LXL04_013391 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013391

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 28974751-28976612 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1641 bp · LXL04_013391|LXL04_013391|OH1004|cDNA

ATGCAAGTCCCCGCCCCGGTTCGAGCGCCGGCGTGGGTGTCCACGCGCCGTCTTCTCGAACAGAAACTATCAGACCTCCATAAATGCAACGATCTAAGACACCTGAAGCAAATTCATGCACTCATTTACAAATCGAACCTTCAGCAGGACCCATTCGTCATCCCTAAACTCGTCACAGCCTTCTCCCTCTGCCGCCAAATCCCCTCCGCCGTCAAAGCCTTTAACCAAGTCCAGGAACCCAACGTCCATTTATACAATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1641 bp · LXL04_013391|LXL04_013391|OH1004|CDS

ATGCAAGTCCCCGCCCCGGTTCGAGCGCCGGCGTGGGTGTCCACGCGCCGTCTTCTCGAACAGAAACTATCAGACCTCCATAAATGCAACGATCTAAGACACCTGAAGCAAATTCATGCACTCATTTACAAATCGAACCTTCAGCAGGACCCATTCGTCATCCCTAAACTCGTCACAGCCTTCTCCCTCTGCCGCCAAATCCCCTCCGCCGTCAAAGCCTTTAACCAAGTCCAGGAACCCAACGTCCATTTATACAATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

546 aa · LXL04_013391|LXL04_013391|OH1004|PROTEIN

MQVPAPVRAPAWVSTRRLLEQKLSDLHKCNDLRHLKQIHALIYKSNLQQDPFVIPKLVTAFSLCRQIPSAVKAFNQVQEPNVHLYNTMIRAYVHNSQPAQAFAIFFFMQNSGVFPDNFTYPFLLKACAGHNDFHLVKMIHTQIQKFGFCSDIYVPNALIDSYSRCGQLNDAFELFEKMPERNVVSWSTMLTGYSKAGDMDMTRMLFDKMPVKNMVSWTIIISGYAQKGLAKQAADLYTQMEQAGYIPDDGAIISILAACA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013391`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013391

位置 Chr03:28974751-28976612 (+)

描述 Similar to PCMP-E27: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g29230

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g29230`	含五聚肽重复的蛋白 At3g29230。	暂无已核实直接文献
`At5g66520`	含五肽重复序列的蛋白 At5g66520。	暂无已核实直接文献
`At5g06540`	含五肽重复序列的蛋白 At5g06540。	暂无已核实直接文献
`At3g49142`	推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。	暂无已核实直接文献
`At4g37380`	在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013391 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G29230

ath:AT3G49142

ath:AT4G37380

ath:AT5G06540

ath:AT5G66520

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.663

排名 1 · LXL04_013391 · OH-1004

质体0.215

排名 2 · LXL04_013391 · OH-1004

细胞核0.044

排名 3 · LXL04_013391 · OH-1004

细胞质0.035

排名 4 · LXL04_013391 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_013391 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N23-139 aa

PF13812.13PPR_379-129 aa

PF13041.13PPR_280-128 aa

PF23276.3TPR_2482-177 aa

PF01535.27PPR85-113 aa

PF12854.14PPR_1151-178 aa

PF13041.13PPR_2152-183 aa

PF01535.27PPR156-183 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013391	`PF29070.1`	MSC6_N	23	139	5.3e-14	52.8
LXL04_013391	`PF13812.13`	PPR_3	79	129	1.6e-23	83.2
LXL04_013391	`PF13041.13`	PPR_2	80	128	1.4e-58	195.5
LXL04_013391	`PF23276.3`	TPR_24	82	177	5.8e-22	78.7
LXL04_013391	`PF01535.27`	PPR	85	113	4.3e-55	180.9
LXL04_013391	`PF12854.14`	PPR_1	151	178	1.3e-35	121.5
LXL04_013391	`PF13041.13`	PPR_2	152	183	1.4e-58	195.5
LXL04_013391	`PF01535.27`	PPR	156	183	4.3e-55	180.9
LXL04_013391	`PF13041.13`	PPR_2	181	213	1.4e-58	195.5
LXL04_013391	`PF01535.27`	PPR	184	213	4.3e-55	180.9
LXL04_013391	`PF13041.13`	PPR_2	213	259	1.4e-58	195.5
LXL04_013391	`PF01535.27`	PPR	215	244	4.3e-55	180.9
LXL04_013391	`PF23276.3`	TPR_24	249	314	5.8e-22	78.7
LXL04_013391	`PF13041.13`	PPR_2	314	360	1.4e-58	195.5
LXL04_013391	`PF12854.14`	PPR_1	314	342	1.3e-35	121.5
LXL04_013391	`PF01535.27`	PPR	316	345	4.3e-55	180.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LS72`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g29230	53.322%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FJY7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g66520	38.996%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FG16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g06540	36.673%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0C899`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49142	36.481%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SZT8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein ELI1, chloroplastic	38.207%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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