LXL04_013571 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013571

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 31772501-31774690 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1741 bp · LXL04_013571|LXL04_013571|OH1004|cDNA

GACACAAGCAGAGCACTCGTTTCCTGTTCAAGCTACCAAAATGGCAGACAATGGAGTGCTGCCGGTCGACAAGTTAACAATTTCCGACACTGTCGAAGAAGCCGAGTTCTCACAGCGTGTACTGATTCGATCAATTCTGGGCCGTCCGGACGGCGGCGCTGGCCTTGCTGGGAAGACCTTGAGGGTAGGCGGCTGGGTGAAGAAAGGTCGAGAACAAGGCAAAGGTTCATTTGCCTTTCTTGAACTTAACGACGGATCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1701 bp · LXL04_013571|LXL04_013571|OH1004|CDS

ATGGCAGACAATGGAGTGCTGCCGGTCGACAAGTTAACAATTTCCGACACTGTCGAAGAAGCCGAGTTCTCACAGCGTGTACTGATTCGATCAATTCTGGGCCGTCCGGACGGCGGCGCTGGCCTTGCTGGGAAGACCTTGAGGGTAGGCGGCTGGGTGAAGAAAGGTCGAGAACAAGGCAAAGGTTCATTTGCCTTTCTTGAACTTAACGACGGATCTTGTCCGGCGAACCTCCAGCTTATAATATACTCGGATGTAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

566 aa · LXL04_013571|LXL04_013571|OH1004|PROTEIN

MADNGVLPVDKLTISDTVEEAEFSQRVLIRSILGRPDGGAGLAGKTLRVGGWVKKGREQGKGSFAFLELNDGSCPANLQLIIYSDVAPLGQFTPTGTCLHVEGVLQMPPADKQGKQSIELKVSKVLDIGAADPAKYPLPKTRLTLEFLRDYVHLRPRTNTISSIARIRNALAYATHTFFQKHGFLYVHTPIITTSDCEGAGEMFQVTTLINDSEKLEKELIKNPPPSQQDVDTARAAVKEKGEIVAKLKSDKAGKPAITA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013571`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013571

位置 Chr03:31772501-31774690 (+)

描述 Similar to SYNC1: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g56680`	天冬酰胺-tRNA 连接酶，胞质 1。	暂无已核实直接文献
`At1g70980`	天冬酰胺-tRNA 连接酶，胞质型 3。	暂无已核实直接文献
`At4g17300`	天冬酰胺-tRNA 合成酶，位于叶绿体/线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g07420`	天冬酰胺-tRNA 连接酶，胞质 2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013571 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006421 asparaginyl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0004816 asparagine-tRNA ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G70980

ath:AT3G07420

ath:AT4G17300

ath:AT5G56680

sfu:Sfum_2475

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.613

排名 1 · LXL04_013571 · OH-1004

线粒体0.236

排名 2 · LXL04_013571 · OH-1004

细胞核0.214

排名 3 · LXL04_013571 · OH-1004

过氧化物酶体0.080

排名 4 · LXL04_013571 · OH-1004

细胞膜0.044

排名 5 · LXL04_013571 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01336.32tRNA_anti-codon48-125 aa

PF00152.26tRNA-synt_2148-211 aa

PF00458.26WHEP-TRS236-276 aa

PF00152.26tRNA-synt_2297-559 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013571	`PF01336.32`	tRNA_anti-codon	48	125	4.1e-07	30.6
LXL04_013571	`PF00152.26`	tRNA-synt_2	148	211	9.1e-59	199.7
LXL04_013571	`PF00458.26`	WHEP-TRS	236	276	8.2e-06	26.5
LXL04_013571	`PF00152.26`	tRNA-synt_2	297	559	9.1e-59	199.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SW96`	拟南芥	Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic 1	69.755%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SSK1`	拟南芥	Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic 3	69.164%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O48593`	拟南芥	Asparagine--tRNA ligase, chloroplastic/mitochondrial	50.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SW95`	拟南芥	Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic 2	45.957%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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