LXL04_013338 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013338

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 28081795-28083801 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2007 bp · LXL04_013338|LXL04_013338|OH1004|cDNA

ATGAAGTACATGGATGCGTGGTCATGGACTACTACTCCCACACCTTTCATCACAATCAACCTACAGAATTCCCCGTCGACGAGTCACCGGAAAAAACTGCAGAATCGTTCAATAATCATCGTAAGTTCTAGCACCTCAATTAAAGATATATGGCGGAAGCAAACAAAGTCCACAACTCTAAGACCGTCATCTTCTCTCCAACCTTATCGTCGAAAACCAGAAACTGGTCACTTAGATCACAGCGTAGACATGGAAGAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

2007 bp · LXL04_013338|LXL04_013338|OH1004|CDS

ATGAAGTACATGGATGCGTGGTCATGGACTACTACTCCCACACCTTTCATCACAATCAACCTACAGAATTCCCCGTCGACGAGTCACCGGAAAAAACTGCAGAATCGTTCAATAATCATCGTAAGTTCTAGCACCTCAATTAAAGATATATGGCGGAAGCAAACAAAGTCCACAACTCTAAGACCGTCATCTTCTCTCCAACCTTATCGTCGAAAACCAGAAACTGGTCACTTAGATCACAGCGTAGACATGGAAGAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

668 aa · LXL04_013338|LXL04_013338|OH1004|PROTEIN

MKYMDAWSWTTTPTPFITINLQNSPSTSHRKKLQNRSIIIVSSSTSIKDIWRKQTKSTTLRPSSSLQPYRRKPETGHLDHSVDMEELVSSINQTTNEHELFALLSPYKTRQLSIRFMVTLLSRETDWQRSIALLDWINEQALYTPSVYAYNVVLRNVLRAKQWEIAYGLFDEMRQRALSADRYTYSTLITHFGKEGKFDDALSWLQKMEHDHVSGDLVVYSNLIELSRKLCDYSKAISIFSRLKQSGISPDLVAYNSMIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013338`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013338

位置 Chr03:28081795-28083801 (-)

描述 Similar to At5g39980: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39980, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39980`	含五聚肽重复的蛋白At5g39980，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At1g62930`	含有五百四十肽重复的蛋白 At1g62930，叶绿体。	暂无已核实直接文献
`At5g02860`	含五肽重复的蛋白 At5g02860。	暂无已核实直接文献
`At1g62910`	含五百四十肽重复的蛋白 At1g62910。	暂无已核实直接文献
`At1g63150`	含五十二肽重复的蛋白At1g63150。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013338 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62930

ath:AT5G39980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.477

排名 1 · LXL04_013338 · OH-1004

线粒体0.373

排名 2 · LXL04_013338 · OH-1004

细胞核0.067

排名 3 · LXL04_013338 · OH-1004

细胞质0.028

排名 4 · LXL04_013338 · OH-1004

细胞膜0.009

排名 5 · LXL04_013338 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long112-250 aa

PF13041.13PPR_2145-193 aa

PF12854.14PPR_1178-209 aa

PF01535.27PPR183-210 aa

PF13041.13PPR_2185-224 aa

PF13812.13PPR_3205-264 aa

PF17177.11PPR_long235-317 aa

PF12854.14PPR_1247-279 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013338	`PF17177.11`	PPR_long	112	250	1.2e-29	104.0
LXL04_013338	`PF13041.13`	PPR_2	145	193	2.9e-82	271.3
LXL04_013338	`PF12854.14`	PPR_1	178	209	1.4e-51	172.6
LXL04_013338	`PF01535.27`	PPR	183	210	1.3e-73	238.9
LXL04_013338	`PF13041.13`	PPR_2	185	224	2.9e-82	271.3
LXL04_013338	`PF13812.13`	PPR_3	205	264	1.5e-56	189.1
LXL04_013338	`PF17177.11`	PPR_long	235	317	1.2e-29	104.0
LXL04_013338	`PF12854.14`	PPR_1	247	279	1.4e-51	172.6
LXL04_013338	`PF13041.13`	PPR_2	250	298	2.9e-82	271.3
LXL04_013338	`PF01535.27`	PPR	253	279	1.3e-73	238.9
LXL04_013338	`PF13812.13`	PPR_3	274	334	1.5e-56	189.1
LXL04_013338	`PF13041.13`	PPR_2	285	331	2.9e-82	271.3
LXL04_013338	`PF01535.27`	PPR	288	318	1.3e-73	238.9
LXL04_013338	`PF29070.1`	MSC6_N	290	379	1.3e-20	74.6
LXL04_013338	`PF13041.13`	PPR_2	320	364	2.9e-82	271.3
LXL04_013338	`PF01535.27`	PPR	324	353	1.3e-73	238.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLD8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39980, chloroplastic	74.125%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LQ14`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic	29.646%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LYZ9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02860	22.760%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQ16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62910	28.889%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAM8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63150	28.188%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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