LXL04_013656 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013656

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 33652241-33653368 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

996 bp · LXL04_013656|LXL04_013656|OH1004|cDNA

ATGGCATCATCGGAAGAACCGGATAGCAACGCCTCCATGTCCCAACCCTACAAACTAAAGCAAACCCTCACTGGCCACAAACGCTCCATTTCCAGCGTCAAATTCTCCGACGATGGCAAGCTAATCGCCACTTGTTCCGCCGACAAGACCGCCCGCACATGGTCCACCTCCGATGGATCTCCTCTCCAAGAATTCGTCGGCCATGAGCAAGGAATCTCAGACGTCGCATTCTCCTCCGACGCTCGGTACCTGGCGACCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

996 bp · LXL04_013656|LXL04_013656|OH1004|CDS

ATGGCATCATCGGAAGAACCGGATAGCAACGCCTCCATGTCCCAACCCTACAAACTAAAGCAAACCCTCACTGGCCACAAACGCTCCATTTCCAGCGTCAAATTCTCCGACGATGGCAAGCTAATCGCCACTTGTTCCGCCGACAAGACCGCCCGCACATGGTCCACCTCCGATGGATCTCCTCTCCAAGAATTCGTCGGCCATGAGCAAGGAATCTCAGACGTCGCATTCTCCTCCGACGCTCGGTACCTGGCGACCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

331 aa · LXL04_013656|LXL04_013656|OH1004|PROTEIN

MASSEEPDSNASMSQPYKLKQTLTGHKRSISSVKFSDDGKLIATCSADKTARTWSTSDGSPLQEFVGHEQGISDVAFSSDARYLATASDDKTVRLWDVCTGSLVKTLTGHTNYVFCVNYNPQSNMIVSGSFDETVRVWDVKTGKCLKVLPAHSDPVTAVNFNRDGTLIVSSSYDGLCRIWDASTGHCMKTLIDDENPPVSFVKFSPNGKFILVGTLDSTLRLWNLSTGKFLKTYSGHTNSKYCISSAFSITNGKYIVSGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013656`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013656

位置 Chr03:33652241-33653368 (+)

描述 Similar to WDR5A: COMPASS-like H3K4 histone methylase component WDR5A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g49660`	通过与ATX1、SDG14、SDG16等组蛋白H3第4位赖氨酸甲基转移酶互作，形成多种参与组蛋白甲基化的COMPASS样复合物。	Establishment of the winter-annual growth habit via FRIGIDA-mediated histone methylation at FLOWERING LOCUS C in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.067967

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013656 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0018022 peptidyl-lysine methylation 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0045722 positive regulation of gluconeogenesis 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045995 regulation of embryonic development 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0051726 regulation of cell cycle 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G49660

bta:100125836

hsa:11091

mmu:140858

rno:362093

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.716

排名 1 · LXL04_013656 · OH-1004

细胞质0.315

排名 2 · LXL04_013656 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 3 · LXL04_013656 · OH-1004

线粒体0.031

排名 4 · LXL04_013656 · OH-1004

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · LXL04_013656 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR110-101 aa

PF24797.2Beta-prop_WDR35_TULP_N11-146 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd13-180 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz17-69 aa

PF00400.39WD4018-55 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st18-89 aa

PF24814.2WD40_Prp1918-106 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st18-111 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013656	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	10	101	2.4e-35	122.9
LXL04_013656	`PF24797.2`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	11	146	3.5e-10	40.3
LXL04_013656	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	13	180	1.1e-28	101.0
LXL04_013656	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	17	69	4.8e-48	164.7
LXL04_013656	`PF00400.39`	WD40	18	55	5.2e-79	258.1
LXL04_013656	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	18	89	2e-73	247.8
LXL04_013656	`PF24814.2`	WD40_Prp19	18	106	1.9e-68	231.3
LXL04_013656	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	18	111	2.5e-68	230.1
LXL04_013656	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	18	108	5.4e-58	197.2
LXL04_013656	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	18	139	4.6e-49	167.9
LXL04_013656	`PF24796.2`	WDR55	18	144	1.2e-34	120.5
LXL04_013656	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	18	206	7.7e-26	91.8
LXL04_013656	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	19	82	3.2e-28	99.5
LXL04_013656	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	20	99	7.6e-37	127.8
LXL04_013656	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	20	86	9.3e-30	104.7
LXL04_013656	`PF30552.1`	CFAP251_N	21	98	7.8e-22	78.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M2Z2`	拟南芥	COMPASS-like H3K4 histone methylase component WDR5A	73.817%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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