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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_013816
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 36336677-36336985 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

309 bp · LXL04_013816|LXL04_013816|OH1004|cDNA

ATGGGTCTTATTAGAAGATCTCACAACAAACAAATACAAGCAATAGCCCTCAAGAGAATCGCCAAGAAAGGCTCAACTATTGAAGATGACAATGGCTATCTAAGTGATGTCCCCAAAGGACACTTTGTAGTGTACGTTGGAGAAAGAAAAAGCAGATACGTCCTCCCGATATCATGCCTACATGACATAGGGTTCCAATTCCTGTTACGTCAAGCCGAGGAAGAGTTTGGGTTTAACCTTGACATGGGGTTGACCATTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

309 bp · LXL04_013816|LXL04_013816|OH1004|CDS

ATGGGTCTTATTAGAAGATCTCACAACAAACAAATACAAGCAATAGCCCTCAAGAGAATCGCCAAGAAAGGCTCAACTATTGAAGATGACAATGGCTATCTAAGTGATGTCCCCAAAGGACACTTTGTAGTGTACGTTGGAGAAAGAAAAAGCAGATACGTCCTCCCGATATCATGCCTACATGACATAGGGTTCCAATTCCTGTTACGTCAAGCCGAGGAAGAGTTTGGGTTTAACCTTGACATGGGGTTGACCATTCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

102 aa · LXL04_013816|LXL04_013816|OH1004|PROTEIN

MGLIRRSHNKQIQAIALKRIAKKGSTIEDDNGYLSDVPKGHFVVYVGERKSRYVLPISCLHDIGFQFLLRQAEEEFGFNLDMGLTIPCLEQEFLSIFSLNHH

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_013816
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_013816
位置Chr03:36336677-36336985 (+)
描述Similar to Auxin-responsive protein SAUR50
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g75580 介导生长素信号与质膜H⁺-ATP酶（AHA1、AHA2）之间的联系；通过抑制PP2C-D类磷酸酶，促进H⁺-ATP酶C端自抑制结构域的磷酸化及酶的活化，从而使质外体酸化，促进溶质和水吸收以及细胞扩张（基于相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At2g21220 介导生长素信号与质膜H⁺-ATP酶（AHA1、AHA2）之间的联系；通过抑制PP2C-D类磷酸酶，促进H⁺-ATP酶C端自抑制结构域的磷酸化及酶的活化，从而使质外体酸化，促进溶质和水吸收以及细胞扩张（基于相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At2g18010 介导生长素信号与质膜H⁺-ATP酶（AHA1、AHA2）之间的联系；通过抑制PP2C-D类磷酸酶，促进H⁺-ATP酶C端自抑制结构域的磷酸化及酶的活化，从而使质外体酸化，促进溶质和水吸收以及细胞扩张（基于相似性推测）。
FRUITFULL controls SAUR10 expression and regulates Arabidopsis growth and architecture.2017 · DOI: 10.1093/jxb/erx184
Divergent regulation of Arabidopsis SAUR genes: a focus on the SAUR10-clade.2017 · DOI: 10.1186/s12870-017-1210-4
At4g36110 介导生长素信号与质膜H⁺-ATP酶（AHA1、AHA2）之间的联系；通过抑制PP2C-D类磷酸酶，促进H⁺-ATP酶C端自抑制结构域的磷酸化及酶的活化，从而使质外体酸化，促进溶质和水吸收以及细胞扩张。
Uncovering the molecular signature underlying the light intensity-dependent root development in Arabidopsis thaliana.2019 · DOI: 10.1186/s12864-019-5933-5

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013816 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009639 response to red or far red light 生物过程
GO:0009641 shade avoidance 生物过程
GO:0009642 response to light intensity 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0010202 response to low fluence red light stimulus 生物过程
GO:0051510 regulation of unidimensional cell growth 生物过程
GO:0060560 developmental growth involved in morphogenesis 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G75580
ath:AT2G18010
ath:AT2G21220
ath:AT4G36110
han:110918162
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.601
排名 1 · LXL04_013816 · OH-1004
细胞核0.365
排名 2 · LXL04_013816 · OH-1004
细胞膜0.157
排名 3 · LXL04_013816 · OH-1004
内质网0.072
排名 4 · LXL04_013816 · OH-1004
质体0.047
排名 5 · LXL04_013816 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02519.21Auxin_inducible14-98 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_013816PF02519.21Auxin_inducible14983e-1969.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LR00拟南芥Protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 5152.427%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SIG9拟南芥Protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 1253.465%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SL45拟南芥Protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 1049.107%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O65648拟南芥Protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 952.000%Swiss-Prot强数据库同源证据

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