LXL04_013569 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013569

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 31764644-31766269 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1626 bp · LXL04_013569|LXL04_013569|OH1004|cDNA

ATGGGCCAATCGCCTTCCTCCGACGCGCCGTCGCCGCAGCAGCGGTCGTTCCACCACCGCCCTCGCACACACTCTTCCTCCCATGAACTAGAGACTCTCGGTTTTATGCACAGCAAAAAGGAGCCGTACGATAATACTGCTACTATGATCGATTATACATATGAAATTCCCGATGAATGTCTAGCCCTAGTTTTTCAGTTTCTCTGCTCTGGAGACCGTAAACGCTGCTCACTCGTCTCCCACCGATGGCTACTTGTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1626 bp · LXL04_013569|LXL04_013569|OH1004|CDS

ATGGGCCAATCGCCTTCCTCCGACGCGCCGTCGCCGCAGCAGCGGTCGTTCCACCACCGCCCTCGCACACACTCTTCCTCCCATGAACTAGAGACTCTCGGTTTTATGCACAGCAAAAAGGAGCCGTACGATAATACTGCTACTATGATCGATTATACATATGAAATTCCCGATGAATGTCTAGCCCTAGTTTTTCAGTTTCTCTGCTCTGGAGACCGTAAACGCTGCTCACTCGTCTCCCACCGATGGCTACTTGTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

541 aa · LXL04_013569|LXL04_013569|OH1004|PROTEIN

MGQSPSSDAPSPQQRSFHHRPRTHSSSHELETLGFMHSKKEPYDNTATMIDYTYEIPDECLALVFQFLCSGDRKRCSLVSHRWLLVEGQSRRRLALNGQSELLSFIPSLFSRFDSITKLGLRCDRRSVSITDDAIILISFRCPNLTRLKLRGCREITDVGMALLAKNCKGLKKFSCGSCMFGAKGFNALLDNCSSLEELSVKRLRSINDSGATEPIGSCAAASSLNSICLKELYNGQLFGPLISNSKKLKTLKLLRCLGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013569`
TK1151 ID	TkA02G488530
OH-1004 ID	LXL04_013569
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013569

位置 Chr03:31764644-31766269 (-)

描述 Similar to SKIP2: F-box protein SKIP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67250`	SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。	暂无已核实直接文献
`At1g47056`	F-盒蛋白 At1g47056。	暂无已核实直接文献
`At3g50080`	F-box/LRR重复蛋白 16。	暂无已核实直接文献
`At4g07400`	推定 F-box/LRR 重复蛋白 8。	暂无已核实直接文献
`At4g15475`	F-box/LRR重复蛋白4。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013569 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0019005 SCF ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G47056

ath:AT3G50080

ath:AT4G07400

ath:AT4G15475

ath:AT5G67250

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.565

排名 1 · LXL04_013569 · OH-1004

细胞质0.229

排名 2 · LXL04_013569 · OH-1004

细胞膜0.169

排名 3 · LXL04_013569 · OH-1004

质体0.085

排名 4 · LXL04_013569 · OH-1004

内质网0.047

排名 5 · LXL04_013569 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25372.2LRR_FBXL15114-178 aa

PF29594.1LRR_SKP2129-199 aa

PF25372.2LRR_FBXL15154-295 aa

PF25372.2LRR_FBXL15285-453 aa

PF24758.2LRR_At5g56370320-406 aa

PF29594.1LRR_SKP2341-432 aa

PF24758.2LRR_At5g56370350-440 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013569	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	114	178	2.1e-15	56.8
LXL04_013569	`PF29594.1`	LRR_SKP2	129	199	6.6e-14	52.5
LXL04_013569	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	154	295	2.1e-15	56.8
LXL04_013569	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	285	453	2.1e-15	56.8
LXL04_013569	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	320	406	4.4e-12	46.8
LXL04_013569	`PF29594.1`	LRR_SKP2	341	432	6.6e-14	52.5
LXL04_013569	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	350	440	4.4e-12	46.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FE83`	拟南芥	F-box protein SKIP2	61.066%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C626`	拟南芥	F-box protein At1g47056	55.597%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SN10`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 16	52.294%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S9X4`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein 8	54.757%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C5D2`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 4	25.212%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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