LXL04_013445 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013445

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 29811275-29822649 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3588 bp · LXL04_013445|LXL04_013445|OH1004|cDNA

ATGAACCAACTCTCAACTTGGAACGGCAAGCCACATAATGCACATGCAGACCCAACCGATCTAGCCCAAATCACAGTCCAAACCCACTTTAATACCTCCACTTGGGTTATAGGCAAGCGCTACCAAGCCCGGTATCTAATTGTACATAACAACTTACTGCAGTCTGCAGATATCCCAGATAATGACTATAATTATCAAGTATTTTGCACCGGGGTGTTCATGAAGGATTCGAGGAGGGTCATTACTTCAAATGTTGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3588 bp · LXL04_013445|LXL04_013445|OH1004|CDS

ATGAACCAACTCTCAACTTGGAACGGCAAGCCACATAATGCACATGCAGACCCAACCGATCTAGCCCAAATCACAGTCCAAACCCACTTTAATACCTCCACTTGGGTTATAGGCAAGCGCTACCAAGCCCGGTATCTAATTGTACATAACAACTTACTGCAGTCTGCAGATATCCCAGATAATGACTATAATTATCAAGTATTTTGCACCGGGGTGTTCATGAAGGATTCGAGGAGGGTCATTACTTCAAATGTTGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1195 aa · LXL04_013445|LXL04_013445|OH1004|PROTEIN

MNQLSTWNGKPHNAHADPTDLAQITVQTHFNTSTWVIGKRYQARYLIVHNNLLQSADIPDNDYNYQVFCTGVFMKDSRRVITSNVEKGEKMLKKKRISAYACACPHRREMKPMDMHFGYEPSSAPGSVYSCRPESEFFKTISRRSSSIADTFQELESVGEVVTRFELDMACVCEKLANLNLLLMHMETLQSDFETFVSDTNQNQSDMEVKALEFDFLYGFLNSEVTVLENHISDFQTERTNMQDFVHSSKMLGESSVETE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013445`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013445

位置 Chr03:29811275-29822649 (+)

描述 Similar to WIT1: WPP domain-interacting tail-anchored protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g11390`	与WIT2一起，在根尖需要用于RANGAP蛋白的核膜停靠。	暂无已核实直接文献
`At1g68910`	与 WIT1 一起，是根尖中 RANGAP 蛋白核膜对接所必需的。	Plant nuclear shape is independently determined by the SUN-WIP-WIT2-myosin XI-i complex and CRWN1.2015 · DOI: 10.1080/19491034.2014.1003512

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013445 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:2000769 regulation of establishment or maintenance of cell polarity regulating cell shape 生物过程

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分

GO:0080115 myosin XI tail binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68910

ath:AT5G11390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.415

排名 1 · LXL04_013445 · OH-1004

细胞核0.281

排名 2 · LXL04_013445 · OH-1004

细胞膜0.199

排名 3 · LXL04_013445 · OH-1004

内质网0.106

排名 4 · LXL04_013445 · OH-1004

高尔基体0.100

排名 5 · LXL04_013445 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26581.1WIT1_2_N155-294 aa

PF26581.1WIT1_2_N606-742 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013445	`PF26581.1`	WIT1_2_N	155	294	6.7e-74	246.9
LXL04_013445	`PF26581.1`	WIT1_2_N	606	742	6.7e-74	246.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7E5`	拟南芥	WPP domain-interacting tail-anchored protein 1	32.367%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A8MQR0`	拟南芥	WPP domain-interacting tail-anchored protein 2	27.715%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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