LXL04_013718 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013718

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 34570429-34575889 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1785 bp · LXL04_013718|LXL04_013718|OH1004|cDNA

ATGGATAATACCGTATCCACAGCCCAACACGTCAACTCGAGGCCTGCATTAGTAGTTAAGAACTTAAGATTATCGCAGATGCAGGACAGGAGTCAAAATCAGACCAGAGGCGATAAGCTCAAGTGTAACCACCTGTCTTTTTCTCTACATTTAAGAAGTATCCTTCTTCCTCTTCAACTGAGGCACATGGCGATGGCTCCAATATGCTTTAAAATGTGCTACAAAAACCGAACTGTAAACAATGATCAAGATGTTTTTCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1785 bp · LXL04_013718|LXL04_013718|OH1004|CDS

ATGGATAATACCGTATCCACAGCCCAACACGTCAACTCGAGGCCTGCATTAGTAGTTAAGAACTTAAGATTATCGCAGATGCAGGACAGGAGTCAAAATCAGACCAGAGGCGATAAGCTCAAGTGTAACCACCTGTCTTTTTCTCTACATTTAAGAAGTATCCTTCTTCCTCTTCAACTGAGGCACATGGCGATGGCTCCAATATGCTTTAAAATGTGCTACAAAAACCGAACTGTAAACAATGATCAAGATGTTTTTCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

594 aa · LXL04_013718|LXL04_013718|OH1004|PROTEIN

MDNTVSTAQHVNSRPALVVKNLRLSQMQDRSQNQTRGDKLKCNHLSFSLHLRSILLPLQLRHMAMAPICFKMCYKNRTVNNDQDVFRGISPNSIGTFINPNKSMLKCANFPRYISASSSQREKPLESSSREKQLRSLDSYFRKSKNDMNHNISGQSNKQLPLLNIYPVKNIQESQSKAGNQAVTKSESDETSGLYMISTIVSINIAVYLFEIASPIKNSDLELFSLPALYGAKINHLILYGEWWRLLTPMFLHTGIIHIG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013718`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013718

位置 Chr03:34570429-34575889 (-)

描述 Similar to RBL9: RHOMBOID-like protein 9, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g38510`	可能的菱形型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。	暂无已核实直接文献
`At1g25290`	菱形蛋白酶型丝氨酸蛋白酶，催化膜内蛋白水解。	Rhomboid proteins in the chloroplast envelope affect the level of allene oxide synthase in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05090.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0381400`	可能通过脱落酸依赖的信号通路参与非生物胁迫反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013718 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006654 phosphatidic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0019374 galactolipid metabolic process 生物过程

GO:0046473 phosphatidic acid metabolic process 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0004252 serine-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0008236 serine-type peptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G25290

ath:AT5G38510

bsu:BSU24870

dosa:Os05g0381400

psx:DR96_2293

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.592

排名 1 · LXL04_013718 · OH-1004

质体0.172

排名 2 · LXL04_013718 · OH-1004

细胞质0.084

排名 3 · LXL04_013718 · OH-1004

内质网0.070

排名 4 · LXL04_013718 · OH-1004

细胞核0.064

排名 5 · LXL04_013718 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01694.29Rhomboid241-379 aa

PF05512.17AWPM-19434-560 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013718	`PF01694.29`	Rhomboid	241	379	1.9e-31	109.9
LXL04_013718	`PF05512.17`	AWPM-19	434	560	7.3e-40	137.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFX0`	拟南芥	RHOMBOID-like protein 9, chloroplastic	45.317%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4ICF4`	拟南芥	RHOMBOID-like protein 10, chloroplastic	24.883%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6L4D2`	水稻	Membrane protein PM19L	52.308%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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