LXL04_013709 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013709

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 34501326-34508672 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2475 bp · LXL04_013709|LXL04_013709|OH1004|cDNA

ATGGCCAAAATGCAACACACCAAAGTAGAGCTTGATCGCAGGTTCAGCATCAAAGACCTTGGAGATCTTAAGTATTTCCTTGGTATAGAGGTCGCTCGTACCTCGGAAGGGTTGGTGCTAAGTCAACGAAAATACACCTTGGACATTCTTTCCGATTGTGGTCTCGAAGGGTGCCGACCAAGCTCTTTCCCGATGGAGCAAAACCATCAGTTGGATAAAAGCGAAAACGAACCGAAAGTTGATGCAAGCCGCTACCGACG...

CDS

下载 CDS FASTA

2475 bp · LXL04_013709|LXL04_013709|OH1004|CDS

ATGGCCAAAATGCAACACACCAAAGTAGAGCTTGATCGCAGGTTCAGCATCAAAGACCTTGGAGATCTTAAGTATTTCCTTGGTATAGAGGTCGCTCGTACCTCGGAAGGGTTGGTGCTAAGTCAACGAAAATACACCTTGGACATTCTTTCCGATTGTGGTCTCGAAGGGTGCCGACCAAGCTCTTTCCCGATGGAGCAAAACCATCAGTTGGATAAAAGCGAAAACGAACCGAAAGTTGATGCAAGCCGCTACCGACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

824 aa · LXL04_013709|LXL04_013709|OH1004|PROTEIN

MAKMQHTKVELDRRFSIKDLGDLKYFLGIEVARTSEGLVLSQRKYTLDILSDCGLEGCRPSSFPMEQNHQLDKSENEPKVDASRYRRIVGRLLYLQATRPDITYSVNILSQFVADPRQPHMDAVHRILRYLKTTPGQGVLLPRTGGFNLTAYCDSDWLGCPYTRRSRTGYVLLLGGAPISWKTKKQSVVSRSSVEAEYRSMASTVSEILWVRWLLQELNIASASPTPLFCNNEAACHIANNPVFHERTKHVEMDCYFVRE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013709`
TK1151 ID	TkA02G476990
OH-1004 ID	LXL04_013709
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	90.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.110 / OH-1004 49.029 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013709

位置 Chr03:34501326-34508672 (-)

描述 Similar to RE1: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g64940`	可能参与氧化胁迫、强光及重金属胁迫响应。	Loss of the Atypical Kinases ABC1K7 and ABC1K8 Changes the Lipid Composition of the Chloroplast Membrane.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcv046
`UniProt: P92519`	未表征的线粒体蛋白AtMg00810。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013709 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0046467 membrane lipid biosynthetic process 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G64940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.231

排名 1 · LXL04_013709 · OH-1004

质体0.224

排名 2 · LXL04_013709 · OH-1004

线粒体0.212

排名 3 · LXL04_013709 · OH-1004

过氧化物酶体0.124

排名 4 · LXL04_013709 · OH-1004

内质网0.120

排名 5 · LXL04_013709 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07727.20RVT_23-66 aa

PF03109.23ABC1505-633 aa

PF09733.15VEFS-Box631-686 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013709	`PF07727.20`	RVT_2	3	66	4.9e-09	36.9
LXL04_013709	`PF03109.23`	ABC1	505	633	2.7e-21	76.5
LXL04_013709	`PF09733.15`	VEFS-Box	631	686	7.2e-14	52.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94HW2`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	43.243%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZT94`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	42.905%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93Y08`	拟南芥	Protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 8, chloroplastic	68.627%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P92519`	拟南芥	Uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810	45.545%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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