LXL04_013829 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013829

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 36587267-36588395 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

846 bp · LXL04_013829|LXL04_013829|OH1004|cDNA

ATGGGCAAAGTGTCCCCTAAAGAGAAAATGTCCAAGACATCAAAGCAAAAGAGGCGTAACAATGGTTCTAATAAGTACTTGAAGCCAGGTGCTCTTGCACAGCTCCGTAATAGCAAAGCCTCAGCATCCAAGCCAAACACAGACATTGGGATGAAAAATGCTGATGTTATGGATGCAGAGAAGACTCATGATGATACTCCTTCTCAGAGTAAACATGCAAATGATACGCCTATAATTTTATCACCTGAAAAATTCAGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

846 bp · LXL04_013829|LXL04_013829|OH1004|CDS

ATGGGCAAAGTGTCCCCTAAAGAGAAAATGTCCAAGACATCAAAGCAAAAGAGGCGTAACAATGGTTCTAATAAGTACTTGAAGCCAGGTGCTCTTGCACAGCTCCGTAATAGCAAAGCCTCAGCATCCAAGCCAAACACAGACATTGGGATGAAAAATGCTGATGTTATGGATGCAGAGAAGACTCATGATGATACTCCTTCTCAGAGTAAACATGCAAATGATACGCCTATAATTTTATCACCTGAAAAATTCAGATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

281 aa · LXL04_013829|LXL04_013829|OH1004|PROTEIN

MGKVSPKEKMSKTSKQKRRNNGSNKYLKPGALAQLRNSKASASKPNTDIGMKNADVMDAEKTHDDTPSQSKHANDTPIILSPEKFRFNNVAGQVDLVKENNLQRTPKTPRPEGIISDSDSRLESLPMELLVKILCHLHHDQLRAVFHVSERVRKAVVIARQFHFNYKTPDRSRQEMLCTSTPLPTEHWPFVSKGDGKSKVLTLPNTPKAPRHGPRPPSRLKITEMRQIAAVLFQESAFRPPRYIVPSLLPKPICKSFASN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013829`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013829

位置 Chr03:36587267-36588395 (-)

描述 Similar to At4g35930: F-box protein At4g35930

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35930`	F盒蛋白 At4g35930。	暂无已核实直接文献
`At1g61340`	F-box 蛋白 At1g61340。	暂无已核实直接文献
`At4g21510`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At4g05010`	F-box 蛋白 At4g05010。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013829 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009961 response to 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G61340

ath:AT4G05010

ath:AT4G21510

ath:AT4G35930

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.827

排名 1 · LXL04_013829 · OH-1004

细胞质0.237

排名 2 · LXL04_013829 · OH-1004

线粒体0.041

排名 3 · LXL04_013829 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 4 · LXL04_013829 · OH-1004

内质网0.014

排名 5 · LXL04_013829 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5XF11`	拟南芥	F-box protein At4g35930	48.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GX77`	拟南芥	F-box protein At1g61340	44.068%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O65416`	拟南芥	F-box protein SKIP27	40.741%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9S9T6`	拟南芥	F-box protein At4g05010	39.394%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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