LXL04_013305 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013305

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 27388039-27392960 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3930 bp · LXL04_013305|LXL04_013305|OH1004|cDNA

ATGGGCGTCCACGGTCTTTGGGATCTGTTATCCCCCGTTGGTCGCCGTGTCTCAGTTGAAACCCTCGCCGGCAAAAGACTCGCAATTGATGCGAGCATATGGATGGTACAGTTCATGAAGGCGATGAGAGATGAACGCGGAGAGATGGTGAGGAATGCACACATATTAGGGTTTTTCCGACGAATTTGCAAGCTATTGTTTCTACGGACGAAACCAGTGTTTGTTTTTGATGGTGCCACACCTGCTTTAAAACGGAGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

3930 bp · LXL04_013305|LXL04_013305|OH1004|CDS

ATGGGCGTCCACGGTCTTTGGGATCTGTTATCCCCCGTTGGTCGCCGTGTCTCAGTTGAAACCCTCGCCGGCAAAAGACTCGCAATTGATGCGAGCATATGGATGGTACAGTTCATGAAGGCGATGAGAGATGAACGCGGAGAGATGGTGAGGAATGCACACATATTAGGGTTTTTCCGACGAATTTGCAAGCTATTGTTTCTACGGACGAAACCAGTGTTTGTTTTTGATGGTGCCACACCTGCTTTAAAACGGAGAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1309 aa · LXL04_013305|LXL04_013305|OH1004|PROTEIN

MGVHGLWDLLSPVGRRVSVETLAGKRLAIDASIWMVQFMKAMRDERGEMVRNAHILGFFRRICKLLFLRTKPVFVFDGATPALKRRTVIARRRQRENAQTKIRKTAEKLLLNHLKAMRLKELANDLENQRKNNGDKGKGVITDKSDLAGTTSKTNPPDTKGFDQEALDAMLAASINAEENKGIIGDASTSGAGVSAEDEDEDEDDDDEEMLLPTLDGKVDPAVLASLPPSMQLDLLSQMRERLMAENRQKYQKVKKAPAR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013305`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013305

位置 Chr03:27388039-27392960 (+)

描述 Similar to UVH3: DNA repair protein UVH3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28030`	推测的单链DNA内切酶，参与对UV和氧化损伤DNA的核苷酸切除修复（NER）。	Arabidopsis UVH3 gene is a homolog of the Saccharomyces cerevisiae RAD2 and human XPG DNA repair genes.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01031.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013305 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006285 base-excision repair, AP site formation 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0008340 determination of adult lifespan 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009650 UV protection 生物过程

GO:0010213 non-photoreactive DNA repair 生物过程

GO:0010225 response to UV-C 生物过程

GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.951

排名 1 · LXL04_013305 · OH-1004

细胞质0.128

排名 2 · LXL04_013305 · OH-1004

线粒体0.021

排名 3 · LXL04_013305 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_013305 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_013305 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00752.24XPG_N1-97 aa

PF12813.13XPG_I_2781-866 aa

PF00867.24XPG_I788-869 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013305	`PF00752.24`	XPG_N	1	97	1.3e-29	103.4
LXL04_013305	`PF12813.13`	XPG_I_2	781	866	1.7e-06	28.4
LXL04_013305	`PF00867.24`	XPG_I	788	869	7.8e-27	94.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ATY5`	拟南芥	DNA repair protein UVH3	44.713%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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