LXL04_013707 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013707

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 34489987-34492736 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1632 bp · LXL04_013707|LXL04_013707|OH1004|cDNA

ATGCAAGCTCTAAACCTTGGTGTGAGTGGCTTCCATGTCCAAAATCGTAGCAGTAGGGTTTCGTCGAATTCGTCTCAATTAAGGAACAGAAAAGACACTGCGTGCATGATTGGGACCGGAAGTGATTCTCTTTTTGTCTCGCGACTCCGCTCCTGTCATATGCGCATGGAGCTTGGTAGTACCGGCGCCGGCGCAGCTGTTGGAAGCGTGTACCGCTCCTCTGCAAAGTCCAGATCAGTCAAAGCTCAAGCTTCCGATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1632 bp · LXL04_013707|LXL04_013707|OH1004|CDS

ATGCAAGCTCTAAACCTTGGTGTGAGTGGCTTCCATGTCCAAAATCGTAGCAGTAGGGTTTCGTCGAATTCGTCTCAATTAAGGAACAGAAAAGACACTGCGTGCATGATTGGGACCGGAAGTGATTCTCTTTTTGTCTCGCGACTCCGCTCCTGTCATATGCGCATGGAGCTTGGTAGTACCGGCGCCGGCGCAGCTGTTGGAAGCGTGTACCGCTCCTCTGCAAAGTCCAGATCAGTCAAAGCTCAAGCTTCCGATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

543 aa · LXL04_013707|LXL04_013707|OH1004|PROTEIN

MQALNLGVSGFHVQNRSSRVSSNSSQLRNRKDTACMIGTGSDSLFVSRLRSCHMRMELGSTGAGAAVGSVYRSSAKSRSVKAQASDGDTTPLKIQSKSSGSVLPYVGVASLGAILFGYHLGVVNGALEYLAKDLGIAENTVLQGWIVSSTLAGATVGSFTGGSLADQFGRTKTFLLDAIPLAVGAFLCATATNVQTMIIGRLLAGIGIGISSAIVPLYISEISPTEIRGTLGSINQLFICIGILAALVAGLPLAGNPLWW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013707`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013707

位置 Chr03:34489987-34492736 (-)

描述 Similar to At5g16150: Plastidic glucose transporter 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16150`	可能参与葡萄糖向细胞质的外排。	暂无已核实直接文献
`At1g05030`	可能参与葡萄糖向细胞质的外排。	暂无已核实直接文献
`At1g79820`	可能参与葡萄糖向细胞质的外排。	暂无已核实直接文献
`At1g67300`	可能参与葡萄糖向细胞质的外排。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013707 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008643 carbohydrate transport 生物过程

GO:0015749 monosaccharide transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05030

ath:AT1G67300

ath:AT1G79820

ath:AT5G16150

sep:SE_0247

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.970

排名 1 · LXL04_013707 · OH-1004

高尔基体0.031

排名 2 · LXL04_013707 · OH-1004

过氧化物酶体0.027

排名 3 · LXL04_013707 · OH-1004

线粒体0.025

排名 4 · LXL04_013707 · OH-1004

内质网0.020

排名 5 · LXL04_013707 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00083.31Sugar_tr108-538 aa

PF06609.19TRI12109-297 aa

PF07690.22MFS_1110-451 aa

PF07690.22MFS_1381-521 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013707	`PF00083.31`	Sugar_tr	108	538	1e-106	358.3
LXL04_013707	`PF06609.19`	TRI12	109	297	9.6e-07	28.3
LXL04_013707	`PF07690.22`	MFS_1	110	451	5.5e-30	105.2
LXL04_013707	`PF07690.22`	MFS_1	381	521	5.5e-30	105.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56ZZ7`	拟南芥	Plastidic glucose transporter 4	76.812%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0WVE9`	拟南芥	Probable plastidic glucose transporter 1	41.113%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q2V4B9`	拟南芥	Probable plastidic glucose transporter 3	45.890%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FYG3`	拟南芥	Probable plastidic glucose transporter 2	43.096%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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