LXL04_013368 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013368

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 28648575-28651485 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2211 bp · LXL04_013368|LXL04_013368|OH1004|cDNA

ATGGCAACTATGAGTTCTTTGGCATTTGTGACCGATCACACTGCGACTGTTGGCATTGCTCTTATAAACAATCGTCGTCGACCCCAGATCCCTTTGTTCGCATATTATCGACCAAGGAAATCACTTCTTGACATGGCATTTATACGTAATAATACTCCTATCGCTGGTGGTCGCAGAGTTCGGAGTATCAAAGCAACTGGAGAAAAGGGTTACGGTGGAGATGCAAGCGGTGATACAGACGAGGCGCTTCAAGTTGTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2211 bp · LXL04_013368|LXL04_013368|OH1004|CDS

ATGGCAACTATGAGTTCTTTGGCATTTGTGACCGATCACACTGCGACTGTTGGCATTGCTCTTATAAACAATCGTCGTCGACCCCAGATCCCTTTGTTCGCATATTATCGACCAAGGAAATCACTTCTTGACATGGCATTTATACGTAATAATACTCCTATCGCTGGTGGTCGCAGAGTTCGGAGTATCAAAGCAACTGGAGAAAAGGGTTACGGTGGAGATGCAAGCGGTGATACAGACGAGGCGCTTCAAGTTGTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

736 aa · LXL04_013368|LXL04_013368|OH1004|PROTEIN

MATMSSLAFVTDHTATVGIALINNRRRPQIPLFAYYRPRKSLLDMAFIRNNTPIAGGRRVRSIKATGEKGYGGDASGDTDEALQVVIEKSKKLLAKQRELLQQIAERREIIASINNTKIKSEKEDILSEDEEESFLELDSNLPDDIFTLQNPSTIKSNEIDDTSKSEIKLPPKTYLRENFKNNHQSTNSQKATTSELPPFVSDISPTYNKIENTNESTTHHIKDVTDAPIGDESQSPPLAGPNVMNIILVAAECAPWSKT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013368`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013368

位置 Chr03:28648575-28651485 (+)

描述 Similar to Granule-bound starch synthase 2, chloroplastic/amyloplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g01180`	参与叶片直链淀粉中糖链的合成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0437600`	可能参与胚乳淀粉体中的淀粉合成，并有助于叶片叶绿体中暂时性淀粉的沉积。	Molecular cloning and expression analysis of three genes encoding starch synthase II in rice.2004 · DOI: 10.1007/s00425-003-1189-y
`Os02g0744700`	可能有助于叶片叶绿体中瞬时淀粉的沉积。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013368 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010021 amylopectin biosynthetic process 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004373 alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity 分子功能

GO:0009011 alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (ADP-glucose donor) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G01180

dosa:Os10g0437600

sot:102583115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.881

排名 1 · LXL04_013368 · OH-1004

高尔基体0.064

排名 2 · LXL04_013368 · OH-1004

细胞质0.043

排名 3 · LXL04_013368 · OH-1004

细胞膜0.042

排名 4 · LXL04_013368 · OH-1004

内质网0.035

排名 5 · LXL04_013368 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08323.18Glyco_transf_5246-488 aa

PF00534.27Glycos_transf_1548-679 aa

PF13692.13Glyco_trans_1_4551-689 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013368	`PF08323.18`	Glyco_transf_5	246	488	8.6e-60	203.1
LXL04_013368	`PF00534.27`	Glycos_transf_1	548	679	5.2e-13	49.6
LXL04_013368	`PF13692.13`	Glyco_trans_1_4	551	689	4.5e-15	56.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MAC8`	拟南芥	Starch synthase 2, chloroplastic/amyloplastic	59.195%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XE48`	水稻	Soluble starch synthase 2-1, chloroplastic/amyloplastic	58.017%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z2T8`	水稻	Soluble starch synthase 2-2, chloroplastic/amyloplastic	63.435%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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