LXL04_013601 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013601

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 32283270-32285301 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1623 bp · LXL04_013601|LXL04_013601|OH1004|cDNA

ATGGAGCTTTCTTCCCCATTAATACCCTCAAATTCAAACGTCTTTCACCGGTCCCATGACCTCTCTTTCTCCTCCTCCATTTCACCTTTCCCGGTTAAATCCCCCTTCCAAAAACATAAATTCCGAAAATCAATTACGCTAAATCCCGCAATTTTTGCTGTCGTGGACTCCCAGGAGAAACAGGAACAACTCCCTCAAAACAGCCCACAAAGACTACTCAAAGAGCTCTCCCAACGCAAGCAATTCGTTTCTCCCAAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1623 bp · LXL04_013601|LXL04_013601|OH1004|CDS

ATGGAGCTTTCTTCCCCATTAATACCCTCAAATTCAAACGTCTTTCACCGGTCCCATGACCTCTCTTTCTCCTCCTCCATTTCACCTTTCCCGGTTAAATCCCCCTTCCAAAAACATAAATTCCGAAAATCAATTACGCTAAATCCCGCAATTTTTGCTGTCGTGGACTCCCAGGAGAAACAGGAACAACTCCCTCAAAACAGCCCACAAAGACTACTCAAAGAGCTCTCCCAACGCAAGCAATTCGTTTCTCCCAAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

540 aa · LXL04_013601|LXL04_013601|OH1004|PROTEIN

MELSSPLIPSNSNVFHRSHDLSFSSSISPFPVKSPFQKHKFRKSITLNPAIFAVVDSQEKQEQLPQNSPQRLLKELSQRKQFVSPKRRVPPKRFILKPPLDDAKLAQRFLNSPQLSLKQFPLLSSCLPSMRLNNADKIWIDEYLLEAKQALGYPLEPSENYGDDNPAKQFDTLLYLAFGHPHCERTNARHVRSGHSRLGFLGQYVLEMAMAEFFLQRYPRESPGPMRERVYALIGKRYLPKWVKAASLHNLIFQYDDMDK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013601`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013601

位置 Chr03:32283270-32285301 (-)

描述 Similar to RNC1: Ribonuclease III domain-containing protein RNC1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g37510`	结合叶绿体中的特定 II 组内含子并促进其剪接。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0810100`	结合叶绿体中的特定 II 组内含子并促进其剪接。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013601 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008033 tRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G37510

dosa:Os01g0810100

gka:GK1192

gtn:GTNG_1045

zma:100125654

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.870

排名 1 · LXL04_013601 · OH-1004

线粒体0.107

排名 2 · LXL04_013601 · OH-1004

细胞核0.055

排名 3 · LXL04_013601 · OH-1004

细胞质0.053

排名 4 · LXL04_013601 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 5 · LXL04_013601 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14622.12Ribonucleas_3_3194-293 aa

PF00636.32Ribonuclease_3197-284 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013601	`PF14622.12`	Ribonucleas_3_3	194	293	1.1e-13	52.2
LXL04_013601	`PF00636.32`	Ribonuclease_3	197	284	1.3e-13	52.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZV0`	拟南芥	Ribonuclease III domain-containing protein RNC1, chloroplastic	81.124%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S1Z0`	水稻	Ribonuclease III domain-containing protein RNC1, chloroplastic	79.202%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情