LXL04_013507 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013507

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 30632777-30643307 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1728 bp · LXL04_013507|LXL04_013507|OH1004|cDNA

ATGGGTGCTTGCAGCTCGAAACACGAAGAGAACCGTAGTCCGGCTAAACGGAATAATTGCACGGAAATAGAAGAACCGACGAAAAAGAATGATCAAGTTGTGGCAAGGAAGAGATGGTCGTTTTTGGCGTTATACACTCGAGGTCCGGCTTTTTATTTGTTTTCTAGGAAGCCGCCGCCGTCTCCGGCGAAAAATGGAAGCCAAAATCCGACGGTGAAGCGGTTCTTCAGGAAGGCGTTTCAGCCGCTGACTCGTGCCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1728 bp · LXL04_013507|LXL04_013507|OH1004|CDS

ATGGGTGCTTGCAGCTCGAAACACGAAGAGAACCGTAGTCCGGCTAAACGGAATAATTGCACGGAAATAGAAGAACCGACGAAAAAGAATGATCAAGTTGTGGCAAGGAAGAGATGGTCGTTTTTGGCGTTATACACTCGAGGTCCGGCTTTTTATTTGTTTTCTAGGAAGCCGCCGCCGTCTCCGGCGAAAAATGGAAGCCAAAATCCGACGGTGAAGCGGTTCTTCAGGAAGGCGTTTCAGCCGCTGACTCGTGCCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

575 aa · LXL04_013507|LXL04_013507|OH1004|PROTEIN

MGACSSKHEENRSPAKRNNCTEIEEPTKKNDQVVARKRWSFLALYTRGPAFYLFSRKPPPSPAKNGSQNPTVKRFFRKAFQPLTRAQHMKAVLARRHGEGKDGVARLNKSFGFSKHIRHKCEIGEEVGKGHFGHTHRAKFKKGEHKGQQVAVKIIPKSKMTTAIAIDDVHREVTILKALSGHDHLIKFYDAYEDHDNVYLVMEFCEGGVLLDRILARGGKFTEEDAKSVLIQILTVVAFCHLQGVVHRDLKPENFIYATK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013507`
TK1151 ID	TkA02G492790
OH-1004 ID	LXL04_013507
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.386 / OH-1004 27.826 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013507

位置 Chr03:30632777-30643307 (-)

描述 Similar to CRK: CDPK-related protein kinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g50530`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g41140`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用（通过相似性）。	The calmodulin-binding protein kinase 3 is part of heat-shock signal transduction in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03544.x
`At3g19100`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g56760`	可能在涉及钙作为第二信使的信号转导途径中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013507 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009939 positive regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0004713 protein tyrosine kinase activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41140

ath:AT3G19100

ath:AT3G50530

ath:AT3G56760

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.465

排名 1 · LXL04_013507 · OH-1004

细胞质0.321

排名 2 · LXL04_013507 · OH-1004

细胞核0.231

排名 3 · LXL04_013507 · OH-1004

内质网0.069

排名 4 · LXL04_013507 · OH-1004

高尔基体0.068

排名 5 · LXL04_013507 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr122-373 aa

PF00069.32Pkinase123-383 aa

PF03109.23ABC1199-283 aa

PF13499.13EF-hand_7431-490 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013507	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	122	373	2.9e-34	119.3
LXL04_013507	`PF00069.32`	Pkinase	123	383	3.7e-71	240.3
LXL04_013507	`PF03109.23`	ABC1	199	283	1.5e-07	31.6
LXL04_013507	`PF13499.13`	EF-hand_7	431	490	8.5e-10	39.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCS2`	拟南芥	CDPK-related kinase 5	59.699%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80673`	拟南芥	CDPK-related kinase 1	57.363%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LJL9`	拟南芥	CDPK-related kinase 2	56.594%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LET1`	拟南芥	CDPK-related kinase 7	56.507%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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