LXL04_012929 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012929

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 21024107-21028019 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3242 bp · LXL04_012929|LXL04_012929|OH1004|cDNA

ATGGATCAGATAAACTTACTTCACAGTCAAAGGAAAATTCTCCAAGGTCCAGGTGGCAAGTCCTCAACAAGTGGGCCCTCCAAAGATCTATGGCTTGCAGTCCACGGAGGGTCTGTAATCGATGTAGATTCAGCCTTGGTCTCACTGAAGAAAAATGGTGGAAACATCAATTCAAGAAACACATTTGGCCTTACCCCTCTTCATATTGCAACTTGGAGAAATCACATTCCAATCATCAGAAGACTTTTAGCAGCTGGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3219 bp · LXL04_012929|LXL04_012929|OH1004|CDS

ATGGATCAGATAAACTTACTTCACAGTCAAAGGAAAATTCTCCAAGGTCCAGGTGGCAAGTCCTCAACAAGTGGGCCCTCCAAAGATCTATGGCTTGCAGTCCACGGAGGGTCTGTAATCGATGTAGATTCAGCCTTGGTCTCACTGAAGAAAAATGGTGGAAACATCAATTCAAGAAACACATTTGGCCTTACCCCTCTTCATATTGCAACTTGGAGAAATCACATTCCAATCATCAGAAGACTTTTAGCAGCTGGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1072 aa · LXL04_012929|LXL04_012929|OH1004|PROTEIN

MDQINLLHSQRKILQGPGGKSSTSGPSKDLWLAVHGGSVIDVDSALVSLKKNGGNINSRNTFGLTPLHIATWRNHIPIIRRLLAAGADPNARDGESGWSSLHRALHFGHLAVASILLKSEASVAIEDSKSRTPVDLLSGPVLQANGNGDGSVVTELYSWGSGVNYQLGTGNAHIQKLPCKVDSLHGSFIKSISSAKFHSVAVSAHGEVYTWGFGRGGRLGHPDFDIHSGQAAVITPRQVTSGLGARRVKAIAAAKHHTVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012929`
TK1151 ID	TkA02G529780
OH-1004 ID	LXL04_012929
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.339 / OH-1004 99.627 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012929

位置 Chr03:21024107-21028019 (+)

描述 Similar to ibtk: Inhibitor of Bruton tyrosine kinase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g63860`	UV-B 特异性信号成分，充当 UV-B 光感受器，在植物中建立紫外线防护反应中发挥关键作用。	A UV-B-specific signaling component orchestrates plant UV protection.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0507187102 UV-B promotes rapid nuclear translocation of the Arabidopsis UV-B specific signaling component UVR8 and activates its function in the nucleus.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053330 UV-B signaling pathways with different fluence-rate response profiles are distinguished in mature Arabidopsis leaf tissue by requirement for UVR8, HY5, and HYH.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.108456 Interaction of COP1 and UVR8 regulates UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.4 UVR8 in Arabidopsis thaliana regulates multiple aspects of cellular differentiation during leaf development in response to ultraviolet B radiation.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2009.02855.x Negative feedback regulation of UV-B-induced photomorphogenesis and stress acclimation in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0914532107 Functional interaction of the circadian clock and UV RESISTANCE LOCUS 8-controlled UV-B signaling pathways in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04573.x Perception of UV-B by the Arabidopsis UVR8 protein.2011 · DOI: 10.1126/science.1200660 UVR8 mediates UV-B-induced Arabidopsis defense responses against Botrytis cinerea by controlling sinapate accumulation.2012 · DOI: 10.1093/mp/sss025 C-terminal region of the UV-B photoreceptor UVR8 initiates signaling through interaction with the COP1 protein.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1210898109 In vivo function of tryptophans in the Arabidopsis UV-B photoreceptor UVR8.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.101451 The UV-B photoreceptor UVR8 promotes photosynthetic efficiency in Arabidopsis thaliana exposed to elevated levels of UV-B.2012 · DOI: 10.1007/s11120-012-9785-y
`At5g60870`	与 ATM 协同调节 DNA 损伤反应。	The RCC1 family protein RUG3 is required for splicing of nad2 and complex I biogenesis in mitochondria of Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04658.x RUG3 and ATM synergistically regulate the alternative splicing of mitochondrial nad2 and the DNA damage response in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1038/srep43897 RUG3 is a negative regulator of plant responses to ABA in Arabidopsis thaliana.2017 · DOI: 10.1080/15592324.2017.1333217

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012929 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001933 negative regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009649 entrainment of circadian clock 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0051209 release of sequestered calcium ion into cytosol 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G63860

hsa:25998

xla:431983

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.527

排名 1 · LXL04_012929 · OH-1004

细胞核0.301

排名 2 · LXL04_012929 · OH-1004

细胞膜0.191

排名 3 · LXL04_012929 · OH-1004

高尔基体0.083

排名 4 · LXL04_012929 · OH-1004

内质网0.062

排名 5 · LXL04_012929 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_246-126 aa

PF13857.13Ank_552-104 aa

PF00023.37Ank63-93 aa

PF13637.13Ank_474-117 aa

PF25384.2Alsin_RLD152-225 aa

PF25390.2WD40_RLD155-376 aa

PF00415.25RCC1155-202 aa

PF00415.25RCC1206-260 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012929	`PF12796.14`	Ank_2	46	126	9.5e-12	46.0
LXL04_012929	`PF13857.13`	Ank_5	52	104	4.3e-10	40.4
LXL04_012929	`PF00023.37`	Ank	63	93	1.7e-13	50.7
LXL04_012929	`PF13637.13`	Ank_4	74	117	1.7e-12	48.0
LXL04_012929	`PF25384.2`	Alsin_RLD	152	225	6e-16	59.3
LXL04_012929	`PF25390.2`	WD40_RLD	155	376	9.6e-82	275.9
LXL04_012929	`PF00415.25`	RCC1	155	202	1.4e-54	183.1
LXL04_012929	`PF00415.25`	RCC1	206	260	1.4e-54	183.1
LXL04_012929	`PF13540.13`	RCC1_2	248	277	2.2e-26	91.6
LXL04_012929	`PF00415.25`	RCC1	265	312	1.4e-54	183.1
LXL04_012929	`PF25384.2`	Alsin_RLD	267	375	6e-16	59.3
LXL04_012929	`PF25390.2`	WD40_RLD	286	474	9.6e-82	275.9
LXL04_012929	`PF13540.13`	RCC1_2	299	328	2.2e-26	91.6
LXL04_012929	`PF00415.25`	RCC1	315	366	1.4e-54	183.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN03`	拟南芥	Ultraviolet-B receptor UVR8	33.094%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FJG9`	拟南芥	RCC1 domain-containing protein RUG3, mitochondrial	29.521%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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