LXL04_012969 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012969

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 21719639-21728153 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5829 bp · LXL04_012969|LXL04_012969|OH1004|cDNA

ATGACGTCGAGAGGGGGAGGTACTGGTCCGTCGGATCAACCTCCGCCGCCGCAGCGGCGGATCATGCGTACACAGACAGCAGGAAATCTCGGAGAGTCGATATTTGATAGTGAAGTAGTTCCCTCGTCGTTGGTCGAGATTGCTCCTATTCTTCGTGTGGCTAATGAAGTCGAGCCTAGTAACCCCAGGGTTGCTTATCTTTGTCGATTTTATGCATTTGAGAAAGCACATAGGTTGGATCCCACTTCTAGCGGACGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

5829 bp · LXL04_012969|LXL04_012969|OH1004|CDS

ATGACGTCGAGAGGGGGAGGTACTGGTCCGTCGGATCAACCTCCGCCGCCGCAGCGGCGGATCATGCGTACACAGACAGCAGGAAATCTCGGAGAGTCGATATTTGATAGTGAAGTAGTTCCCTCGTCGTTGGTCGAGATTGCTCCTATTCTTCGTGTGGCTAATGAAGTCGAGCCTAGTAACCCCAGGGTTGCTTATCTTTGTCGATTTTATGCATTTGAGAAAGCACATAGGTTGGATCCCACTTCTAGCGGACGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1942 aa · LXL04_012969|LXL04_012969|OH1004|PROTEIN

MTSRGGGTGPSDQPPPPQRRIMRTQTAGNLGESIFDSEVVPSSLVEIAPILRVANEVEPSNPRVAYLCRFYAFEKAHRLDPTSSGRGVRQFKTALLQRLERENDPTLIGRMKKSDAREMQSFYRHYYSKYIQALQSAADKADRAQLTKAYQTANVLFEVLKAVNQTQSVEVDREILETHDKVAQKTEIYLPYNILPLDPDSANQAIMQYPEIQAAVVALRNTRGLPWPREYKKKSEEDILDWLQAMFGFQKDNVANQREH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012969`
TK1151 ID	TkA02G525880
OH-1004 ID	LXL04_012969
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.990 / OH-1004 87.848 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012969

位置 Chr03:21719639-21728153 (-)

描述 Similar to CALS3: Callose synthase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13000`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献
`At1g05570`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	An Arabidopsis Callose Synthase, GSL5, Is Required for Wound and Papillary Callose Formation.2003 · DOI: 10.1105/tpc.016097
`At2g31960`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献
`At2g13680`	形成分隔四孢子和包围花粉母细胞的胼胝质壁所必需的。	Callose synthase (CalS5) is required for exine formation during microgametogenesis and for pollen viability in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02379.x Callose (beta-1,3 glucan) is essential for Arabidopsis pollen wall patterning, but not tube growth.2005 · DOI: 10.1186/1471-2229-5-22
`At5g36870`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012969 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006075 (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process 生物过程

GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:0000148 1,3-beta-D-glucan synthase complex 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05570

ath:AT2G13680

ath:AT2G31960

ath:AT5G13000

ath:AT5G36870

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.680

排名 1 · LXL04_012969 · OH-1004

内质网0.177

排名 2 · LXL04_012969 · OH-1004

细胞质0.110

排名 3 · LXL04_012969 · OH-1004

高尔基体0.089

排名 4 · LXL04_012969 · OH-1004

溶酶体／液泡0.075

排名 5 · LXL04_012969 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04652.22Vta147-173 aa

PF14288.12FKS1_dom1324-436 aa

PF25968.1CALS1859-1038 aa

PF02364.22Glucan_synthase1045-1133 aa

PF02364.22Glucan_synthase1139-1835 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012969	`PF04652.22`	Vta1	47	173	3.6e-16	60.2
LXL04_012969	`PF14288.12`	FKS1_dom1	324	436	2.5e-42	144.4
LXL04_012969	`PF25968.1`	CALS1	859	1038	3.1e-66	223.2
LXL04_012969	`PF02364.22`	Glucan_synthase	1045	1133	9.2e-240	798.9
LXL04_012969	`PF02364.22`	Glucan_synthase	1139	1835	9.2e-240	798.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LXT9`	拟南芥	Callose synthase 3	82.287%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9AUE0`	拟南芥	Callose synthase 1	77.058%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SL03`	拟南芥	Callose synthase 2	76.398%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3B724`	拟南芥	Callose synthase 5	62.154%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LTG5`	拟南芥	Callose synthase 4	61.566%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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