LXL04_013526 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013526

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 31018667-31023373 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3141 bp · LXL04_013526|LXL04_013526|OH1004|cDNA

ATGAGGAAGAAGGTGGACGAGCGTATCAGAACCCTAATTGAGAATGGAGTCAAAAGCAGACATCGTTCCATGTTTGTCATTATCGGCGACAAGTCCCGCGACCAGGCTAGTCCACTCTCTGGCACAAAGCCACATAATTTTATTGTGAACCTCCACTACATGCTTAGCAAATCAGTTGTTAAGTCAAGACCTAATGTTCTCTGGTGTTACAGGGATAAGCTTGAACTCAGCAGTCACAAGAAAAAACGGGTCAAGCAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3141 bp · LXL04_013526|LXL04_013526|OH1004|CDS

ATGAGGAAGAAGGTGGACGAGCGTATCAGAACCCTAATTGAGAATGGAGTCAAAAGCAGACATCGTTCCATGTTTGTCATTATCGGCGACAAGTCCCGCGACCAGGCTAGTCCACTCTCTGGCACAAAGCCACATAATTTTATTGTGAACCTCCACTACATGCTTAGCAAATCAGTTGTTAAGTCAAGACCTAATGTTCTCTGGTGTTACAGGGATAAGCTTGAACTCAGCAGTCACAAGAAAAAACGGGTCAAGCAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1046 aa · LXL04_013526|LXL04_013526|OH1004|PROTEIN

MRKKVDERIRTLIENGVKSRHRSMFVIIGDKSRDQASPLSGTKPHNFIVNLHYMLSKSVVKSRPNVLWCYRDKLELSSHKKKRVKQVKKLMVRGLLDPEKADPLSLFLETAGITYCQYKDSERILGNTFGMCILQDFEALTPNLLARTIETVEGGGLVILLLRSLSSLTSLYTMVMDVHERFRTESHSLATGRFNERFLLSLASCGSCIVMDDELNILPISSHMRSVTPVPVEEDSEGLSEAERGLKDLKEQLKDDFPVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013526`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013526

位置 Chr03:31018667-31023373 (-)

描述 Similar to At1g10490: RNA cytidine acetyltransferase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10490`	对18S rRNA和tRNA均具有特异性的RNA胞苷乙酰转移酶。	暂无已核实直接文献
`At3g57940`	对18S rRNA和tRNA均具有特异性的RNA胞苷乙酰转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013526 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000154 rRNA modification 生物过程

GO:0002101 tRNA wobble cytosine modification 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0006473 protein acetylation 生物过程

GO:0010824 regulation of centrosome duplication 生物过程

GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程

GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程

GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程

GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程

GO:0051391 tRNA acetylation 生物过程

GO:1904812 rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA 生物过程

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10490

ath:AT3G57940

ddi:DDB_G0268868

hsa:55226

mmu:98956

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.851

排名 1 · LXL04_013526 · OH-1004

细胞质0.195

排名 2 · LXL04_013526 · OH-1004

线粒体0.037

排名 3 · LXL04_013526 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 4 · LXL04_013526 · OH-1004

高尔基体0.016

排名 5 · LXL04_013526 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08351.19TmcA_N1-211 aa

PF05127.22NAT10_TcmA_helicase293-490 aa

PF13718.13GNAT_acetyltr_2530-762 aa

PF13725.13tRNA_bind_2776-992 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013526	`PF08351.19`	TmcA_N	1	211	7.7e-20	71.7
LXL04_013526	`PF05127.22`	NAT10_TcmA_helicase	293	490	4.4e-55	187.0
LXL04_013526	`PF13718.13`	GNAT_acetyltr_2	530	762	3e-99	331.8
LXL04_013526	`PF13725.13`	tRNA_bind_2	776	992	5.9e-51	174.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XIK4`	拟南芥	RNA cytidine acetyltransferase 1	68.351%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M2Q4`	拟南芥	RNA cytidine acetyltransferase 2	69.728%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情