LXL04_013687 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013687

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 34140037-34147250 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3315 bp · LXL04_013687|LXL04_013687|OH1004|cDNA

ATGACGGGAAGGAAGATGACGGTGGTTGAGGTCCAATTCGATTTCAAAACCTTAGCATACAGGGGTGCTATCGATGGTGAATATATACCTGAAATTTTCCGATTGAGGTTTAGTGATCAGTTTTCAGAGCTTAACAAAGGAAAGTGGAGAATCAGTCTCGACGAGGATAGGAGGGGAATGGTAGGACCGGTGATTGGGGCAACTTGGGGAATAAATCGTGAGACAGAGAGAATGGCAAATTGGAATCTCAAATCAATGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3315 bp · LXL04_013687|LXL04_013687|OH1004|CDS

ATGACGGGAAGGAAGATGACGGTGGTTGAGGTCCAATTCGATTTCAAAACCTTAGCATACAGGGGTGCTATCGATGGTGAATATATACCTGAAATTTTCCGATTGAGGTTTAGTGATCAGTTTTCAGAGCTTAACAAAGGAAAGTGGAGAATCAGTCTCGACGAGGATAGGAGGGGAATGGTAGGACCGGTGATTGGGGCAACTTGGGGAATAAATCGTGAGACAGAGAGAATGGCAAATTGGAATCTCAAATCAATGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1104 aa · LXL04_013687|LXL04_013687|OH1004|PROTEIN

MTGRKMTVVEVQFDFKTLAYRGAIDGEYIPEIFRLRFSDQFSELNKGKWRISLDEDRRGMVGPVIGATWGINRETERMANWNLKSMAGRSQKIGRKRQASASMTSAGSQDEAEIPVFNRVHHILPHFAESASELQTVQPARGARRVCRSCTVDEEEDVIPLESDSDLDSQGTETDDEDDNSGNQEYEGSEGHPQSDHPAAHAIPAVLTDPDVLDCSICLEPLCAPIYQCENGHIACSSCCTKTNKKCPSCCLTIGFNRCR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013687`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013687

位置 Chr03:34140037-34147250 (-)

描述 Similar to At5g37930: E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g37930`	E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At5g37870`	E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At5g37890`	E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g66630`	E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At5g37910`	E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013687 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66630

ath:AT5G37870

ath:AT5G37890

ath:AT5G37910

ath:AT5G37930

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.719

排名 1 · LXL04_013687 · OH-1004

细胞质0.315

排名 2 · LXL04_013687 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 3 · LXL04_013687 · OH-1004

内质网0.047

排名 4 · LXL04_013687 · OH-1004

线粒体0.033

排名 5 · LXL04_013687 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21362.4Sina_RING215-250 aa

PF21361.4Sina_ZnF264-326 aa

PF00505.26HMG_box507-573 aa

PF29561.1DUF8566586-782 aa

PF10536.15PMD653-813 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013687	`PF21362.4`	Sina_RING	215	250	7.7e-09	36.3
LXL04_013687	`PF21361.4`	Sina_ZnF	264	326	3.9e-09	37.5
LXL04_013687	`PF00505.26`	HMG_box	507	573	1e-08	36.2
LXL04_013687	`PF29561.1`	DUF8566	586	782	4.5e-65	220.0
LXL04_013687	`PF10536.15`	PMD	653	813	6.7e-12	46.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84K34`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like 10	32.836%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKD9`	拟南芥	Putative E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like 6	34.783%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKD7`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like 7	35.965%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C6H2`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like 3	38.693%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FKD5`	拟南芥	Putative E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like 9	35.242%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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