LXL04_013465 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013465

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 30041111-30043318 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2208 bp · LXL04_013465|LXL04_013465|OH1004|cDNA

ATGGAGtgtattttctttttctttttttctttcaaCCTGTTTTTGGTGAGCCAATCCGTAAGAGCTATCAATGCAGAAAGTCTCATATATGGCGTTGAAGAAAGTTTACACAATAatttttatcaaatccatgacGATAACTCAACACCATACAGAAAATCATATAAAACCCACATCACACGGAATTCTAATTCGTCATCTCTTCCACTAgcaccaccacctaccaccataaGCCGCCTCTCGTCCCACCTTTTTACCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2208 bp · LXL04_013465|LXL04_013465|OH1004|CDS

ATGGAGTGTATTTTCTTTTTCTTTTTTTCTTTCAACCTGTTTTTGGTGAGCCAATCCGTAAGAGCTATCAATGCAGAAAGTCTCATATATGGCGTTGAAGAAAGTTTACACAATAATTTTTATCAAATCCATGACGATAACTCAACACCATACAGAAAATCATATAAAACCCACATCACACGGAATTCTAATTCGTCATCTCTTCCACTAGCACCACCACCTACCACCATAAGCCGCCTCTCGTCCCACCTTTTTACCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

735 aa · LXL04_013465|LXL04_013465|OH1004|PROTEIN

MECIFFFFFSFNLFLVSQSVRAINAESLIYGVEESLHNNFYQIHDDNSTPYRKSYKTHITRNSNSSSLPLAPPPTTISRLSSHLFTFPETQSTVIPDPSSFFAPNLLLSPLPTNSFFQNFVLKNGDQPEYIHPYLVKSSLSSLSLSYPSLFSNTTLTYQIFTADLTISVLNNPNPNRSHTISAFDDLSVTLDIQPSLRFFLVRGSPFLTCQVLHNVALSISTIHAILDFVPNRSKTKFKINLNNVQTWVLYSSKPISFTH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013465`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_013465`
位置	Chr03:30041111-30043318 (+)
描述	Similar to ARB_01444: Probable endo-1,3(4)-beta-glucanase ARB_01444 (Arthroderma benhamiae (strain ATCC MYA-4681 / CBS 112371)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_013465` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程 GO:0006897 endocytosis 生物过程 GO:0009603 detection of symbiotic fungus 生物过程 GO:0030994 primary cell septum disassembly 生物过程 GO:0042815 bipolar cell growth 生物过程 GO:0044347 cell wall polysaccharide catabolic process 生物过程 GO:0071555 cell wall organization 生物过程 GO:0071998 ascospore release from ascus 生物过程 GO:0097248 maintenance of protein location in cell cortex of cell tip 生物过程 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005938 cell cortex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	abe:ARB_01444 spo:2541480 spo:2543379 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.239

排名 1 · LXL04_013465 · OH-1004

细胞膜0.201

排名 2 · LXL04_013465 · OH-1004

溶酶体／液泡0.182

排名 3 · LXL04_013465 · OH-1004

内质网0.171

排名 4 · LXL04_013465 · OH-1004

细胞质0.122

排名 5 · LXL04_013465 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03639.20Glyco_hydro_81109-374 aa

PF17652.8Glyco_hydro81C380-730 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013465	`PF03639.20`	Glyco_hydro_81	109	374	3.6e-52	178.3
LXL04_013465	`PF17652.8`	Glyco_hydro81C	380	730	7.7e-102	341.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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