基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_012877
当前版本: OH-1004
染色体: Chr03
坐标: 20246822-20249821
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1569 bp · LXL04_012877|LXL04_012877|OH1004|cDNA
ATGGAGCGCATTTTCTCAGGTATTGGATACGGGCAAGTGGGAATGATGTGGGAGCAAGTACGGGCGCCATTTATCGTGCCATTTATGAAACTTATGGTGATAATGTGTTTAGCCATGTCGGTGATGCTATTCGTGGAGCGTGTATGTATGGGtattgttattgttgttgttaagTTGATGAACTATAAGCTTGAAAAAAGATACAAATGGGAGGCAATTAAGGAGGATTTGGAGACGGGGAATTCGGTTTACCCTATGGT...
CDS
下载 CDS FASTA1569 bp · LXL04_012877|LXL04_012877|OH1004|CDS
ATGGAGCGCATTTTCTCAGGTATTGGATACGGGCAAGTGGGAATGATGTGGGAGCAAGTACGGGCGCCATTTATCGTGCCATTTATGAAACTTATGGTGATAATGTGTTTAGCCATGTCGGTGATGCTATTCGTGGAGCGTGTATGTATGGGTATTGTTATTGTTGTTGTTAAGTTGATGAACTATAAGCTTGAAAAAAGATACAAATGGGAGGCAATTAAGGAGGATTTGGAGACGGGGAATTCGGTTTACCCTATGGT...
522 aa · LXL04_012877|LXL04_012877|OH1004|PROTEIN
MERIFSGIGYGQVGMMWEQVRAPFIVPFMKLMVIMCLAMSVMLFVERVCMGIVIVVVKLMNYKLEKRYKWEAIKEDLETGNSVYPMVLVQIPMYNEKEVYQLSIGAACGLSWPSDRITIQVLDDSTDPIIKDLVELECRRWAGKGINIKYEIRGNRNGYKAGALKQGMKHPYVNQCEFVAIFDADFQPDPDFLWRTIPFLAHNPELALVQARWKFVNSDECLMTRMQEMSLDYHFIVEQEAGSATHAFFGFNGTAGVWRI...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_012877 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_012877 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr03:20246822-20249821 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to CSLA9: Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程 GO:0009617 response to bacterium 生物过程 GO:0010192 mucilage biosynthetic process 生物过程 GO:0071555 cell wall organization 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分 GO:0047259 glucomannan 4-beta-mannosyltransferase activity 分子功能 GO:0051753 mannan synthase activity 分子功能 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G23480 ath:AT5G03760 ath:AT5G22740 dosa:Os02g0192500 dosa:Os06g0625700 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
内质网0.363
高尔基体0.304
细胞膜0.214
细胞质0.112
细胞核0.061
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13641.13Glyco_tranf_2_386-320 aaPF00535.33Glycos_transf_290-243 aaPF13506.14Glyco_transf_21125-352 aaPF13632.13Glyco_trans_2_3179-373 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_012877 | PF13641.13 | Glyco_tranf_2_3 | 86 | 320 | 1.3e-13 | 51.9 |
| LXL04_012877 | PF00535.33 | Glycos_transf_2 | 90 | 243 | 1.6e-09 | 38.6 |
| LXL04_012877 | PF13506.14 | Glyco_transf_21 | 125 | 352 | 7.6e-07 | 29.0 |
| LXL04_012877 | PF13632.13 | Glyco_trans_2_3 | 179 | 373 | 7.7e-21 | 75.5 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9LZR3 | 拟南芥 | Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9 | 74.951% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9FNI7 | 拟南芥 | Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 2 | 71.345% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9LQC9 | 拟南芥 | Probable glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 3 | 68.279% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q67VS7 | 水稻 | Probable glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 9 | 68.533% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q7PC76 | 水稻 | Glucomannan 4-beta-mannosyltransferase 1 | 67.568% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |