LXL04_012976 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012976

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 21791890-21793020 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1131 bp · LXL04_012976|LXL04_012976|OH1004|cDNA

ATGACTGCTTCCAAAACAAAATCCGAACAAAAAAAGAAACCTCTGAAGCGAGTTCCTTCTGAGAAACCTCCTTTCACTATCAGCGACATTAAAAAAGCAATTCCTCCCCACTGTTTCAACCGTTCCCTTACCCGCTCCTTTTCCTACGTCGTTTACGACTTTGTCATCACCTTCCTCCTCTACCACATCGCCACCGCCTACTTCCACCACCTCCCAACCCCTCTCTCCTCCCTCGCATGGTTAGCCTACTGGATCATCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1131 bp · LXL04_012976|LXL04_012976|OH1004|CDS

ATGACTGCTTCCAAAACAAAATCCGAACAAAAAAAGAAACCTCTGAAGCGAGTTCCTTCTGAGAAACCTCCTTTCACTATCAGCGACATTAAAAAAGCAATTCCTCCCCACTGTTTCAACCGTTCCCTTACCCGCTCCTTTTCCTACGTCGTTTACGACTTTGTCATCACCTTCCTCCTCTACCACATCGCCACCGCCTACTTCCACCACCTCCCAACCCCTCTCTCCTCCCTCGCATGGTTAGCCTACTGGATCATCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

376 aa · LXL04_012976|LXL04_012976|OH1004|PROTEIN

MTASKTKSEQKKKPLKRVPSEKPPFTISDIKKAIPPHCFNRSLTRSFSYVVYDFVITFLLYHIATAYFHHLPTPLSSLAWLAYWIIQGCVLTGVWVIAHECGHHAFSDYQWVDDTVGFLLHSSLLVPYFSWKYSHRRHHSNTGSLERDEVFVPKPRSQIPWYSKYLNNPPGRIMSLFATLTLGWPLYLAFNVSGRPYDRFACHYAPNSPIYNNRERLQIWLSDIGLVTMAFVLYRVAVVKGVSWVMCVYGVPLMIVNGFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012976`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012976

位置 Chr03:21791890-21793020 (-)

描述 Similar to Acyl-lipid (9+3)-(E)-desaturase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12120`	ERomega-6 脂肪酸去饱和酶在 18:3 脂肪酸的生物合成中引入第二个双键。	Consequences of omega -6-oleate desaturase deficiency on lipid dynamics and functional properties of mitochondrial membranes of Arabidopsis thaliana.2001 · DOI: 10.1074/jbc.m006231200 Desaturation and hydroxylation. Residues 148 and 324 of Arabidopsis FAD2, in addition to substrate chain length, exert a major influence in partitioning of catalytic specificity.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m200231200 Alternative oxidase involvement in cold stress response of Arabidopsis thaliana fad2 and FAD3+ cell suspensions altered in membrane lipid composition.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm061 Arabidopsis fatty acid desaturase FAD2 is required for salt tolerance during seed germination and early seedling growth.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0030355 Arabidopsis FAD2 gene encodes the enzyme that is essential for polyunsaturated lipid synthesis.1994 · DOI: 10.1105/tpc.6.1.147 Functional expression of the extraplastidial Arabidopsis thaliana oleate desaturase gene (FAD2) in Saccharomyces cerevisiae.1996 · DOI: 10.1104/pp.111.1.223

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012976 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006636 unsaturated fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0016717 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water 分子功能

GO:0045485 omega-6 fatty acid desaturase activity 分子功能

GO:0050184 acyl-lipid omega-6 desaturase (cytochrome b5) activity 分子功能

GO:0102985 acyl-CoA (9+3)-desaturase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AAS72902

ath:AT3G12120

gmx:547814

gmx:547815

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.894

排名 1 · LXL04_012976 · OH-1004

细胞质0.064

排名 2 · LXL04_012976 · OH-1004

细胞核0.051

排名 3 · LXL04_012976 · OH-1004

线粒体0.047

排名 4 · LXL04_012976 · OH-1004

细胞膜0.045

排名 5 · LXL04_012976 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11960.14DUF347413-60 aa

PF00487.31FA_desaturase79-339 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012976	`PF11960.14`	DUF3474	13	60	2.5e-09	38.3
LXL04_012976	`PF00487.31`	FA_desaturase	79	339	4.1e-32	112.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P46313`	拟南芥	Delta(12)-fatty-acid desaturase	71.618%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情