LXL04_013657 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013657

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 33677592-33678863 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

975 bp · LXL04_013657|LXL04_013657|OH1004|cDNA

ATGGAGTCGTCGGCTTGGCTACCGGAGCTGGAAATGCAAGCGCAAGGATTCATGAATCAATATCAGATGACCAAACCTTATCATCATATGATGGATGATTTCAGCGTTGAATCATTTTCATCGGAAAGCTACCCAGAAAACCCGTCATACATCGATCATTCTTTTCAAACTCCGAAAAGCGTTGAAGAGCCATCAGATATCAAGCAGCTGTCAAATTGCTATAAAAAGCCCAACAATATTAACATGAAATTTACTCCCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

975 bp · LXL04_013657|LXL04_013657|OH1004|CDS

ATGGAGTCGTCGGCTTGGCTACCGGAGCTGGAAATGCAAGCGCAAGGATTCATGAATCAATATCAGATGACCAAACCTTATCATCATATGATGGATGATTTCAGCGTTGAATCATTTTCATCGGAAAGCTACCCAGAAAACCCGTCATACATCGATCATTCTTTTCAAACTCCGAAAAGCGTTGAAGAGCCATCAGATATCAAGCAGCTGTCAAATTGCTATAAAAAGCCCAACAATATTAACATGAAATTTACTCCCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

324 aa · LXL04_013657|LXL04_013657|OH1004|PROTEIN

MESSAWLPELEMQAQGFMNQYQMTKPYHHMMDDFSVESFSSESYPENPSYIDHSFQTPKSVEEPSDIKQLSNCYKKPNNINMKFTPTEKPTPKLVSDSPNTFTISFGEKKPKDEILSFSDSLDFTDTKKVPTMIRNPIQVQDHVIAERKRREKLAQRFVSLSSLLPDLKKMDKATVLEEAANYIQELQNRVKELEGLSEVKRKNAQESDISGKRSRLISCSDDDGSSSNGANFEESSSACNPEIEVRESGSSLLIEIYSR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013657`
TK1151 ID	TkA02G481080
OH-1004 ID	LXL04_013657
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	86.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.605 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013657

位置 Chr03:33677592-33678863 (+)

描述 Similar to BHLH25: Transcription factor bHLH25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37850`	转录因子 bHLH25。	暂无已核实直接文献
`At2g22750`	转录因子 bHLH18。	暂无已核实直接文献
`At2g22760`	转录因子 bHLH19。	暂无已核实直接文献
`At2g22770`	调控至少NAI2、PYK10和PBP1表达的转录激活因子。	A novel ER-derived compartment, the ER body, selectively accumulates a beta-glucosidase with an ER-retention signal in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01636.x NAI1 gene encodes a basic-helix-loop-helix-type putative transcription factor that regulates the formation of an endoplasmic reticulum-derived structure, the ER body.2004 · DOI: 10.1105/tpc.021154 Activation of an ER-body-localized beta-glucosidase via a cytosolic binding partner in damaged tissues of Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci126 PYK10, a beta-glucosidase located in the endoplasmatic reticulum, is crucial for the beneficial interaction between Arabidopsis thaliana and the endophytic fungus Piriformospora indica.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03424.x Antagonistic jacalin-related lectins regulate the size of ER body-type beta-glucosidase complexes in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn075 NAI2 is an endoplasmic reticulum body component that enables ER body formation in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.059345
`At4g16430`	转录因子 bHLH3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013657 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0046983 protein dimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G22750

ath:AT2G22760

ath:AT2G22770

ath:AT4G16430

ath:AT4G37850

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.973

排名 1 · LXL04_013657 · OH-1004

细胞质0.100

排名 2 · LXL04_013657 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 3 · LXL04_013657 · OH-1004

内质网0.017

排名 4 · LXL04_013657 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_013657 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010.32HLH142-188 aa

PF23177.2bHLH_IRO3145-198 aa

PF22754.5bHLH-TF_ACT-like_plant243-320 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013657	`PF00010.32`	HLH	142	188	1.9e-12	47.5
LXL04_013657	`PF23177.2`	bHLH_IRO3	145	198	1.2e-07	32.7
LXL04_013657	`PF22754.5`	bHLH-TF_ACT-like_plant	243	320	8.6e-06	26.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T072`	拟南芥	Transcription factor bHLH25	44.335%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1PF17`	拟南芥	Transcription factor bHLH18	42.326%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q1PF16`	拟南芥	Transcription factor bHLH19	37.433%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8S3F1`	拟南芥	Transcription factor NAI1	38.265%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O23487`	拟南芥	Transcription factor bHLH3	32.331%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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