862.8AAA_lid_3403-446 aa

PF01434.25Peptidase_M41462-651 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013941	`PF06480.21`	FtsH_ext	78	150	8.4e-07	29.9
LXL04_013941	`PF00004.36`	AAA	248	380	8.4e-46	156.4
LXL04_013941	`PF17862.8`	AAA_lid_3	403	446	6.7e-14	51.8
LXL04_013941	`PF01434.25`	Peptidase_M41	462	651	1.4e-64	218.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1PDW5`	拟南芥	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 6, chloroplastic	75.375%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8W585`	拟南芥	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 8, chloroplastic	68.825%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80860`	拟南芥	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 2, chloroplastic	68.341%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67WJ2`	水稻	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 6, chloroplastic	68.869%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q655S1`	水稻	ATP-dependent zinc metalloprotease FTSH 2, chloroplastic	74.530%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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