LXL04_013481 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013481

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 30245754-30247595 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1842 bp · LXL04_013481|LXL04_013481|OH1004|cDNA

ATGGCATTCTTATATCTCCCATTTCTACTACCTCTTTTTGCTCTCTTCATTTTTCCCTCCAATGTATCTGCAATAGATCCCGACACAAACTTCTCGTGTTCTGCTGACTCACCGCCTACATGTCAAACCTACATCACGTACCGTGCCAGGTCACCATACATGGATCTTGGCAACATATCGGATCTATTCGATGTCAGTCGTTTGAGTATTGCACAAGCTAGCAATCTCacatcagaaaatcaagaaATTGTTTTCGATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1842 bp · LXL04_013481|LXL04_013481|OH1004|CDS

ATGGCATTCTTATATCTCCCATTTCTACTACCTCTTTTTGCTCTCTTCATTTTTCCCTCCAATGTATCTGCAATAGATCCCGACACAAACTTCTCGTGTTCTGCTGACTCACCGCCTACATGTCAAACCTACATCACGTACCGTGCCAGGTCACCATACATGGATCTTGGCAACATATCGGATCTATTCGATGTCAGTCGTTTGAGTATTGCACAAGCTAGCAATCTCACATCAGAAAATCAAGAAATTGTTTTCGATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

613 aa · LXL04_013481|LXL04_013481|OH1004|PROTEIN

MAFLYLPFLLPLFALFIFPSNVSAIDPDTNFSCSADSPPTCQTYITYRARSPYMDLGNISDLFDVSRLSIAQASNLTSENQEIVFDQLLLIPITCTCNGSIYFSNFKYTIKKGDSFYVGASSVFQNLTDYHYVQDMNPSLNPTNLTVGDEVVFPLLCKCPQKSENKYLITYIWQPEDKILPVSTIFNTSSYDIANENNFRNFTAAVCLPVIIPVSQLPIFPPPPHQNRLSDVKSQKSKKIRIVFIALGTVGSFCVFVMSW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013481`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013481

位置 Chr03:30245754-30247595 (-)

描述 Similar to NFP: Serine/threonine receptor-like kinase NFP

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33580`	可能识别来源于微生物的含N-乙酰葡萄糖胺（NAG）配体。	暂无已核实直接文献
`At3g21630`	含LysM结构域的受体样激酶，参与几丁质及几丁寡糖介导的信号转导和先天免疫，并参与对盐胁迫、重金属及灰葡萄孢菌（Botrytis cinerea）的抗性。	CERK1, a LysM receptor kinase, is essential for chitin elicitor signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705147104 AvrPtoB targets the LysM receptor kinase CERK1 to promote bacterial virulence on plants.2009 · DOI: 10.1016/j.cub.2009.01.054 The lysin motif receptor-like kinase (LysM-RLK) CERK1 is a major chitin-binding protein in Arabidopsis thaliana and subject to chitin-induced phosphorylation.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.116657 Arabidopsis lysin-motif proteins LYM1 LYM3 CERK1 mediate bacterial peptidoglycan sensing and immunity to bacterial infection.2011 · DOI: 10.1073/pnas.1112862108 The LysM receptor-like kinase LysM RLK1 is required to activate defense and abiotic-stress responses induced by overexpression of fungal chitinases in Arabidopsis plants.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss021 Functional characterization of CEBiP and CERK1 homologs in arabidopsis and rice reveals the presence of different chitin receptor systems in plants.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs113 Selective regulation of the chitin-induced defense response by the Arabidopsis receptor-like cytoplasmic kinase PBL27.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12535
`At2g23770`	赖氨酸基序受体激酶，在几丁质激发子信号传导中充当细胞表面受体，导致先天免疫。	LYK4, a lysin motif receptor-like kinase, is important for chitin signaling and plant innate immunity in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.201699

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013481 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0002752 cell surface pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程

GO:0009877 nodulation 生物过程

GO:0010200 response to chitin 生物过程

GO:0032491 detection of molecule of fungal origin 生物过程

GO:0032499 detection of peptidoglycan 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G23770

ath:AT2G33580

ath:AT3G21630

mtr:11410973

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.836

排名 1 · LXL04_013481 · OH-1004

内质网0.096

排名 2 · LXL04_013481 · OH-1004

细胞质0.074

排名 3 · LXL04_013481 · OH-1004

细胞核0.051

排名 4 · LXL04_013481 · OH-1004

溶酶体／液泡0.038

排名 5 · LXL04_013481 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23446.2LysM1_NFP_LYK40-97 aa

PF23457.2LysM2_NFP102-155 aa

PF23472.2LysM2_CERK1_LYK3_4_5102-155 aa

PF23462.2LysM3_NFP167-214 aa

PF00069.32Pkinase344-479 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr360-478 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013481	`PF23446.2`	LysM1_NFP_LYK	40	97	1.4e-23	84.2
LXL04_013481	`PF23457.2`	LysM2_NFP	102	155	6.8e-23	81.2
LXL04_013481	`PF23472.2`	LysM2_CERK1_LYK3_4_5	102	155	1.4e-08	35.2
LXL04_013481	`PF23462.2`	LysM3_NFP	167	214	1.3e-23	83.9
LXL04_013481	`PF00069.32`	Pkinase	344	479	5.9e-25	88.9
LXL04_013481	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	360	478	1.5e-23	84.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22808`	拟南芥	Protein LYK5	29.421%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A8R7E6`	拟南芥	Chitin elicitor receptor kinase 1	30.536%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O64825`	拟南芥	LysM domain receptor-like kinase 4	28.964%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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