LXL04_012887 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012887

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 20415903-20416520 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

390 bp · LXL04_012887|LXL04_012887|OH1004|cDNA

ATGACTTTTGAAAGAGGCGACAGGGTTGAAATTTCAAACAAAGAAGAGGGTCTTGCGGGTTCATACTACCTAGCAAACATCATCTCTTCGCTTTCCAAAAAAGACTACATTATCCAGTACAGAACCTTTTTAAATGACGACGGTTTTGGGCCTTTAAGAGAGATTGTTTCTGTCGATCAAATCCGGCCACTTCCTCCGGAGATTCCGGCGACTGAGTTTTCTTTGTTAGACATGGTTGACGCCTACGACAATGATGGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

390 bp · LXL04_012887|LXL04_012887|OH1004|CDS

ATGACTTTTGAAAGAGGCGACAGGGTTGAAATTTCAAACAAAGAAGAGGGTCTTGCGGGTTCATACTACCTAGCAAACATCATCTCTTCGCTTTCCAAAAAAGACTACATTATCCAGTACAGAACCTTTTTAAATGACGACGGTTTTGGGCCTTTAAGAGAGATTGTTTCTGTCGATCAAATCCGGCCACTTCCTCCGGAGATTCCGGCGACTGAGTTTTCTTTGTTAGACATGGTTGACGCCTACGACAATGATGGTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

129 aa · LXL04_012887|LXL04_012887|OH1004|PROTEIN

MTFERGDRVEISNKEEGLAGSYYLANIISSLSKKDYIIQYRTFLNDDGFGPLREIVSVDQIRPLPPEIPATEFSLLDMVDAYDNDGWWVGKIVRKMGSNYLVFFKNSREEIDYPLTRLRIHQEWDVEKI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012887`
TK1151 ID	TkA02G532450
OH-1004 ID	LXL04_012887
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 93.023 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012887

位置 Chr03:20415903-20416520 (+)

描述 Similar to AGDP1: Protein AGENET DOMAIN (AGD)-CONTAINING P1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09320`	异染色质结合蛋白，优先结合长转座子并特异识别组蛋白H3的'赖氨酸-9'甲基化(H3K9me)标记，对二甲基化H3K9(H3K9me2)有更强亲和力。	Arabidopsis AGDP1 links H3K9me2 to DNA methylation in heterochromatin.2018 · DOI: 10.1038/s41467-018-06965-w Plant HP1 protein ADCP1 links multivalent H3K9 methylation readout to heterochromatin formation.2019 · DOI: 10.1038/s41422-018-0104-9
`At1g11420`	可能通过RNA运输参与植物细胞的极向生长。	暂无已核实直接文献
`At1g26540`	可能通过RNA运输参与植物细胞的极向生长。	Characterization of DUF724 gene family in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1007/s11103-009-9551-5
`At2g47230`	可能通过RNA运输参与植物细胞的极向生长。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012887 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0000792 heterochromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0042393 histone binding 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

GO:0140566 histone reader activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09320

ath:AT1G11420

ath:AT1G26540

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.774

排名 1 · LXL04_012887 · OH-1004

细胞质0.403

排名 2 · LXL04_012887 · OH-1004

内质网0.026

排名 3 · LXL04_012887 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 4 · LXL04_012887 · OH-1004

线粒体0.019

排名 5 · LXL04_012887 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05641.19Agenet6-66 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012887	`PF05641.19`	Agenet	6	66	1e-22	81.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q500V5`	拟南芥	Protein AGENET DOMAIN (AGD)-CONTAINING P1	42.520%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4I8W1`	拟南芥	DUF724 domain-containing protein 2	35.714%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FZD9`	拟南芥	DUF724 domain-containing protein 3	36.585%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22897`	拟南芥	DUF724 domain-containing protein 6	33.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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