LXL04_013326 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013326

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 27828861-27847006 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7191 bp · LXL04_013326|LXL04_013326|OH1004|cDNA

ATGAGTAAACAGAGCACCCAGACAATCAGGAAACACAGCAATGGATCTATCCGATCGATTTTCATGCATGCCGACGGTGCCGATATCTTTCTGATGAGTCTTGGTTTTTTAGGTGCCGTCGGCGATGGAATTGCAGCGCCAATCATGTTTTTTATTACCAGCACCATCATGAACAATATCGGAGACTTCTCTTCTTTATCCACCGATGTCTTCACTGACAAAATCAATAAGGATGCAGAGTATCTTTGTTTCTTGGCTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

7191 bp · LXL04_013326|LXL04_013326|OH1004|CDS

ATGAGTAAACAGAGCACCCAGACAATCAGGAAACACAGCAATGGATCTATCCGATCGATTTTCATGCATGCCGACGGTGCCGATATCTTTCTGATGAGTCTTGGTTTTTTAGGTGCCGTCGGCGATGGAATTGCAGCGCCAATCATGTTTTTTATTACCAGCACCATCATGAACAATATCGGAGACTTCTCTTCTTTATCCACCGATGTCTTCACTGACAAAATCAATAAGGATGCAGAGTATCTTTGTTTCTTGGCTAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2396 aa · LXL04_013326|LXL04_013326|OH1004|PROTEIN

MSKQSTQTIRKHSNGSIRSIFMHADGADIFLMSLGFLGAVGDGIAAPIMFFITSTIMNNIGDFSSLSTDVFTDKINKDAEYLCFLAIGKLIACFLEGYCWARTAERQASKLRLDYLKAVLRQEVAYFDLNVASTSEIITSISSDSLIIQEVISEKVPSFIMYVSICAGAYVVAFILLWRLAIVALPFITCLVIPGLIYGRVLMRLSRKIREEYNKAGMVAEQAISSVRTVYSFVGENKTLMEYSVSLQSSVKLGLKQGLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013326`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013326

位置 Chr03:27828861-27847006 (-)

描述 Similar to ABCB15: ABC transporter B family member 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28345`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 15。	暂无已核实直接文献
`At3g28390`	ABC转运蛋白B家族成员18。	暂无已核实直接文献
`At3g28415`	ABC转运蛋白B家族成员22。	暂无已核实直接文献
`At3g28380`	ABC转运蛋白B家族成员17。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0190300`	推测的多药耐药蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013326 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28345

ath:AT3G28390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.506

排名 1 · LXL04_013326 · OH-1004

溶酶体／液泡0.234

排名 2 · LXL04_013326 · OH-1004

内质网0.131

排名 3 · LXL04_013326 · OH-1004

细胞质0.113

排名 4 · LXL04_013326 · OH-1004

高尔基体0.063

排名 5 · LXL04_013326 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664.29ABC_membrane34-298 aa

PF00005.34ABC_tran376-524 aa

PF00664.29ABC_membrane677-923 aa

PF00005.34ABC_tran1001-1150 aa

PF00664.29ABC_membrane1258-1462 aa

PF00005.34ABC_tran1536-1685 aa

PF02463.26SMC_N1572-1725 aa

PF00664.29ABC_membrane1822-2090 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013326	`PF00664.29`	ABC_membrane	34	298	2.5e-177	589.0
LXL04_013326	`PF00005.34`	ABC_tran	376	524	1.5e-135	447.3
LXL04_013326	`PF00664.29`	ABC_membrane	677	923	2.5e-177	589.0
LXL04_013326	`PF00005.34`	ABC_tran	1001	1150	1.5e-135	447.3
LXL04_013326	`PF00664.29`	ABC_membrane	1258	1462	2.5e-177	589.0
LXL04_013326	`PF00005.34`	ABC_tran	1536	1685	1.5e-135	447.3
LXL04_013326	`PF02463.26`	SMC_N	1572	1725	1.5e-20	74.3
LXL04_013326	`PF00664.29`	ABC_membrane	1822	2090	2.5e-177	589.0
LXL04_013326	`PF00005.34`	ABC_tran	2163	2312	1.5e-135	447.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHD1`	拟南芥	ABC transporter B family member 15	69.893%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSJ5`	拟南芥	ABC transporter B family member 18	66.039%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSJ2`	拟南芥	ABC transporter B family member 22	64.123%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSJ6`	拟南芥	ABC transporter B family member 17	64.984%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6YUU5`	水稻	Putative multidrug resistance protein	65.872%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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