LXL04_013324 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013324

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 27786944-27790770 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3516 bp · LXL04_013324|LXL04_013324|OH1004|cDNA

ATGGCCTTTGCCTCTTCTCACGCCGGCAACTCCAACGTCCGTCGTGGAATCGGCGGCGGTTGGACCCGCTCTCTCCTACCTTTCACATCATCAACCACCAAATCCGCTAAACACATTCGTAAATCTCGCAAACGTGCTGCCCTCAAAGACTTCTTATTCGCAAATTTCTTCACCATCGGACTCGGCGCAtctatcttcttcttctttatcGTTGTTTACCTATACGGAGTTCCAAAACCCATCTCCTCGCAATTCCGTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3516 bp · LXL04_013324|LXL04_013324|OH1004|CDS

ATGGCCTTTGCCTCTTCTCACGCCGGCAACTCCAACGTCCGTCGTGGAATCGGCGGCGGTTGGACCCGCTCTCTCCTACCTTTCACATCATCAACCACCAAATCCGCTAAACACATTCGTAAATCTCGCAAACGTGCTGCCCTCAAAGACTTCTTATTCGCAAATTTCTTCACCATCGGACTCGGCGCATCTATCTTCTTCTTCTTTATCGTTGTTTACCTATACGGAGTTCCAAAACCCATCTCCTCGCAATTCCGTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1171 aa · LXL04_013324|LXL04_013324|OH1004|PROTEIN

MAFASSHAGNSNVRRGIGGGWTRSLLPFTSSTTKSAKHIRKSRKRAALKDFLFANFFTIGLGASIFFFFIVVYLYGVPKPISSQFRTGNSRVLRVRKPVYRKTSSLGHVPSNHSNLSLGAAAVDLTTKDLYDKIEFKDVDGGPWTQGWRVSYKGDEWNTEKLKVFVVPHSHNDPGWKLTVEEYYDRQSRHILDTIIETLSKDERRKFIWEEMSYLERWWRDASDTKRESLIKLLQNGQLEIVGGGWVMNDEANSHYFAII...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013324`
TK1151 ID	TkA02G505250
OH-1004 ID	LXL04_013324
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.222 / OH-1004 52.007 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013324

位置 Chr03:27786944-27790770 (-)

描述 Similar to GMII: Alpha-mannosidase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g14950`	催化复杂 N-聚糖生物合成的第一个关键步骤。	Molecular cloning and characterization of Arabidopsis thaliana Golgi alpha-mannosidase II, a key enzyme in the formation of complex N-glycans in plants.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02648.x Reduced immunogenicity of Arabidopsis hgl1 mutant N-glycans caused by altered accessibility of xylose and core fucose epitopes.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.196097

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013324 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006013 mannose metabolic process 生物过程

GO:0006491 N-glycan processing 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0007585 respiratory gaseous exchange by respiratory system 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G14950

hsa:4122

mmu:140481

mmu:17158

rno:25478

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.607

排名 1 · LXL04_013324 · OH-1004

内质网0.301

排名 2 · LXL04_013324 · OH-1004

细胞质0.087

排名 3 · LXL04_013324 · OH-1004

细胞膜0.072

排名 4 · LXL04_013324 · OH-1004

细胞外0.057

排名 5 · LXL04_013324 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01074.29Glyco_hydro_38N161-503 aa

PF09261.17Alpha-mann_mid508-610 aa

PF07748.20Glyco_hydro_38C766-974 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013324	`PF01074.29`	Glyco_hydro_38N	161	503	2.2e-89	300.2
LXL04_013324	`PF09261.17`	Alpha-mann_mid	508	610	1.6e-21	76.9
LXL04_013324	`PF07748.20`	Glyco_hydro_38C	766	974	1.4e-31	111.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFR0`	拟南芥	Alpha-mannosidase 2	69.588%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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