LXL04_013034 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013034

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 22823670-22831718 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3636 bp · LXL04_013034|LXL04_013034|OH1004|cDNA

ATGAAGATAGAAGAAGTGCAATCTACTACTAAGAAGCAGAGGATCGCTACGCACACTCATATCAAAGGCCTTGGTCTTGAGCCTACTGGAAAAGCAATCCCATTGGCGGCTGGATTTGTAGGTCAATCAGCAGCAAGAGAGGCCGGCGGCCTTGTAGTTGACATGATCCGCCAAAAAAAGATGGCTGGACGTGCACTTCTGTTTGCCGGACCTCCTGGAACTGGCAAAACCGCCCTTGCCCTTGGCATCTCCCAAGAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

3636 bp · LXL04_013034|LXL04_013034|OH1004|CDS

ATGAAGATAGAAGAAGTGCAATCTACTACTAAGAAGCAGAGGATCGCTACGCACACTCATATCAAAGGCCTTGGTCTTGAGCCTACTGGAAAAGCAATCCCATTGGCGGCTGGATTTGTAGGTCAATCAGCAGCAAGAGAGGCCGGCGGCCTTGTAGTTGACATGATCCGCCAAAAAAAGATGGCTGGACGTGCACTTCTGTTTGCCGGACCTCCTGGAACTGGCAAAACCGCCCTTGCCCTTGGCATCTCCCAAGAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1211 aa · LXL04_013034|LXL04_013034|OH1004|PROTEIN

MKIEEVQSTTKKQRIATHTHIKGLGLEPTGKAIPLAAGFVGQSAAREAGGLVVDMIRQKKMAGRALLFAGPPGTGKTALALGISQELGTKVPFCPMVGSEVYSSEVKKTEVLMENFRRAIGLRIKENKEVYEGEVTELSPEETESVTGGYGKAISHVIIGLKTVKGTKQLKLDPTIYDALIKEKVAVGDVIYIEANSGAVKRVGRSDAFATEYDLEAEEYVPLPKGEVHKKKEIVQDVTLHDLDAANARPQGGQDILSLM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013034`
TK1151 ID	TkA02G520890
OH-1004 ID	LXL04_013034
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013034

位置 Chr03:22823670-22831718 (+)

描述 Similar to ISPG: 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (ferredoxin), chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60600`	质体非甲羟戊酸途径中的异戊二烯类生物合成酶，将2-C-甲基-D-赤藓醇2,4-环二磷酸（ME-2,4cPP）转化为1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基4-二磷酸。	CHLOROPLAST BIOGENESIS genes act cell and noncell autonomously in early chloroplast development.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.036996 The Arabidopsis csb3 mutant reveals a regulatory link between salicylic acid-mediated disease resistance and the methyl-erythritol 4-phosphate pathway.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02517.x Isoprenoid biosynthesis in plant chloroplasts via the MEP pathway: direct thylakoid/ferredoxin-dependent photoreduction of GcpE/IspG.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.01.082
`At5g22330`	拟作为染色质重塑 INO80 复合体的核心组分，该复合体参与转录调控、DNA 复制并可能参与 DNA 修复。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0603800`	质体非甲羟戊酸途径中的异戊二烯类生物合成酶，将2-C-甲基-D-赤藓醇2,4-环二磷酸（ME-2,4cPP）转化为1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基4-二磷酸。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013034 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000492 box C/D snoRNP assembly 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009862 systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0016114 terpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0019288 isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G22330

ath:AT5G60600

dosa:Os02g0603800

pcu:PC_RS03560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.634

排名 1 · LXL04_013034 · OH-1004

细胞核0.263

排名 2 · LXL04_013034 · OH-1004

线粒体0.136

排名 3 · LXL04_013034 · OH-1004

细胞膜0.090

排名 4 · LXL04_013034 · OH-1004

内质网0.080

排名 5 · LXL04_013034 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06068.20TIP4914-365 aa

PF05496.19RuvB_N38-91 aa

PF00004.36AAA66-115 aa

PF17856.8TIP49_C373-432 aa

PF04551.20GcpE558-827 aa

PF26540.1GcpE_C1111-1199 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013034	`PF06068.20`	TIP49	14	365	3.5e-164	546.8
LXL04_013034	`PF05496.19`	RuvB_N	38	91	8.6e-09	36.1
LXL04_013034	`PF00004.36`	AAA	66	115	5.2e-10	40.6
LXL04_013034	`PF17856.8`	TIP49_C	373	432	5.3e-15	56.0
LXL04_013034	`PF04551.20`	GcpE	558	827	1.2e-88	297.6
LXL04_013034	`PF26540.1`	GcpE_C	1111	1199	7.4e-24	84.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K0E8`	拟南芥	4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (ferredoxin), chloroplastic	83.919%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FMR9`	拟南芥	RuvB-like protein 1	88.009%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K8J4`	水稻	4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (ferredoxin), chloroplastic	82.258%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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